Literatura taxonómica primaria

En Taxonomía, se llama literatura taxonómica primaria o fuente primaria la que debería ser citada cuando se referencia una hipótesis taxonómica (por ejemplo qué concepto taxonómico está asociado a un nombre de especie), que contiene al autor de la hipótesis como el autor de la publicación, y cuyo contenido es el desarrollo de la hipótesis. Forman parte de la literatura taxonómica primaria las monografías taxonómicas, las revisiones taxonómicas, las floras y faunas, y todas las publicaciones que son citadas como tales por la misma literatura primaria, en general publicadas en ediciones limitadas que se venden casi exclusivamente a universidades, museos de Historia Natural y jardines botánicos, a cuyas bibliotecas y hemerotecas debe accederse para acceder a ellas.

Por "publicaciones originales" (por originarias), o "fuentes originales" de una hipótesis, se puede hacer referencia a la literatura que contiene la primera descripción de un concepto taxonómico, el "autor original" del taxón sensu un autor no necesariamente coincide con el "autor de la primera descripción" de un taxón nominal, que puede ser otra definición de "publicación original". Cuando autores en tratamientos taxonómicos subsiguientes retoman los conceptos taxonómicos están avalando con su autoría su existencia. Es literatura secundaria la que se considera por los mismos autores taxonómicos una distribución de la información obtenida de la literatura primaria, para la que el autor está desautorizado como aval de la taxonomía utilizada, y esa literatura es la que tiene derechos de autor (copyright) si el cuerpo del texto o el formateo de la información superan el umbral de originalidad artística o literaria.

La literatura que contiene "actos nomenclaturales" (creación de nuevos taxones nominales, designación de lectotipos, etc.) está incluida en la literatura taxonómica primaria, pero no toda la literatura taxonómica primaria tendrá necesariamente actos nomenclaturales.

Las hipótesis publicadas por la literatura taxonómica primaria son las homologías, los caracteres, las apomorfías y las plesiomorfías, los conceptos taxonómicos de especie y los que deberían ubicarse en las demás categorías taxonómicas y sus respectivas delimitaciones en términos de sus caracteres (Wheeler 2004). Son los resultados de la investigación primaria, realizada sobre especímenes de referencia esperablemente depositados en colecciones (como las de los museos y herbarios, o las colecciones vivas como las que los cultivan en un jardín botánico o un cultivo microbiano), o cuidadosamente fotografiados. Los data-papers, artículos científicos que publican datos de colectas sin cambios en las hipótesis taxonómicas, como los que publican datasets de ocurrencias (especímenes determinados en una colecta), que en taxonomía pueden publicarse en algunas revistas con referato desde 2011, también forman parte de esta literatura taxonómica.

Por "datos primarios" se hace referencia a los datos crudos (raw data) de la investigación primaria a los que la literatura primaria hace referencia, esperablemente tomados de especímenes depositados en colecciones que fueron referenciados en la sección de "especímenes examinados". Cada dato primario está asociado a un espécimen, que es el taxón terminal de todas las clasificaciones. Son datos primarios las fichas de colección, las fotografías, los resultados de los análisis de ADN, los estados de los caracteres morfológicos si fueron tomados.

El término "publicación original" puede usarse para referirse a la primera publicación a la que fueron asociados datos primarios (el "derecho al primer uso"). Los autores marcan la diferencia entre "publicar" (o "publicar formalmente") los datos primarios asociados a la literatura primaria, y "compartir" (o "publicar informalmente") los datos primarios, como cuando se publican los datasets en un repositorio público sin asociarse a ningún paper que los incluya, a diferencia de mantenerlos "en la oscuridad". Muchos datos "en la oscuridad" están disponibles a pedido, en las publicaciones que los utilizan -se informa que en un porcentaje muy alto de casos éstos no aparecieron cuando se los ha pedido-.

Los datos primarios publicados, al menos los publicados como parte de un paper, se espera que estén convenientemente "curados" (estandarizados, libres de errores de copia, con la información de metadatos completa, mantenidos libres de polvillo y vigilados, con la determinación re-chequeada y actualizada según las últimas taxonomías), y pueden ser citados como un sector de los "datos profundos" de una publicación primaria, la que les dio el primer uso. Hay propuestas de que los datos primarios publicados sean revisados por réferis (peer-reviewed).

Tanto la literatura primaria como los datos primarios a los que hace referencia son "biodiversity data objects", otros "objetos" son los respectivos autores, los taxones nominales, otros actos nomenclaturales, los conceptos taxonómicos, los repositorios, los nombres de las colecciones, los nombres de las revistas o series en las que se publica, las regiones fitogeográficas en las que se agrupan las ocurrencias... Los objetos son los que se relacionan entre ellos en la programación de softwares, en el terreno de la informática de la biodiversidad.

