Orthocoronavirinae

Orthocoronavirinae
Coronavirus (schematisch)
Systematik
Klassifikation: Viren Realm: Riboviria[1] Reich: Orthornavirae[1] Phylum: Pisuviricota[1] Klasse: Pisoniviricetes[1] Ordnung: Nidovirales[1] Unterordnung: Cornidovirineae[1] Familie: Coronaviridae[1] Unterfamilie: Orthocoronavirinae[1]
Taxonomische Merkmale
Genom: (+)ssRNA linear Baltimore: Gruppe 4 Symmetrie: helikal Hülle: vorhanden
Wissenschaftlicher Name
Orthocoronavirinae
Links
NCBI Taxonomy: 2501931 ViralZone (Expasy, SIB): 785 (Coronavirinae) ICTV Taxon History: 201901847

Orthocoronavirinae ist eine Virusunterfamilie innerhalb der Familie Coronaviridae, die weitestgehend mit dieser übereinstimmt. Die Viren innerhalb dieser Unterfamilie werden (fach)umgangssprachlich Orthocoronaviren und veraltet und zweideutig auch bloß Coronaviren genannt.

Auch alle Coronaviren, die den Menschen infizieren, gehören zu den Orthocoronaviren. Darunter auch SARS-CoV-2, das Virus, das für die aktuelle COVID-19-Pandemie verantwortlich ist.

Beschreibung[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

Bis heute (Stand 2020) entspricht die Beschreibung der Unterfamilie Orthocoronavirinae nahezu vollständig der der übergeordneten Familie Coronaviridae. Das liegt daran, dass die einzige Schwestergruppe – die Unterfamilie der Letoviren (Letovirinae) – nur wenig erforscht ist und nur eine einzige Art – Microhyla letovirus 1 – enthält. Neben strukturellen und statistischen Unterschieden im Virusgenom bei computergestützten Analysen (vgl. Bioinformatik) besteht der wesentlichste Unterschied zwischen den beiden Unterfamilien Orthocoronavirinae und Letovirinae vor allem darin, dass die Letoviren die ersten Coronaviren sind, die Amphibien infizieren.^[2][3]

Benennung[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

Etymologie[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

Der Name der Unterfamilie Orthocoronavirinae setzt sich aus dem Vorsatz „Ortho-“ (griechisch ὀρθός orthós, deutsch ‚recht, richtig, aufrecht‘) und dem früheren Namen dieser Unterfamilie Coronavirinae zusammen. „Orthocoronaviren“ bedeutet soviel wie: „richtige, eigentliche, klassische oder echte Coronaviren“. Das entspricht der zuvor gebrauchten umgangssprachlichen Bezeichnung: „echte Coronaviren“ (englisch true coronaviruses^[4]), für die Viren dieser Gruppe, bevor die Gruppe den jetzigen Namen erhielt.

Diese Virengruppe wurde zunächst als Gattung unter dem Namen Coronavirus geführt (bis 2008). Durch den Aufstieg in den Rang einer Unterfamilie wurde die Endung in „-virinae“ geändert.^[4] Die Herkunft des Namensbestandteils „corona“ wird genauer im Abschnitt Etymologie im Artikel zur Familie Coronaviridae erläutert.

Die Namenserweiterung „Ortho-“ beendete 2018 gewisse Mehrdeutigkeiten, die innerhalb der Familie Coronaviridae aufgrund dessen bestanden, dass der gleiche Wortstamm „Corona-“ für mehrere ineinanderliegende Gruppen verwendet worden war.^[5] Näheres unter Taxonomische Hintergründe.

Verwendete Namen[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

Aus dem Taxonnamen Orthocoronavirinae ergibt sich systematisch die Sammelbezeichnung (englisch collective name^[6]) „Orthocoronaviren“ für Viren dieser Unterfamilie.^[7][8] Besonders im Englischen wird diese Art der Sammelbezeichnung auch „Vernakularname“ (englisch vernacular name) genannt.^[5]

Die Sammelbezeichnung „Orthocoronaviren“ ist noch verhältnismäßig jung im Vergleich zum seit den 1960er Jahren gebrauchten Namen „Coronaviren“.^[9] Obwohl der ältere Name „Coronaviren“ zweideutig sowohl die Viren der ganzen Familie^[10] als auch nur der Unterfamilie (früher: Gattung^[4]) bezeichnet, ist er weiter auch für nur die Viren der Unterfamilie im Gebrauch.^{[11][12][13][14][15]}

