بدأت المرحلة التأهيلية وجولة المباريات الفاصلة في دوري أبطال أوروبا 2016–17 في 28 يونيو وانتهت في 24 أغسطس 2016. شارك ما مجموعه 56 فريقًا في المرحلة التأهيلية وجولة المباريات الفاصلة للبت في 10 من الأماكن الـ32 في مرحلة المجموعات من دوري أبطال أوروبا 2016–17.[1]
*سكندربيو كورتشه (المعامل: 7.825) استبعد من المشاركة في المنافسات الأوروبية 2016–17 بسبب التلاعب بالمباريات.[11][12] طعن في القرار أمام محكمة التحكيم الرياضية ووافق اليويفا على تعليق الاستبعاد وأدرج سكندربيو كورتشه في قرعة الجولة التأهيلية الثانية.[13] وقد اتخذت محكمة التحكيم الرياضية في 6 يوليو 2016، القرار النهائي باستبعاد سكندربيو كورتشه، قبل أن تلعب الجولة التأهيلية الثانية.[14][15] نتيجة لذلك، أعطيت البطاقة إلى الوصيف، بارتيزاني تيرانا.[16]
† Winners of the first qualifying round whose identity was not known at the time of the draw. Teams in italics defeated a team with a higher coefficient in the first qualifying round, thus effectively taking the coefficient of their defeated opponent in the draw for the second qualifying round.
††نادي سكندربيو كورتشه would have qualified for the Champions League second qualifying round as the champions of the دوري السوبر الألباني 2015–16, but were excluded from participating in the 2016–17 European competitions by UEFA for match-fixing. They were included in the second qualifying round awaiting an appeal to the محكمة التحكيم الرياضية, but were later replaced by بارتيزاني تيرانا after their appeal was denied.[16]
† الفائزين بالجولة التأهيلية الثانية، الذين لم تكن هويتهم معروفة في وقت سحب القرعة. الفرق بخط مائل هزمت فريقًا مع معامل أعلى في الجولة التأهيلية الثانية، وبالتالي أخذ معامل خصمه المهزوم في القرعة للجولة التأهيلية الثالثة.
†† في 17 يوليو 2014، قررت هيئة الطوارئ باليويفا أن الأندية الأوكرانية والروسية لن تسحب ضد بعضها البعض "حتى إشعار آخر" بسبب الاضطرابات السياسية بين البلدين.[8][21]