| Zeitraum | Name und Lebensdaten | Profession/ Anmerkungen | Bild |
| 1759–1761 | Sigmund Ferdinand Graf von Haimhausen (1708–1793) | Kameralist, Jurist, Beamter, Vorsitzender des Münz- und Bergwerkskollegiums; beteiligt am Aufschwung des bayerischen Bergbaus im 18. Jahrhundert, Einrichtung der ersten bayerischen Ziegelbrennerei und der Nymphenburger Porzellanmanufaktur; Gründungspräsident der Bayerischen Akademie der Wissenschaften |  |
| 1761–1762 | Joseph Franz Maria Ignaz Graf von Seinsheim (1707–1787) | Obersthofmeister, erster Staats- und Konferenzminister; einer der entscheidenden Fürsprecher einer Akademiegründung am kurfürstlichen Hof; seit 1759 Ehrenmitglied. | 
Maler: George Desmarées |
| 1762–1768 | Max Emanuel Graf von Törring-Jettenbach (1715–1773) | Geheimer Rat, Hofkammerpräsident und Konferenzminister; seit 1759 Ehrenmitglied. |  |
| 1768–1769 | Johann Joseph Graf von Baumgarten (1713–1772) | Jurist; Hofrat; Oberstkämmerer und Konferenzminister, 1763 bayerischer Vertreter bei der Kaiserkrönung in Frankfurt, von Karl VII. in den Reichsgrafenstand erhoben; seit 1761 Ehrenmitglied | |
| 1769–1771 | Joseph Franz Maria Graf von Seinsheim (1707–1787) | Zweite Amtszeit | s. o. |
| 1771–1779 | Sigmund Ferdinand Graf von Haimhausen (1708–1793) | Zweite Amtszeit | s. o. |
| 1779–1787 | Joseph Franz Maria Graf von Seinsheim (1707–1787) | Dritte Amtszeit | s. o. |
| 1787–1793 | Sigmund Ferdinand Graf von Haimhausen (1708–1793) | Dritte Amtszeit | s. o. |
| 1793–1807 | Anton Graf von Törring-Seefeld (1725–1812) | Geheimer Rat, Kämmerer und Obersthofmeister (Hofkammerpräsident und Obersthofmeister), Vizepräsident 1780–1793 | 
Maler: Josef Georg Edlinger |
| 1807–1812 | Friedrich Heinrich von Jacobi (1743–1819) | Philosoph, Jurist, Wirtschaftstheoretiker, Kaufmann und Schriftsteller, Geheimrat; Professor für Philosophie in München | 
Maler: Johann Peter von Langer |
| 1812–1827 | unbesetzt | vertreten (verwest) durch den Generalsekretär: |
| 1827–1842 | Friedrich Wilhelm von Schelling (1775–1854) | Philosoph; Hauptvertreter der Philosophie des Deutschen Idealismus; Professor in Jena und München | 
Maler: Joseph Karl Stieler |
| 1842–1848 | Maximilian Freiherr von Freyberg-Eisenberg (1789–1851) | Historiker, Vorstand des Reichsarchivs |  |
| 1848–1859 | Friedrich Wilhelm von Thiersch (1784–1860) | Altphilologe; „Lehrer Bayerns“; Bildungsreformator und Philhellene; Professor in München; Sekretär der philosophisch-philologischen Klasse 1827–1848 |  |
| 1859–1873 | Justus Freiherr von Liebig (1803–1873) | Chemiker und Pharmakologe; Professor in Gießen und München, Ehrenbürger Münchens; Grundlagenforscher auf mehreren Gebieten der Chemie, darunter die Entwicklung von noch heute gebräuchlichen Düngemitteln |  |
| 1873–1890 | Ignaz von Döllinger (1799–1890) | Liberaler katholischer Theologe und Kirchenhistoriker; Professor und Rektor der Münchener Universität; Vordenker der Ökumene; Mitglied des Görres-Kreises und der Frankfurter Nationalversammlung |  |
| 1890–1899 | Max von Pettenkofer (1818–1901) | Chemiker und Hygieniker; Professor und Rektor an der Münchener Universität; erster deutscher Professor für Hygiene; Ehrenbürger der Stadt München; Erfinder des Brühwürfels |  |
