Acidobacteria

Acidobacteria
Представитель рода Acidobacterium
Представитель рода Acidobacterium
Научная классификация
Домен:
Бактерии
Тип:
Acidobacteria
Международное научное название
Acidobacteria Thrash and Coates 2012

Acidobacteria (лат.) — тип бактерий. Представители типа широко распространены и имеют разнообразный метаболизм, особенно много их обнаруживается в почве. Однако лишь немногих представителей удалось культивировать[1][2][3].

Первый представитель типа, Acidobacterium capsulatum[англ.], был описан в 1991 году[4]. Однако в самостоятельным тип Acidobacteria были выделены лишь в 2012 году[5].

Описание

[править | править код]

Acidobacteria физиологически разнообразны и могут встречаться в самых разнообразных местообитаниях: почве (в том числе почвах, загрязнённых металлами), горячих источниках, океанах, пещерах[6]. Многие представители Acidobacteria — ацидофилы, в том числе и первый описанный вид, Acidobacterium capsulatum[7]. Недавно описанные виды типа Acidobacteria: Holophaga foetida[англ.][8], Geothrix fermentans[англ.][9], Acanthopleuribacter pedis[10] и Bryobacter aggregatus[11] — чрезвычайно многочисленны в почвах, поэтому могут играть важную роль во многих экосистемах[12]. Однако большинство представителей Acidobacteria практически не поддаются культивированию, поэтому их физиология и экология изучены плохо[2]. ДНК двух неклассифицированных бактерий типа Acidobacteria были обнаружены в наборах для выделения ДНК, что могло исказить метагеномные данные и данные о составе микробиоты[13].

Филогения

[править | править код]

На следующем филогенетическом дереве представлена филогения Acidobacteria согласно List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN)[14][15]. Филогенетическое дерево было построено на основе последовательностей 16S рРНК, предоставленных проектом The All-Species Living Tree Project[англ.][16].

Примечания:
♠ Штаммы, указанные в NCBI, но отсутствующие в LSPN.