Aus diesen Gründen existieren grundsätzlich immer noch zwei Vernakularnamen für die Viren dieser Gruppe. Einmal der doppeldeutige Name „Coronaviren“ (englisch coronaviruses). Dieser findet sich in Literatur bis 2018^[16] und häufig auch noch nach 2018. Und dann der eindeutige Name „Orthocoronaviren“ als taxonomische Sammelbezeichnung seit 2018. Der eigentlich korrekte und eindeutige englische Vernakularname "coronavirids" findet allerdings auch heute noch nur gelegentlich Verwendung,^[17] dieser ist analog der Bezeichnung nanovirids des ICTV^[18] für die Familie Nanoviridae, sowie hominids bzw. camelids^[19] für die Familien der Hominiden respektive Cameliden gebildet.^{[Anm. 1]}

Wegen der Namensähnlichkeit zwischen Familie und Unterfamilie kommt es allenthalben auch zur Falschschreibung des Unterfamiliennamens in der Form: Orthocoronaviridae.^[20]

Systematik[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

Äußere Systematik[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

Die Unterfamilie Orthocoronavirinae besitzt aktuell nur eine Schwester-Unterfamilie in der Familie Coronaviridae. Diese heißt Letovirinae und ersetzte 2018 die damalige Schwester-Unterfamilie Torovirinae (heute Familie Tobaniviridae mit der neuen(!) Unterfamilie Torovirinae).^[2]

Familie	Unterfamilie
Coronaviridae
	Letovirinae
	Orthocoronavirinae

Innere Systematik[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

Auszug aus der systematischen Darstellung nach ICTV. Eine ausführlichere Darstellung findet sich im Artikel über die Familie Coronaviridae im Abschnitt über die innere Systematik.

Unterfamilie Orthocoronavirinae

Gattung Alphacoronavirus

Untergattung Colacovirus

Spezies Bat coronavirus CDPHE15

Untergattung Decacovirus

Spezies Bat coronavirus HKU10

Spezies Rhinolophus ferrumequinum alphacoronavirus HuB-2013

Untergattung Duvinacovirus

Spezies Human coronavirus 229E

Untergattung Luchacovirus

Spezies Lucheng Rn rat coronavirus

Untergattung Minacovirus

Spezies Mink coronavirus 1

Untergattung Minunacovirus

Spezies Miniopterus bat coronavirus 1

Spezies Miniopterus bat coronavirus HKU8

Untergattung Myotacovirus

Spezies Myotis ricketti alphacoronavirus Sax-2011

Untergattung Nyctacovirus

Spezies Nyctalus velutinus alphacoronavirus SC-2013

Spezies Pipistrellus kuhlii coronavirus 3398

Untergattung Pedacovirus

Spezies Porcine epidemic diarrhea virus

Spezies Scotophilus bat coronavirus 512

Untergattung Rhinacovirus

Spezies Rhinolophus bat coronavirus HKU2 (mit Stamm Enterisches Schweine-Alphacoronavirus, SADS-CoV)

Untergattung Setracovirus

Spezies Human coronavirus NL63

Spezies NL63-related bat coronavirus strain BtKYNL63-9b

Untergattung Soracovirus

Spezies Sorex araneus coronavirus T14

Untergattung Sunacovirus

Spezies Suncus murinus coronavirus X74

Untergattung Tegacovirus

Spezies Alphacoronavirus 1 (*)

Gattung Betacoronavirus

Untergattung Embecovirus

Spezies Betacoronavirus 1 (mit Stamm Humanes Coronavirus OC43)

Spezies China Rattus coronavirus HKU24

Spezies Human coronavirus HKU1

Spezies Murine coronavirus (*)

Spezies Myodes coronavirus 2JL14

Untergattung Hibecovirus

Spezies Bat Hp-betacoronavirus Zhejiang2013

Untergattung Merbecovirus

Spezies Hedgehog coronavirus 1

Spezies Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (MERS-CoV)

Spezies Pipistrellus bat coronavirus HKU5

Spezies Tylonycteris bat coronavirus HKU4

Untergattung Nobecovirus

Spezies Eidolon bat coronavirus C704

Spezies Rousettus bat coronavirus GCCDC1

Spezies Rousettus bat coronavirus HKU9

Untergattung Sarbecovirus

Spezies Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus (mit SARS-CoV-2)

Gattung Gammacoronavirus

Untergattung Brangacovirus

Spezies Goose coronavirus CB17

Untergattung Cegacovirus

Spezies Beluga whale coronavirus SW1

Untergattung Igacovirus

Spezies Avian coronavirus (*, mit Stamm Infectious bronchitis virus, IBV)

