Conquista del Desierto

Conquista del Desierto
La Conquista del Desierto, cuadro de Juan Manuel Blanes. Walter Delrio ha atribuido a la pictografía oficial ser una parte importante de la naturalización del genocidio indígena.[1]​
Fecha	1878–18 de octubre de 1885
Lugar	La pampa y la Patagonia nororiental, o Puelmapu[2]​[3]​
Casus belli	Instalación de fortines argentinos para extender la frontera en territorio mapuche, ranquel y tehuelche; malones indígenas contra fortines argentinos; disputa por el ganado salvaje y las salinas existentes en territorio indígena; conquista de tierras para ampliar estancias e instalar asentamientos.
Conflicto	Ingreso de tropas argentinas a territorio mapuche-tehuelche-ranquel, enfrentamiento armado, destrucción de los asentamientos y apresamiento masivo de la población indígena
Resultado	Victoria argentina sobre los indígenas
Cambios territoriales	Dominio efectivo de Argentina sobre toda la llanura pampeana y las provincias de la Patagonia Norte: Neuquén, La Pampa, norte de Rio Negro y el sur de Buenos Aires
Beligerantes
República Argentina Mapuches y Tehuelches aliados Mapuches ranqueles tehuelches y otros
Comandantes
Julio Argentino Roca Nicolás Levalle Eduardo Racedo Napoleón Uriburu Hilario Lagos Ignacio Coliqueo Conrado Villegas Rufino Ortega Lorenzo Vintter Liborio Bernal Manuel Quilchamal Simón Coliqueo Juan Sacamata Ramón Tripaylaf Manuel Namuncurá  Inacayal Baigorrita †[nota 1]​ Peyeumán Painé Feliciano Purrán  (P.D.G.) Vicente Catrinao Pincén  (P.D.G.) Valentín Sayhueque  (P.D.G.) Mariano Rosas † Epumer Rosas  (P.D.G.) Renquecurá Alvarito Rumay
Fuerzas en combate
6000 soldados (1879)[4]​ 1000 aliados indígenas (1873)[5]​[nota 2]​ 8000 de Calfucurá (1872)[6]​[7]​[nota 3]​[nota 4]​ 5000 de Namuncurá (1875)[nota 5]​ 5000 de Sayhueque (1877)[8]​[nota 6]​
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La Conquista del Desierto o Campaña del Desierto fue la campaña militar realizada por la República Argentina entre 1878 y 1885, por la que conquistó grandes extensiones de territorio que se encontraban en poder de los pueblos originarios, pampa, ranquel, mapuche y tehuelche. Se incorporó al control efectivo de la República Argentina una amplia zona de la región pampeana y de la Patagonia (llamada Puelmapu por los mapuches)^[9]​^[10]​^[11]​ que hasta ese momento estaba dominada por los pueblos originarios. Estos, sometidos, sufrieron la aculturación, la pérdida de sus tierras y su identidad al ser deportados por la fuerza a reservas indias, museos o trasladados para servir como mano de obra forzada.^[12]​^[13]​^[14]​

Los hechos son objeto de debate, tanto dentro como fuera del país. La tradicional posición oficial argentina sostuvo que se trató de una gesta militar legítima respecto de la efectiva soberanía de la República sobre territorios heredados del Imperio español^[15]​ que respondió a las matanzas y robos perpetuados por los malones indígenas sobre la frontera.^[16]​ Contra esa postura oficial, algunos políticos y periodistas de la época, denunciaron lo que consideraron un crimen de lesa humanidad cometido por el Ejército Argentino.^[17]​

La posición de las comunidades mapuche, tehuelche y ranquel sostiene que se trató de una invasión ilegítima de los huincas argentinos sobre territorios ancestrales ocupados.

Desde hace décadas, una postura más actual basada en fuentes estatales cuestiona el accionar del Estado contra los indígenas, tanto por la violencia con que se desarrolló la conquista, como por la imposición unilateral, la insuficiencia de derechos y el objetivo de beneficiar a un grupo de terratenientes. Una opinión más reciente, compartida por las comunidades indígenas, un sector argentino y estudiosos de otras nacionalidades, llegan a sostener que se trató de un genocidio y un etnocidio institucional.^[18]​

En un sentido histórico más amplio, el término incluye a las campañas previas a la Conquista del Desierto, es decir, al conjunto de expediciones militares llevadas a cabo por los gobiernos nacionales y provinciales que se sucedieron, en contra de los indígenas, antes de la gran campaña de 1879.