| 1899–1904 | Karl Alfred Ritter von Zittel (1839–1904) | Geologe, Paläontologe und Geheimer Rat; Professor in Karlsruhe und München; trug entscheidend zur Entwicklung der Paläontologie als selbständige Hochschuldisziplin bei; Direktor der Naturhistorischen Museums München; Forschungsreise führte ihn nach Libyen |  |
| 1904–1915 | Karl Theodor Ritter von Heigel (1842–1915) | Historiker; Professor in München; Bayerischer Staatsarchivar und Königlicher Geheimer Rat; Ehrenbürger der Stadt München |  |
| 1915–1918 | Otto Crusius (1857–1918) | Altphilologe; Professor in Tübingen, Heidelberg und München; Herausgeber des Philologus und der Werke Nietzsches | |
| 1919–1923 | Hugo Ritter von Seeliger (1849–1924) | Astronom; Direktor der Sternwarte Gotha; Professor in München und Direktor der Sternwarte Bogenhausen; Geheimer Hofrat; Vorsitzender der Astronomischen Gesellschaft; Mitbegründer der Stellarstatistik |  |
| 1924–1927 | Max von Gruber (1853–1927) | Biologe und Eugeniker; einer der Begründer der modernen Hygiene; Leitung des Grazer-, Wiener- und Münchener Hygiene-Instituts; Mitentdecker der Agglutination und Begründer der Serologie; Vorsitzender der Deutschen Gesellschaft für Rassenhygiene; Mitbegründer der Deutschen Vaterlandspartei und der Deutschnationalen Volkspartei jeweils in Bayern |  |
| 1927–1930 | Eduard Schwartz (1858–1940) | Altphilologe; Professor in Rostock, Gießen, Straßburg, Göttingen, Freiburg und München; Mitglied an den Akademien von Berlin, Heidelberg, München, Wien, Straßburg, Petersburg, Kopenhagen, Budapest und Stockholm |  |
| 1930–1932 | Karl Ritter von Goebel (1855–1932) | Botaniker; Professor in Straßburg, Rostock, Marburg und München; legte die Botanischen Gärten von Rostock und München (Nymphenburg) an; Forschungsreisen nach Ceylon, Java, Venezuela und Britisch-Guayana |  |
| 1932–1935 | Leopold Wenger (1874–1953) | Rechtshistoriker; Professor in Graz, Wien, Heidelberg und München; Gründete in München das Seminar für Papyrusforschung und verband damit die Rechtsgeschichte mit der Altphilologie | |
| 1936–1944 | Karl Alexander von Müller (1882–1964) | Historiker; Ordinarius für bayerische Landesgeschichte und Allgemeine Geschichte in München; Herausgeber der Historischen Zeitschrift; Mittler zwischen einer älteren und jüngeren, nationalsozialistisch geprägten, Historikergeneration; Ehrenmitglied im „Reichsinstitut für Geschichte des Neuen Deutschlands“; nach Kriegsende wegen Verstrickung in das NS-Regime zwangsemeritiert |  |
| 1944–1945 | Mariano San Nicolò (1887–1955) | Italienischer Rechtshistoriker und Papyrologe; Professor und Rektor an der Prager und Münchener Universität; Experte für Römisches Recht und der Rechtsgeschichte des Vorderen Orients; Ehrendoktor in Mainz; Mitglied der Akademien in Mainz, Wien, München, Prag und Oslo |
| 1946–1950 | Walther Meißner (1882–1974) | Experimentalphysiker; Oberregierungsrat; Mitentdecker des Meißner-Ochsenfeld-Effekts; Professor in München; Mitbegründer und langjähriger Leiter der Kommission für Tieftemperaturforschung an der Akademie; Ehrendoktor in Mainz und der TU Berlin; Träger des Großen Verdienstkreuzes der BRD und des Bayerischen Verdienstordens |  |