Примечания

[править | править код]
  1. ↑ Barns S. M., Cain E. C., Sommerville L., Kuske C. R. Acidobacteria phylum sequences in uranium-contaminated subsurface sediments greatly expand the known diversity within the phylum. (англ.) // Applied And Environmental Microbiology. — 2007. — May (vol. 73, no. 9). — P. 3113—3116. — doi:10.1128/AEM.02012-06. — PMID 17337544. [исправить]
  2. ↑ 1 2 Quaiser A., Ochsenreiter T., Lanz C., Schuster S. C., Treusch A. H., Eck J., Schleper C. Acidobacteria form a coherent but highly diverse group within the bacterial domain: evidence from environmental genomics. (англ.) // Molecular Microbiology. — 2003. — October (vol. 50, no. 2). — P. 563—575. — PMID 14617179. [исправить]
  3. ↑ Rappé M. S., Giovannoni S. J. The uncultured microbial majority. (англ.) // Annual Review Of Microbiology. — 2003. — Vol. 57. — P. 369—394. — doi:10.1146/annurev.micro.57.030502.090759. — PMID 14527284. [исправить]
  4. ↑ Kishimoto Noriaki, Kosako Yoshimasa, Tano Tatsuo. Acidobacterium capsulatum gen. nov., sp. nov.: An acidophilic chemoorganotrophic bacterium containing menaquinone from acidic mineral environment (англ.) // Current Microbiology. — 1991. — January (vol. 22, no. 1). — P. 1—7. — ISSN 0343-8651. — doi:10.1007/BF02106205. [исправить]
  5. ↑ List of new names and new combinations previously effectively, but not validly, published - Validation List No. 143 (англ.) // INTERNATIONAL JOURNAL OF SYSTEMATIC AND EVOLUTIONARY MICROBIOLOGY. — 2012. — 1 April (vol. 62, no. Pt 4). — P. 1016—1016. — ISSN 1466-5026. — doi:10.1099/ijs.0.68147-0. [исправить]
  6. ↑ Thrash J. Cameron, Coates John D. Acidobacteria phyl. nov. (англ.) // Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria. — 2015. — 14 September. — P. 1—5. — ISBN 9781118960608. — doi:10.1002/9781118960608.pbm00001. [исправить]
  7. ↑ Kuske C. R., Barns S. M., Busch J. D. Diverse uncultivated bacterial groups from soils of the arid southwestern United States that are present in many geographic regions. (англ.) // Applied And Environmental Microbiology. — 1997. — September (vol. 63, no. 9). — P. 3614—3621. — PMID 9293013. [исправить]
  8. ↑ Liesack W., Bak F., Kreft J. U., Stackebrandt E. Holophaga foetida gen. nov., sp. nov., a new, homoacetogenic bacterium degrading methoxylated aromatic compounds. (англ.) // Archives Of Microbiology. — 1994. — Vol. 162, no. 1-2. — P. 85—90. — PMID 8085918. [исправить]
  9. ↑ Coates J. D., Ellis D. J., Gaw C. V., Lovley D. R. Geothrix fermentans gen. nov., sp. nov., a novel Fe(III)-reducing bacterium from a hydrocarbon-contaminated aquifer. (англ.) // International Journal Of Systematic Bacteriology. — 1999. — October (vol. 49 Pt 4). — P. 1615—1622. — doi:10.1099/00207713-49-4-1615. — PMID 10555343. [исправить]
  10. ↑ Fukunaga Y., Kurahashi M., Yanagi K., Yokota A., Harayama S. Acanthopleuribacter pedis gen. nov., sp. nov., a marine bacterium isolated from a chiton, and description of Acanthopleuribacteraceae fam. nov., Acanthopleuribacterales ord. nov., Holophagaceae fam. nov., Holophagales ord. nov. and Holophagae classis nov. in the phylum 'Acidobacteria'. (англ.) // International Journal Of Systematic And Evolutionary Microbiology. — 2008. — November (vol. 58, no. Pt 11). — P. 2597—2601. — doi:10.1099/ijs.0.65589-0. — PMID 18984699. [исправить]
  11. ↑ Kulichevskaya I. S., Suzina N. E., Liesack W., Dedysh S. N. Bryobacter aggregatus gen. nov., sp. nov., a peat-inhabiting, aerobic chemo-organotroph from subdivision 3 of the Acidobacteria. (англ.) // International Journal Of Systematic And Evolutionary Microbiology. — 2010. — February (vol. 60, no. Pt 2). — P. 301—306. — doi:10.1099/ijs.0.013250-0. — PMID 19651730. [исправить]
  12. ↑ Eichorst S. A., Breznak J. A., Schmidt T. M. Isolation and characterization of soil bacteria that define Terriglobus gen. nov., in the phylum Acidobacteria. (англ.) // Applied And Environmental Microbiology. — 2007. — April (vol. 73, no. 8). — P. 2708—2717. — doi:10.1128/AEM.02140-06. — PMID 17293520. [исправить]
  13. ↑ Salter S. J., Cox M. J., Turek E. M., Calus S. T., Cookson W. O., Moffatt M. F., Turner P., Parkhill J., Loman N. J., Walker A. W. Reagent and laboratory contamination can critically impact sequence-based microbiome analyses. (англ.) // BMC Biology. — 2014. — 12 November (vol. 12). — P. 87—87. — doi:10.1186/s12915-014-0087-z. — PMID 25387460. [исправить]
  14. ↑ J.P. Euzéby. Acidobacteria. Дата обращения: 9 сентября 2016. Архивировано из оригинала 27 января 2013 года.
  15. ↑ Sayers. NCBI Taxonomy Browser. National Center for Biotechnology Information. Дата обращения: 9 сентября 2016. Архивировано 25 февраля 2018 года.
  16. ↑ 16S rRNA-based LTP release 123 (full tree). Silva Comprehensive Ribosomal RNA Database. Дата обращения: 9 сентября 2016. Архивировано из оригинала 7 июня 2019 года.
Источник — https://ru.wikipedia.org/w/index.php?title=Acidobacteria&oldid=137443727