Por tratarse de culturas e idiomas muy diferentes, la terminología utilizada para identificar pueblos, naciones, lugares, etnias, cargos y personas varía según la fuente. Los alcances de los conceptos son muchas veces no unívocos. En algunos casos la terminología empleada u omitida puede ser analizada en forma peyorativa.

• Mapuche: es la palabra que se utiliza en lengua mapudungun para designar al paisano. Los llamados por los colonizadores españoles "araucanos", de la región central de Chile, los pehuenches de Neuquén y otros grupos utilizaron esta lengua desde antiguo, misma que se difundió en toda la pampa y Patagonia con la destrucción de otras comunidades desde la invasión europea. Lehmann Nitsche y otros traducen "mapuche" por "indio", tanto hablando de ranqueles como de tehuelches, ya hacia 1920, así como traduce "winka" por "europeo". Hacia fines del siglo XX las comunidades mapuches en Argentina determinaron utilizar preferentemente esa palabra como gentilicio. Deriva de las expresiones "mapu" (tierra) y "che" (persona o gente).^[19]​ Los conquistadores españoles los llamaron «araucanos», término que aún utilizan algunos hispanohablantes. La República Argentina utiliza oficialmente la designación mapuche.^[20]​

• Tehuelche y Puelche: tehuelche es una palabra derivada del mapudungun (gente arisca) para denominar a un conjunto de pueblos que habitaban la Patagonia. Es la denominación genérica con que los españoles y argentinos llaman a diversos grupos nómadas de la Patagonia. Puelche (gente del este) es también una palabra mapuche para denominar a los pueblos del este de los Andes, que se ha utilizado para pueblos como los gününa küne, los aonikenk e incluso para mapuches o tehuelches mapuchizados. La agrupación de varios pueblos en una sola palabra, produjo históricamente confusión sobre la identidad de cada uno de ellos. En 1995 el antropólogo argentino Rodolfo Casamiquela identificó a los pueblos tehuelches del siguiente modo: tehuelches insulares (selknam y los manekenk o haush); tehuelches meridionales australes (aónik'enk, patagones o chewelches); tehuelches meridionales boreales (mech'arn); tehuelches septentrionales australes o gününa kena, williches, puelches —un subgrupo de ellos son los chüwach a künna—; y tehuelches septentrionales boreales (conocidos también como "pampas").^[21]​ La República Argentina utiliza oficialmente la designación tehuelche.^[20]​

• Ranquel o rankulche: es la castellanización de la palabra mapuche rangkülche que proviene de "rangkül" (caña) y "che" (persona) y que era utilizada para denominarse a sí mismos. Para los mapuches era una de las cuatro identidades territoriales del Puelmapu. La República Argentina utiliza oficialmente la designación rankulche.^[20]​

• Porteño: fue una palabra utilizada para denominar a los habitantes de la provincia de Buenos Aires hasta 1880, año en que fue federalizada la Ciudad de Buenos Aires; luego de esa fecha, la palabra fue reservada exclusivamente para denominar a los habitantes de la ciudad, utilizándose el término "bonaerense" para referirse a los habitantes de la provincia. Fueron los porteños los que fueron ocupando progresivamente los territorios que fueron objeto de la guerra, instalando fortines en territorio indígena y corriendo progresivamente la frontera, lo que le permitió a la provincia de Buenos Aires multiplicar por diez la ocupación efectiva de su territorio original. En algunos casos, la palabra porteño, es mal utilizada como sinónimo de argentino o huinca.

• Indios: algunos argentinos suelen utilizar el término "indio" para referirse genérica e indiferenciadamente a los pueblos amerindios y a sus descendientes. El término tuvo un origen equívoco porque estuvo originado en la creencia europea de que el continente que luego denominaron América era en realidad la India aunque luego se difundió y es utilizado comúnmente. Diversos estudios e instituciones señalan como discriminatoria la tendencia a denominar a los pueblos originarios con el término "indio", o el genérico "indígena" cuando no se precisa a cual de los pueblos indígenas se está refiriendo el hablante, incluso conociéndolo,^[22]​ relacionándola con una conducta de invisibilización de las culturas y etnias no europeas.^[23]​^[24]​^[25]​^[26]​ Para autoidentificarse las personas aludidas con la palabra "indios" suelen utilizar las expresiones pueblos originarios o indígenas. Empero esta posición es rebatida en los siguientes términos:

Por otra parte, mencionar al indio como tal es un insulto. ¿Por qué indio? El es, simplemente, un argentino entre treinta y siete millones de habitantes, con los mismos derechos y obligaciones que todos. No merece ningún tratamiento especial ni más derechos que otros, pero tampoco ninguna tacha que lo invalide, que lo relegue o que lo menoscabe, porque tiene también todas las prerrogativas constitucionales. Es nuestro conciudadano y, por lo tanto, nuestro hermano. Merece y tiene todo nuestro fraterno afecto. No más, no menos. Lo contrario es indigno y discriminatorio.^[27]​

• Araucano: es un término que significa habitante de la Araucanía o Arauco, una región que actualmente se encuentra en el territorio chileno. Por extensión se ha utilizado la expresión para referirse a las personas o comunidades de lengua mapuche que habitaran fuera de Arauco.