Spezies Avian coronavirus 9203

Spezies Duck coronavirus 2714

Gattung Deltacoronavirus

Untergattung Andecovirus

Spezies Wigeon coronavirus HKU20

Untergattung Buldecovirus

Spezies Bulbul coronavirus HKU11 (*)

Spezies Common moorhen coronavirus HKU21

Spezies Coronavirus HKU15

Spezies Munia coronavirus HKU13

Spezies White-eye coronavirus HKU16

Untergattung Herdecovirus

Spezies Night heron coronavirus HKU19

Taxonomische Hintergründe[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

Die taxonomische Benennung und Einordnung der Orthocoronaviren fand immer vor dem Hintergrund der taxonomischen Gesamtorganisation der Virenfamilie Coronaviridae statt und kann dort nachgelesen werden.

Anmerkungen[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

1. ↑ Das ICTV benutzt diese Konstruktion dort zur Unterscheidung von den "nanoviruses", d. h. den Mitgliedern der Gattung Nanovirus innerhalb dieser Familie. Ähnlich findet man "geminivirids" und "genomovirids" für die Geminiviridae respektive Genomoviridae im ICTV-akzeptierten Vorschlag 2019.012DA.v1 (ZIP: docx, xlsx) von Krupovic et al. (2019) zum Phylum Cressdnaviricota.

Einzelnachweise[Bearbeiten | Quelltext bearbeiten]