| 1950–1952 | Heinrich Mitteis (1889–1952) | Rechtshistoriker; Professor in Köln, Heidelberg, München, Wien, Rostock, Berlin und Zürich; Gegner des Nationalsozialismus; einer der bedeutendsten Rechtshistoriker des Jahrhunderts, er verknüpfte Rechtsgeschichte, politische Geschichte und Geistesgeschichte |
| 1952–1956 | Richard Wagner (1893–1970) | Physiologe; Professor in Graz, Erlangen, Breslau, Innsbruck und München; Forschungen zu Regelvorgängen im Organismus und zur Physiologie des Kreislaufs |
| 1956–1964 | Friedrich Baethgen (1890–1972) | Mittelalterhistoriker; Professor in Heidelberg, Wien, Königsberg und München; zweiter Sekretär des Deutschen Historischen Instituts in Rom; Präsident der Monumenta Germaniae Historica |
| 1964–1970 | Robert Sauer (1898–1970) | Mathematiker; Professor in Aachen, Karlsruhe, Weil am Rhein, St. Louis im Elsaß und München (dort Rektor und mehrfach Prorektor); Grundlagenforscher auf dem Gebiet der Gasdynamik und der Differenzengeometrie; Politiker, Vizepräsident des Bayerischen Senats |
| 1970–1976 | Hans Raupach (1903–1997) | Volkswirtschaftler, Jurist und Osteuropaforscher; Professor in Halle, München, Braunschweig, Wilhelmshaven (dort auch Rektor); Forschungen zur Wirtschaft und Gesellschaft der Sowjetunion |
| 1977–1979 | Walter Rollwagen (1909–1993) | Experimentalphysiker; Professor in München, kommissarischer Leiter der Sternwarte Bogenhausen |
| 1980–1985 | Herbert Franke (1914–2011) | Sinologe; Vorsitzender der Deutschen Morgenländischen Gesellschaft; Vizepräsident der Deutschen Gesellschaft für Ostasienkunde; Vizepräsident der Deutschen Forschungsgemeinschaft; Träger des Bayerischen Verdienstordens |
| 1986–1991 | Arnulf Schlüter (1922–2011) | Astrophysiker; Pionier der kosmischen Elektrodynamik und der Plasmaphysik; Gründungsmitglied und Direktor des Max-Planck-Instituts für Plasmaphysik; Professor in München; maßgeblich am Aufbau der ersten Kernfusionsexperimente in Deutschland beteiligt; Mitglied der Akademien Leopoldina, Wien und München |
| 1992–1997 | Horst Fuhrmann (1926–2011) | Mittelalterhistoriker; Professor in Tübingen und Regensburg; Präsident der Monumenta Germaniae Historica; Mitglied der Académie des Inscriptions et Belles-Lettres, der Accademia Nazionale dei Lincei und der Münchener Akademie |  |
| 1998–2005 | Heinrich Nöth (1928–2015) | Chemiker; Professor in Marburg, München und Mexiko; Mitglied der Akademien von München, Göttingen, Österreich, Mexiko, Russland, Leopoldina und Academia Europaea; Präsident der Gesellschaft Deutscher Chemiker; gilt als „Meister der Borchemie“ |
| 2006–2010 | Dietmar Willoweit (1936–2023) | Rechtswissenschaftler und Rechtshistoriker; Professor in Berlin, Tübingen und Würzburg; engagiert sich für interdisziplinäre Forschung |  |
| 2011–2016 | Karl Heinz Hoffmann (* 1939) | Mathematiker; Professor an der Technischen Universität München; 1998/1999 Präsident der Deutschen Mathematiker-Vereinigung; Leibnizpreisträger |  |
| 2017–2022 | Thomas O. Höllmann (* 1952) | Sinologe und Ethnologe; Professor an der LMU München |
| 2023– | Markus Schwaiger (* 1950) | Nuklearmediziner; Professor an der TU München |
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