• Huinca: procede de wingka, la palabra mapuche usada para nombrar a los colonizadores españoles que llegaron a su territorio en el siglo XVI. Por extensión se aplica a los chilenos y argentinos no indígenas y no negros, a veces con sentido despectivo. En un significado similar se han utilizado en castellano las palabras "cristianos" o "blancos". Para autoidentificarse las personas aludidas con la palabra huinca, utilizan la denominación de su nacionalidad u otra adscripción geográfica o étnica.

Desde la llegada a la región pampeana de los españoles en el siglo XVI, se sucedieron gran cantidad de invasiones de territorios en poder de diversos pueblos indígenas en las regiones pampeana y patagónica.^[28]​

Gesto más espectacular de un despiadado conflicto armado que continuaría hasta 1885, la llamada “Conquista del Desierto” fue la culminación de una prolongada historia de relaciones ambiguas entre la sociedad blanca y los habitantes originarios de la Pampa y la Patagonia. Desde el siglo XVI, ambas sociedades coexistieron separadas por una frontera o “zona de contacto” permeable, con períodos de paz negociada y con períodos de tremenda violencia mutua, plagados de grandes y pequeñas masacres.^[29]​

Esas tierras no desiertas que comenzaron a ser ocupadas por las sucesivas expediciones pobladoras de la España colonizadora del siglo XVI introdujeron el caballo y la vaca en el momento en que los indígenas americanos precolombinos estaban radicados en pequeñas parcelas de territorio y aprovecharon los descubrimientos, invenciones, el ingreso de animales antes desconocidos por ellos y la tecnología del hombre blanco para su expansión territorial, que se inició 180 años después.^[15]​

Producida la Revolución de Mayo en el Virreinato del Río de la Plata, en 1810, los primeros gobiernos patrios combinaron las relaciones comerciales y diplomáticas con los indígenas, con expediciones militares ofensivas denominadas campañas al desierto, con el establecimiento de fortines con el fin de ir ocupando en forma progresiva el territorio en poder de los indígenas.

La Primera Junta ordenó la Expedición a las Salinas y a su regreso una delegación indígena firmó un tratado con las Provincias Unidas del Río de la Plata.

En 1815 el general José de San Martín solicitó permiso a la nación pehuenche para atravesar su territorio con el Ejército de los Andes.

En 1820 la recién creada Provincia de Buenos Aires y los pueblos indígenas pampeanos, firmaron el Pacto de Miraflores, estableciendo la frontera en la línea de las estancias al sur del río Salado.

Entre 1820 y 1824 se sucedieron las tres Campañas de Martín Rodríguez contra los indígenas.

En 1833 y 1834 el general Juan Manuel de Rosas emprendió una campaña contra varios grupos indígenas conocida como Campaña de Rosas al Desierto. Según un informe que Rosas presentó al gobierno de Buenos Aires a poco de comenzar su conquista, el saldo fue de 3200 indígenas muertos, 1200 prisioneros y se rescataron 1000 cautivos. La situación en la frontera tuvo una precaria paz.

En la primera mitad del siglo XIX el estado argentino se fue organizando en un complejo proceso que incluyó la formación de una serie de entidades autogobernadas que tomaron el nombre de provincias que, luego de violentas guerras terminaron pactando entre ellas la constitución de una confederación en 1853-1860. Los territorios indígenas de la región pampeana y la Patagonia no se organizaron como provincia y no formaron parte del acuerdo constitucional.

El enfrentamiento entre la Confederación Argentina y el Estado de Buenos Aires (1852-1860) permitió a los diversos pueblos indígenas aprovechar la guerra entre las provincias argentinas estableciendo alianzas, tanto a favor de la Confederación —por ejemplo ranqueles y Juan Calfucurá—, como a favor de Buenos Aires —el caso de Cipriano Catriel—.^[30]​^[31]​

En 1855 el ejército mapuche comandado por Juan Calfucurá, aliado de la Confederación Argentina infligió dos severas derrotas al ejército porteño, en la Batalla de Sierra Chica y luego en la Batalla de San Jacinto (desarrollada en las inmediaciones de la actual localidad de Loma Negra) venciendo al General Manuel Hornos, que comandaba una fuerza de 3000 soldados bien armados: 18 oficiales y 250 soldados resultaron muertos.^[32]​