• Propuestas de un registro central de nombres
• Monografía taxonómica
• Taxonomía descriptiva

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• VS Chavan et al. 2010. State-of-the-Network 2010: Discovery and Publishing of Primary Biodiversity Data through the GBIF Network. Definen Primary Biodiversity Data: "Digital text or multimedia data record detailing facts about the instance of occurrence of an organism, i.e. on the what, where, when, how and by whom of the occurrence and the recording".
• GBIF. Data use. Definitions. http://www.gbif.org/terms/licences/data-use Archivado el 12 de septiembre de 2016 en Wayback Machine. "Biodiversity data: Primary data on specimens, observations, names, taxonomic concepts, and sites, and other related data on biological diversity."
• MM Force y NJ Robinson 2014. Encouraging data citation and discovery with the Data Citation Index. "Research data", a los datos de la investigación.
• Penev et al. 2009. Data Publication and Dissemination of Interactive Keys under the Open Access Model. Menciona que los programas Intkey y Lucid2 arman las claves interactivas a partir de archivos llamados "primary data files".
• Klump et al. 2006 Data Publication in the Open Access Initiative. Separa las definiciones de "primary data" y de "literatura científica" que es la que la presenta analizada, sintetizada e interpretada.
• Huang et al. 2013. Biodiversity Data Sharing: Will Peer-Reviewed Data Papers work? A diferencia de los demás dan una definición amplia de "primary biodiversity data": Hay 3 grupos básicos que colectan y comparten datos primarios de biodiversidad: 1) Los museos y colecciones, la mayoría de los cuales presupuestados por organizaciones públicas, que tienen poco interés en publicar los datos como papers pero los comparten en repositorios como GBIF; 2) Los "citizen-scientists", no familiarizados con la publicación en revistas científicas, y 3) Los investigadores profesionales, normalmente question-driven. La mayoría de los cuales sólo publicaría los datos después de publicado el artículo científico.
• Thessen y Patterson 2011. Data Issues in Life Sciences. Definen "datos crudos" (raw data, largamente independientes del contexto, análisis u observador, neutrales, objetivos). Mencionan que hay una transición y no un punto de separación claro entre los datos crudos y los progresivamente más elaborados hasta los sintetizados en una publicación. Mencionan el "derecho de primer uso" de los datos [primarios].
• B Páll-Gergely. On the Confusion of Quality with Impact: a Note on Pylee's M-index. Menciona "Original source" que aparentemente también lo usa Krell (2002) Nature.
• RDM Page 2013. BioNames: Linking Taxonomy, Texts, and Trees. Menciona la "descripción original" de un nombre de taxón. Menciona la "primary literature". Menciona los "biodiversity data objects".
• Franz et al. 2008. On the use of Taxonomic Concepts in Support of Biodiversity Research and Taxonomy. Menciona la "primary data".
• Ingwersen y Chavan 2011. Indicators for the Data Usage Index (DUI): an incentive for publishing primary biodiversity data through global information infrastructure. Menciona "primary biodiversity data", "deep data citation". También Chavan e Ingwersen 2009. Towards a data publishing framework for primary biodiversity data: challenges and potentials for the biodiversity informatics community. Menciona "primary biodiversity data".
• MJ Costello et al. 2013. Biodiversity data should be published, cited, and peer reviewed. Menciona que la "Biodiversity data" debería ser publicada, por ejemplo la de los especímenes depositados en los museos en estas centurias que se están subiendo a GBIF. Diferencia entre "publicar" y "compartir" los datos, lo primero sería en forma similar a un paper con referato. También en MJ Costello 2009. Motivating online publication of data. "Principio de publicación" en lugar de "principio de compartir" los datos. Menciona el "original source" de los datos.
• Parsons et al. 2010. Data citation and Peer Review. Diferencia "data publication" (con peer review de los datos) de "casual data publication".
• JE Kratz y C Stasser 2015. Researcher Perspectives on Publication and Peer Review of Data. Que en la encuesta los investigadores contestaron que "data publication" se sobreentiende por volverla accesible en general en una base de datos o repositorio en internet sin intervención del autor, raramente sobreentienden que además tiene que ser peer-reviewed. También en Kratz y Strasser 2014. Data publication consensus and controversies. Un review de lo que se entiende por "data publication".
• B Heidorn 2008. Shedding light on the Dark Data in the Long Tail of Science. Menciona los "datos en la oscuridad" (dark data, que fall into desuse and darkness), los nunca publicados aunque el paper haya sido publicado. Menciona los "datos crudos".
• Piwowar et al. 2011 mencionan la "investigación primaria" (primary research) y las primary research publications.