Genome Taxonomy Database

Die Genome Taxonomy Database (GTDB) ist eine Online-Datenbank, die Informationen über eine vorgeschlagene Nomenklatur von Prokaryonten enthält. Der Ansatz basiert dabei auf einer Genom-gestützten Phylogenie, die auf einer Reihe von konservierten Single-Copy-Proteinen beruht. Bei dieser Methode werden nicht nur paraphyletische Gruppen aufgelöst, sondern auch die taxonomischen Ränge algorithmisch neu zugewiesen, wobei in beiden Fällen neue provisorische Namen entstehen.^[1] Im Jahr 2020 wurden Informationen über Archaeen sowie eine auf der durchschnittlichen Nukleotididentität basierende Artenklassifizierung hinzugefügt.^[2] Bei jeder Aktualisierung werden neue Genome sowie händische (menschengemachte) Anpassungen der Taxonomie berücksichtigt.^[3]

Für die Einordnung von Genom-Entwürfen (englisch draft genomes) in die GTDB-Hierarchie steht ein Open-Source-Tool namens GTDB-Tk zur Verfügung.^[4] Das GTDB-System wurde über GTDB-Tk zur Katalogisierung noch nicht benannter Bakterien im menschlichen Darmmikrobiom und in anderen metagenomischen Quellen verwendet.^[5][6]

Die GTDB wurde 2019 in das Bergey’s Manual of Systematics of Archaea and Bacteria als phylogenomische Ressource aufgenommen.^[7]

AnnoTree ermöglicht eine graphische Visualisierung der GTDB seit Release 03-RS86.^[8]

• PhyloCode
• SILVA ribosomal RNA database
• List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN)
• National Center for Biotechnology Information (NCBI): Taxonomy Browser
• Lifemap – Graphische Darstellung der NCBI-Taxonomie zellulärer Organismen
• OneZoom

• Jonathan A. Eisen: Story Behind the Nature Paper on 'A phylogeny driven genomic encyclopedia of bacteria & archaea'. In: The Tree of Life (Blog auf blogspot.com), U. C. Davis
• 65 000 Mikroben erhalten neue Namen. Auf: VBiO. Quelle: Universität Innsbruck.
• Mark John Pallen, Nabil-Fareed Alikhan, Luis M. Rodríguez-R: Naming the unnamed: Over 65,000 Candidatus names for unnamed Archaea and Bacteria in the Genome Taxonomy Database. In: International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Band 72, Nr. 9, 20. September 2022; doi:10.1099/ijsem.0.005482, PMID 36125864, ResearchGate:36369550 (englisch). Dazu:
  • Corrigendum, 12. Mai 2023: doi:10.1099/ijsem.0.005885.
  • Version 2.0.0, 27. April 2022; doi:10.5281/zenodo.6477137, mit Protologues built from named genera.
• Brian P. Hedlund, Maria Chuvochina, Philip Hugenholtz, Konstantinos T. Konstantinidis, Alison E. Murray, Marike Palmer, Donovan H. Parks, Alexander J. Probst, Anna-Louise Reysenbach, Luis M. Rodríguez-R, Ramon Rossello-Mora, Iain C. Sutcliffe, Stephanus N. Venter, William B. Whitman: SeqCode: a nomenclatural code for prokaryotes described from sequence data. In: Nature Microbiology, Band 7, 19. September 2022, S. 1702–1708; doi:10.1038/s41564-022-01214-9 (englisch).
• Robert A. Sanford, Karen G. Lloyd, Konstantinos T. Konstantinidis, Frank E. Löffler: Microbial Taxonomy Run Amok. In: Trends in Microbiology, Band 29, Nr. 5, Mai 2021, S. 394–404; 10.1016/j.tim.2020.12.010 (englisch).

1. ↑ Donovan H. Parks, Maria Chuvochina, D. W. Waite, Christian Rinke, A. Skarshewski, P. A. Chaumeil, Phil Hugenholtz: A standardized bacterial taxonomy based on genome phylogeny substantially revises the tree of life. In: Nature Biotechnology. 36. Jahrgang, Nr. 10, November 2018, S. 996–1004, doi:10.1038/nbt.4229, PMID 30148503.  Preprint: doi:10.1101/256800.
2. ↑ Donovan H. Parks, Maria Chuvochina, P. A Chaumeil, Christian Rinke, A. J. Mussig, Phil Hugenholtz: A complete domain-to-species taxonomy for Bacteria and Archaea. In: Nature Biotechnology. 38. Jahrgang, Nr. 9, September 2020, S. 1079–1086, doi:10.1038/s41587-020-0501-8, PMID 32341564 (researchgate.net).  Preprint: doi:10.1101/771964.
3. ↑ GTDB: About. Informationen zu den einzelnen Aktualisierungen finden sich in den entsprechenden Änderungsprotokollen. Bemerkenswerte Änderungen, die eine Veröffentlichung wert sind, finden sich im Abschnitt "Cite GTDB".
4. ↑ P. A. Chaumeil, A. J. Mussig, Phil Hugenholtz, Donovan H. Parks: GTDB-Tk: a toolkit to classify genomes with the Genome Taxonomy Database. In: Bioinformatics. 15. November 2019, doi:10.1093/bioinformatics/btz848, PMID 31730192, PMC 7703759 (freier Volltext). 
5. ↑ Alexandre Almeida, Stephen Nayfach, Miguel Boland, Francesco Strozzi, Martin Beracochea, Zhou Jason Shi, Katherine S. Pollard, Ekaterina Sakharova, Donovan H. Parks, Philip Hugenholtz, Nicola Segata, Nikos C. Kyrpides, Robert D. Finn: A unified catalog of 204,938 reference genomes from the human gut microbiome. In: Nature Biotechnology. 20. Juli 2020, doi:10.1038/s41587-020-0603-3, PMID 32690973, PMC 7801254 (freier Volltext). 
6. ↑ Stephen Nayfach, Simon Roux, Rekha Seshadri, Daniel Udwary, Neha Varghese, Frederik Schulz, Dongying Wu, David Paez-Espino, I-Min Chen, Marcel Huntemann, Krishna Palaniappan, Joshua Ladau, Supratim Mukherjee, T. B. K. Reddy, Torben Nielsen, Edward Kirton, José P. Faria, Janaka N. Edirisinghe, Christopher S. Henry, Sean P. Jungbluth, Dylan Chivian, Paramvir Dehal, Elisha M. Wood-Charlson, Adam P. Arkin, Susannah G. Tringe, Axel Visel, Tanja Woyke, Nigel J. Mouncey, Natalia N. Ivanova, Nikos C. Kyrpides, Emiley A. Eloe-Fadrosh: A genomic catalog of Earth's microbiomes. In: Nature Biotechnology. 9. November 2020, doi:10.1038/s41587-020-0718-6, PMC 8041624 (freier Volltext). 
7. ↑ Incorporation of Phylogenomics into BMSAB. In: Bergey's Manual Trust. Abgerufen im 1. Januar 1 
8. ↑ K Mendler, H Chen, DH Parks, LA Hug, AC Doxey: AnnoTree: visualization and exploration of a functionally annotated microbial tree of life. In: Nucleic Acids Research. 47. Jahrgang, 2019, S. 4442–4448, doi:10.1093/nar/gkz246 (uwaterloo.ca).