1. ↑ ^{a b c d e f g h} ICTV Master Species List 2019.v1. In: International Committee on Taxonomy of Viruses (Hrsg.): ICTV Files. Revision 2019. EC 51, Berlin Juli 2019, MSL #35 (englisch, Volltext [XLSX; 629 kB; abgerufen am 7. August 2020]). 
2. ↑ ^{a b} J. Ziebuhr, R.S. Baric, S. Baker, R.J. de Groot, C. Drosten, A. Gulyaeva, B.L. Haagmans, B.W. Neuman, S. Perlman, L.L.M. Poon, I. Sola, A.E. Gorbalenya: 2017.012_015S.A.v1.Nidovirales. In: Virus Taxonomy. History. Revision 2018a, Juli. International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV), 18. Februar 2017, Proposal-Code 2017.012_015S (ictvonline.org [ZIP; 5,1 MB; abgerufen am 7. Mai 2020]). 
3. ↑ Khulud Bukhari, Geraldine Mulley, Anastasia A. Gulyaeva, Lanying Zhao, Guocheng Shu, Jianping Jiang, Benjamin W. Neuman: Description and initial characterization of metatranscriptomic nidovirus-like genomes from the proposed new family Abyssoviridae, and from a sister group to the Coronavirinae, the proposed genus Alphaletovirus. In: Virology. Band 524, Ausgabe November 2018, S. 160–171. Elsevier, 7. September 2018, doi:10.1016/j.virol.2018.08.010, PMID 30199753, PMC 7112036 (freier Volltext) – (englisch, Volltext [PDF; 3,3 MB; abgerufen am 18. Mai 2020] „Coronavirinae“: heute „Orthocoronavirinae“.). 
4. ↑ ^{a b c} Raoul J. de Groot, John Ziebuhr, Leo L. Poon, Patrick C.Woo, Pierre Talbot, Peter J.M. Rottier, Kathryn V. Holmes, Ralph Baric, Stanley Perlman, Luis Enjuanes, Alexander E. Gorbalenya: Revision of the family Coronaviridae. Proposal. In: Virus Taxonomy. History. Revision 2009, Juni. International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV), 2008, Proposal-Code 2008.085-126V (englisch, ictvonline.org [PDF; 175 kB; abgerufen am 5. Mai 2020]). 
5. ↑ ^{a b} H. J. Vetten, A.-L. Haenni: Taxon-specific suffixes for vernacular names. In: Virology Division of the International Union of Microbiological Societies (Hrsg.): Archives of Virology (= International Committee on Taxonomy of Viruses [Hrsg.]: Virology Division News). Band 151, Juni 2006. Springer-Verlag, 23. März 2006, ISSN 0304-8608, S. 1249–1250, doi:10.1007/s00705-006-0743-x, PMID 16721512, PMC 7086949 (freier Volltext) – (englisch). 
6. ↑ How to write virus and species names? In: ICTV-Homepage. International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV), 6. April 2020, archiviert vom Original (nicht mehr online verfügbar) am 9. Juni 2019; abgerufen am 8. August 2020 (englisch).  Info: Der Archivlink wurde automatisch eingesetzt und noch nicht geprüft. Bitte prüfe Original- und Archivlink gemäß Anleitung und entferne dann diesen Hinweis.@1@2Vorlage:Webachiv/IABot/talk.ictvonline.org 
7. ↑ Gideon J. Mordecai, Ian Hewson (Verf.); Emily S. Bailey, Alexander Culley (Gutachter): Coronaviruses in the Sea. Mini Review. In: Andrew S. Lang (Hrsg.): Frontiers in Microbiology. Band 11, Ausgabe Juli 2020, Artikelnr. 1795, 24. Juli 2020, S. 2, doi:10.3389/fmicb.2020.01795 (englisch, Vernakularname „Orthocoronavirus“.): “Orthocoronavirus-like sequences” 
8. ↑ Jamie A. Mawhinney, Catherine Wilcock, Hasan Haboubi, Shahbaz Roshanzamir: Neurotropism of SARS-CoV-2: COVID-19 presenting with an acute manic episode. Case report. In: BMJ Case Reports. Band 13, Nr. 6, Ausgabe Juni 2020, Artikelnr. e236123, 14. Juni 2020, doi:10.1136/bcr-2020-236123, PMID 32540882, PMC 7298665 (freier Volltext) – (englisch, Volltext [PDF; 201 kB; abgerufen am 7. August 2020] Vernakularname „Orthocoronavirus“.): “the orthocoronavirus subfamily” 
9. ↑ Virology: Coronaviruses. In: Nature. Band 220, 16. November 1968, ISSN 1476-4687, S. 650, doi:10.1038/220650b0 (englisch, Volltext [PDF; 1,8 MB; abgerufen am 18. Juni 2020] Erstmeldung über Entdeckung der Coronaviren). 
10. ↑ Yosra A. Helmy, Mohamed Fawzy, Ahmed Elaswad, Ahmed Sobieh, Scott P. Kenney, Awad A. Shehata: The COVID-19 Pandemic: A Comprehensive Review of Taxonomy, Genetics, Epidemiology, Diagnosis, Treatment, and Control. Review. In: Journal of Clinical Medicine. Band 9, Nr. 4, Ausgabe April 2020, Artikelnr. 1225. MDPI, 24. April 2020, doi:10.3390/jcm9041225, PMID 32344679, PMC 7230578 (freier Volltext) – (englisch, 29 S., Volltext [PDF; 2,4 MB; abgerufen am 8. August 2020]). 
11. ↑ Sarah Young: Orthocoronavirinae: What does it mean and which other viruses are in the subfamily? In: The Independent. 18. Juni 2020, abgerufen am 7. August 2020 (englisch, doppeldeutige Wortverwendung, Familie vs. Unterfamilie): „Each of the coronaviruses belong to an overarching sub-family […] called "orthocoronavirinae" […]. The term "orthocoronavirinae" represents a "sub-family" of the [family of the] coronaviruses […].“ 