Para el presidente Bartolomé Mitre lo que llamaba "el problema del indio" fue una preocupación permanente durante todo su mandato. En 1863, en su discurso ante el Congreso de la Nación Argentina sostuvo que las invasiones indígenas eran

un mal que experimenta el país desde muchos años atrás, y a que fatalmente han dado pábulo nuestras continuas disensiones domésticas.^[33]​

En paralelo, el diputado nacional Nicasio Oroño compartió la preocupación del Poder Ejecutivo Nacional diciendo que

la tradición no nos recuerda que hayan tenido lugar invasiones tan repetidas, tan desastrosas.^[34]​

Terminada la guerra civil, Argentina —con Brasil y Uruguay— le declaró la guerra al Paraguay (1864-1868), que la llevó a desatender nuevamente la frontera sur, haciéndola vulnerable a nuevos ataques indígenas.

El 21 de enero de 1864, ochocientos combatientes liderados por Juan Gregorio Puebla intentaron apoderarse de Villa Mercedes, San Luis defendido por el Regimiento 4.º de Caballería a órdenes del Coronel Iseas, pero se retiraron rápido luego de perder a Puebla quien fue alcanzado por el fuego de un ranchero, Santiago Betbeder^[35]​ que había combatido en la Guerra de Crimea como Sargento Mayor del Ejército Francés. No obstante, mataron al ranchero Martiniano Juncos y secuestraron a su esposa Ventura Villegas y a tres de sus hijos: María, Policarpo y Zenona. El 20 de noviembre de 1868 unos 3000 hombres dirigidos por el cacique Epumer Rosas, después de atacar a los rancheros de San Luis, sitiaron y asaltaron a la población de Villa La Paz (Mendoza), llevándose numerosos cautivos.^[36]​

En la segunda mitad del siglo XIX, tanto la Argentina como Chile alcanzaron un nivel adecuado de organización interna para plantearse de nuevo el objetivo de establecer su soberanía sobre los territorios indígenas autónomos. Así mientras en Argentina se realizaría la Conquista del Desierto, en Chile se llevaría a cabo la Ocupación de la Araucanía.^[37]​

Empero, durante el transcurso del conflicto internacional, en 1867 el Congreso Nacional sancionó la ley n.º 215. A través de ella se estableció de modo unilateral llevar la frontera sur a la ribera de los ríos Negro y Neuquén, estableciendo la instrucción de otorgarles a las naciones indígenas todo lo necesario para su existencia fija y pacífica para lo cual mandó darles territorios a convenir; permitió una expedición general contra aquellos grupos que se opusieran al sometimiento de las autoridades argentinas, que serían expulsados más allá de la nueva línea de frontera; autorizó la adquisición de vapores para la exploración de los ríos, la formación de establecimientos militares en sus márgenes y el establecimiento de líneas de telégrafo y estableció gratificaciones para los expedicionarios a través de una ley especial.

Durante la presidencia de Domingo Faustino Sarmiento (1868-1874), se logró consolidar en el río Quinto la frontera por el sur del área controlada por las provincias de Córdoba y San Luis, levantándose los fortínes: Fraga, Romero, Toscas, Villa Mercedes, Retiro, Totoritas, Esquina, Pringles, Tres de Febrero, El Lechuzo, 1.º de Línea, Sarmiento y Necochea; al este del río Quinto; mientras que al oeste de ese curso fluvial se erigieron los fortines Achirero, Guerrero y Gainza. El área controlada por la Provincia de Buenos Aires por el sur se logró estabilizar en la línea que unía Lavalle Norte (Ancaló), General Paz, Olavarría (cuyo nombre original era "Puntas del Arroyo Tapalquén"), Tandil, Lavalle Sur (Sanquilcó) y San Martín.

El 5 de marzo de 1872, con unos 6000 combatientes, Calfucurá inició la llamada invasión grande a la provincia de Buenos Aires.^[38]​ Montó así una fuerza integrada por unas 1500 lanzas de escolta, sumando 1500 aportadas por Pincén, 1000 argentinos de Neuquén y 1000 chilenos traídos por Alvarito.^[38]​ Solo los ranqueles de Mariano Rosas no se sometieron al mando, aunque pelearon por su cuenta.^[38]​ De esta forma atacaron los pueblos de General Alvear, Veinticinco de Mayo y Nueve de Julio, resultando muertos alrededor de 300 criollos y tomado cautivos 500 blancos y robadas 200 000 cabezas de ganado.^[39]​ Los mapuches con frecuencia atacaban asentamientos de blancos instalados en territorio indígena, tomando sus caballos y ganados. Tanto blancos como indígenas, tomaban mujeres cautivas, quienes eran explotadas como criadas en el primer caso y en el segundo entregadas como esposas a los guerreros.^[40]​^[41]​

