Der DFB-Hallenpokal 1999 war die zwölfte offizielle Austragung dieses Wettbewerbes, der vom DFB durchgeführt wurde. Das Endrundenturnier fand vom 30. bis 31. Januar in der DortmunderWestfalenhalle statt und endete mit dem 2:1-Finalsieg von Gastgeber Borussia Dortmund über den VfL Wolfsburg.
In der Vorrunde wurde in vier Gruppen mit jeweils drei Teams gespielt, die nach dem Modus „Jeder gegen Jeden“ bei zweimal 10 Minuten die Teilnehmer für das Viertelfinale ausspielten. Ab dem Viertelfinale ging es bei zweimal 12 Minuten im K.-o.-System weiter und sollte ein Spiel Remis enden, wurde der Sieger in einem Achtmeterschießen ermittelt.
Gespielt wurde mit einem Torwart und vier Feldspieler auf einen 48 mal 25 Meter großen Kunstrasen, der von einer Bande umgeben war.
Drei Tore (kein Hattrick) in einem Spiel erzielte Jörg Lipinski (Rot-Weiß Oberhausen) gegen Werder Bremen.
Die Westfalenhalle war am Samstag (10.400) und Sonntag (10.400) jeweils ausverkauft.
Jede Mannschaft erhielt 200.000 DM Startgeld. Preisgelder gab es für Platz 1 (60.000 DM), Platz 2 (40.000 DM), Platz 3 (30.000 DM) und Platz 4 (20.000 DM).