Prije NBA drafta2001., Parker je pozvan u ljetni kamp San Antonio Spursa. Trener Spursa Gregg Poppovich već ga je nakon desetak minuta htio poslati kući, ali nakon konzultacija i razmišljanja odlučio je Parkeru pružiti drugu priliku. Izabran je od strane Spursa u 1. krugu (28.ukupno) NBA drafta2001. godine. Parker je u svojoj rookie sezoni započeo 77 utakmica i u prosjeku bilježio 9.2 poena, 4.3 asistencije i 2.6 skokova za 29.4 minute po utakmici. 30. studenog2001., Parker je u utakmici protiv Los Angeles Clippersa postao tek trećim francuskim igračem koji je zaigrao u NBA ligi. U igru Spursa unio je brži tempo i puno više napadačke igre. Predvodio je klub po broju asistencija i ukradenih lopti.
Parker je u svojoj drugoj sezoni bio startni razigravač, a u sezoni je odigrao svih 82 utakmice regularnog dijela i bilježio 15.5 poena, 5.3 asistencije i 2.6 skoka po utakmici. U doigravanju Parker nije bio često u početnoj petorci, već su ga zamijenjivali Steve Kerr i Speedy Claxton. U toj sezoni Parker je sa Spursima osvojio svoj prvi NBA prsten.
Unatoč osvajanju naslova NBA prvaka, Parkeru nije blistala budućnost u klubu. Spursi su pokušali dovesti Jasona Kidda, ali im je pokušaj propao. Parker je shvatio svoju budućnost u klubu, pa je stoga porazgovarao s trenerom Popovichem i uspio pridobiti njegovo povjerenje da bude početni razigravač Spursa. Parker je igrao odlično u regularnom djelu sezone i postizao 14.7 poena, 5.5 asistencija i 3.2 skoka, ali Spursi su poraženi polufinalu Zapadne konferencije od Lakersa. U sezoni 2004./05. Parker je popravio svoju statistiku i postizao 16.6 poena, 6.1 asistenciju i 3.7 skokova. U doigravanju je igrao odlično, ali je NBA finalu malo je posustao i mučio se sa šutom, međutim, Spursi su ipak osvojili naslov prvaka pobijedivši Pistonse u seriji 4-3.
Tony Parker u sezoni 2007./08. tijekom utakmice s Wizardsima.
U sezoni 2005./06. Parker je po prvi puta izabran na All-Star utakmicu, a sezonu je završio s rekordnih 18.9 poena. Spursi su s omjerom 63-19 lako izborili doigravanje, međutim u drugom krugu su poraženi od Dallas Mavericksa. Već iduće sezone Parker ponovno dobiva poziv na All-Star utakmicu i sa Spursima osvaja drugo mjesto u diviziji. Spursi u regularnom dijelu izborili doigravanje, te s lakoćom dolaze do finala. U finalu su igrali protiv Cavaliersa predvođeni LeBronom Jamesom. Parker zajedno s Duncanom pobjeđuje u seriji 4-0 Cavalierse, te postaje najkorisniji igrač finala.[1] Parkeru je to i ujedno bio treći naslov u pet godina.
Parker je ostvarivao približno iste brojke kao i protekle dvije sezone, te je odveo Spurse do trećeg mjesta u Zapadnoj konfereciji. U doigravanju po treći puta u četiri godine igrali s Phoenix Sunsima. Parker je igrao odlično i prosječno postizao 30 poena i 7 asistencija, a Spursi su bez većih problema u seriji 4-1 svladali Sunse. U sljedećem krugu Spursi u sedam utakmica prolaze New Orleans Hornetse, ali su u finalu Zapadne konferenciej poraženi od Los Angeles Lakersa.
Novu sezonu Spursi započinju vrlo loše (omjer 1-3), ali u četvrtoj utakmici protiv Minnesote Timberwolvesa Spursi pobjeđuju i Parker postiže učinak karijere od 55 poena. Parker je kao zamjena ponovo dobio poziv na All-Star utakmicu. Do kraja sezone Spursi zbog ozljede gube Manu Ginóbilija, ali osvajaju treće mjesto u Zapadnoj konferenciji. U prvom krugu doigravanja, bez obzira na Parkeorve odlične igre i prosjek od 28.6 poena i 4.2 skokova po utakmici, Spursi su poraženi od Dallas Mavericksa 4-1. Na kraju sezone Parker je izabran u All-NBA treću petorku.
U prvoj predsezonskoj utakmici protiv grčkogOlympiacosa, Parker je postigao 12 poena dok je Tim Duncan, nakon povratka s rehabilitacije, postigao 10 poena i 5 skokova čime je uvelike pridonio pobijedi Spursa 107:89.[2] U još jednoj predsezonskoj utakmici, Spursi su se susreli s Cleveland Cavaliersima, a Parker je postigao sjajnih 22 poena i 7 asistencija te je svoju momčad odveo do pobjede 105:98.[3]