12. ↑ Hayder M. Al-Kuraishy, Ali I. Al-Gareeb: From SARS-CoV to nCoV-2019: Ruction and Argument. Brief Report. In: Archives of Clinical Infectious Diseases. Band 15 (COVID-19), Ausgabe April 2020, Artikelnr. e102624, 1. April 2020, Abstract und 1. Background, doi:10.5812/archcid.102624 (englisch, Volltext [PDF; 2,6 MB; abgerufen am 7. August 2020] Falsche Zuordnung aller Coronaviren nur zur Unterfamilie.): “Coronaviruses (CoVs) […]. CoVs constitute the subfamily Orthocoronavirinae, in the family Coronaviridae.” 
13. ↑ Ariane J. Brown, John J. Won, Rachel L. Graham, Kenneth H. Dinnon III., Amy C. Sims, Joy Y. Feng, Tomas Cihlar, Mark R. Denison, Ralph S. Baric, Timothy P. Sheahan: Broad spectrum antiviral remdesivir inhibits human endemic and zoonotic deltacoronaviruses with a highly divergent RNA dependent RNA polymerase. In: Antiviral Research. Band 169, Ausgabe September 2019, Artikelnr. 104541. Elsevier, 21. Juni 2019, ISSN 0166-3542, Abstract, doi:10.1016/j.antiviral.2019.104541, PMID 31233808, PMC 6699884 (freier Volltext) – (englisch, Falsche Bezeichnung von Orthocoronavirinae als Familie, falsche Zuordnung von Abkürzung „CoV“ (gehört zur Familie, nicht Unterfamilie) usw.): “The […] Orthocoronavirinae (CoV) family […].” 
14. ↑ Antonio C. P. Wong, Xin Li, Susanna K. P. Lau, Patrick C. Y. Woo: Global Epidemiology of Bat Coronaviruses. Review. In: Viruses. Band 11, Nr. 2, Ausgabe Februar 2019, Artikelnr. 174. MDPI, 20. Februar 2019, doi:10.3390/v11020174, PMID 30791586, PMC 6409556 (freier Volltext) – (englisch, Volltext [PDF; 2,2 MB; abgerufen am 7. August 2020] Es wird die Unterfamilie beschrieben (= vier Gattungen etc.) und allen Coronaviren zugeordnet.): “Coronaviruses (CoVs) […]. CoVs are classified into four genera, Alphacoronavirus, Betacoronavirus, Gammacoronavirus and Deltacoronavirus.” 
15. ↑ Yi Fan, Kai Zhao, Zheng-Li Shi, Peng Zhou: Bat Coronaviruses in China. Review. In: Viruses. Band 11, Nr. 3, Ausgabe März 2019, Artikelnr. 210. MDPI, 2. März 2019, doi:10.3390/v11030210, PMID 30832341, PMC 6466186 (freier Volltext) – (englisch, Volltext [PDF; 1,9 MB; abgerufen am 7. August 2020] Falsche Zuordnung aller Coronaviren zur Unterfamilie.): Coronavirus Taxonomy[. …] Coronaviruses (CoVs) belong to the subfamily Orthocoronavirinae in the family Coronaviridae […]. 
16. ↑ Khulud Bukhari, Geraldine Mulley, Anastasia A. Gulyaeva, Lanying Zhao, Guocheng Shu, Jianping Jiang, Benjamin W. Neuman: Description and initial characterization of metatranscriptomic nidovirus-like genomes from the proposed new family Abyssoviridae, and from a sister group to the Coronavirinae, the proposed genus Alphaletovirus. In: Virology. Band 524, Ausgabe November 2018, S. 160–171. Elsevier, 7. September 2018, doi:10.1016/j.virol.2018.08.010, PMID 30199753, PMC 7112036 (freier Volltext) – (englisch, Volltext [PDF; 3,3 MB; abgerufen am 18. Mai 2020] „Korrekte“ doppeldeutige Wortverwendung von „Coronaviren“ vor Existenz von Orthocoronavirinae.): “[…] a sister group to all known coronaviruses, but still within the Coronavirinae.” 
17. ↑ Ravi Shankar Singh, Abhishek Kumar Singh, Kamla Kant Shukla, Amit Kumar Tripathi: COVID-19 Pandemic: Evidences from Clinical Studies, in: J Comm Pub Health Nursing 6(4):251, 21. September 2020, ISSN 2471-9846
18. ↑ Thomas, JE; Gronenborn, B; Harding, RM; Mandal, B; Grigoras, I; Randles, JW; Sano, Y; Timchenko, T; Vetten, HJ; Yeh, HH; Ziebell, H; ICTV Report Consortium: ICTV Virus Taxonomy Profile: Nanoviridae, in: The Journal of General Virology, 12. Januar 2021. doi:10.1099/jgv.0.001544, PMID 33433311
19. ↑ How Llamas Wally and Winter Are Helping Scientists Find Effective COVID-19 Treatments, auf SciTechDaily vom 5. Mai 2021
20. ↑ Yosra A. Helmy, Mohamed Fawzy, Ahmed Elaswad, Ahmed Sobieh, Scott P. Kenney, Awad A. Shehata: The COVID-19 Pandemic: A Comprehensive Review of Taxonomy, Genetics, Epidemiology, Diagnosis, Treatment, and Control. Review. In: Journal of Clinical Medicine. Band 9, Nr. 4, Ausgabe April 2020, Artikelnr. 1225. MDPI, 24. April 2020, doi:10.3390/jcm9041225, PMID 32344679, PMC 7230578 (freier Volltext) – (englisch, 29 S., Volltext [PDF; 2,4 MB; abgerufen am 8. August 2020] Falschschreibung mit »d« statt »n«.): “Coronaviridae is classified into two subfamilies, namely, Letovirinae and Orthocoronavirinae. […] Orthocoronaviridae is further classified […] (ICTV 2018).”