Sarmiento inició la modernización del equipamiento básico del ejército nacional, lo que resultó ser de fundamental importancia en la frontera sur, ya que reemplazó los antiguos fusiles y las carabinas de llave de chispa con la compra de los novedosos fusiles de retrocarga Remington y de revólveres, que comenzaron a ser utilizados por los militares, produciendo una mejora sustancial en su armamento.

Al asumir al cargo de presidente Nicolás Avellaneda, el cacique Manuel Namuncurá le ofreció la venta de cautivos a 40 pesos oro cada uno y, a cambio de no invadir y poder alimentar a su población y tribus amigas, pidió:

Cuarenta mil pesos oro, cuatro mil seiscientas vacas, seis mil yeguas, cien bueyes para trabajar, telas de seda, tabaco, vino, armas, cuatro uniformes de general, jabón, etc.^[38]​

A finales de 1875, los indígenas se reorganizaron y reaccionaron contra el avance de la frontera sur de la Argentina.

Adolfo Alsina, ministro de Guerra bajo la presidencia de Nicolás Avellaneda, presentó al gobierno un plan que más tarde describió como

el plan del Poder ejecutivo es contra el desierto para poblarlo y no contra los indios para destruirlos.

Entonces se firmó un tratado de paz con el cacique Juan José Catriel, solo para ser roto por él corto tiempo después cuando atacó junto al cacique Manuel Namuncurá, las localidades bonaerenses de Tres Arroyos, Tandil, Azul y otros pueblos y granjas en un ataque incluso más sangriento que el de 1872. Las cifras hablan de 5000 combatientes indígenas que arrasaron Azul, Olavarría y otros lugares vecinos, de 300 000 cabezas de ganado, de 500 cautivos y de 200 colonos muertos.^[42]​

El diario Centinela, de Buenos Aires, reportaba de la existencia de muchos oficiales prisioneros entre los indígenas y las negociaciones para su rescate.^[43]​

Entre los testigos de los hechos figuró el ingeniero francés Alfredo Ebélot, contratado por Alsina en el fortín Aldecoa

A eso de las diez —relata—, una nube de polvo nos anunció que la invasión llegaba. Pronto se distinguió el mugido de los vacunos, y cosa más inquietante, el balido de las ovejas. Catriel venía pues arriando sus propias ovejas y todas las que encontró en el camino. Serían unas treinta mil (...) Durante cuatro horas vimos sucederse las selvas de lanzas y las inmensas tropas de vacas y de caballos. Había por lo menos 150.000 cabezas de ganado.^[44]​

Luego de los malones producidos en esta segunda invasión grande Estanislao Zeballos dijo que los indígenas se retiraron

con un botín colosal de 300.000 animales, y 500 cautivos, después de matar 300 vecinos y quemar 40 casas: ¡tal era el cuadro al que asistía con horror la Nación entera!^[45]​

Más de 1000 colonos europeos fueron tomados cautivos y 1 000 000 de cabezas de ganado fueron el saldo de las incursiones indígenas entre 1868 y 1874.^[46]​

El ministro Adolfo Alsina dirigió la defensa de los poblados y estancias y concentrándose en la frontera de la provincia de Buenos Aires, respondió al ataque, logrando hacer avanzar la frontera argentina. Para proteger los territorios conquistados y para evitar el transporte del ganado tomado construyó la llamada Zanja de Alsina, en 1876, que era una trinchera de dos metros de profundidad y tres de ancho con un parapeto de un metro de alto por cuatro y medio de ancho. La Zanja de Alsina fue considerada de manera unilateral por Argentina como nueva frontera con los territorios indígenas aún sin conquistar de 374 km entre Italó (en el sur de Córdoba) y Colonia Nueva Roma (al norte de Bahía Blanca). Además, Alsina ordenó la instalación de telégrafos para mantener comunicados los fortines a lo largo de toda la frontera. La construcción de la zanja al ser solo una medida defensiva y no ofensiva, que no resolvía el problema de los malones fue muy criticada por argentinos partidarios de una acción militar más drástica.

Las Salinas Grandes son un conjunto de salares al sudoeste de la actual provincia de Buenos Aires y al sudeste de la actual provincia de La Pampa que había generado un antiguo comercio de sal entre varios grupos, una de las mercancías más importantes de la era preindustrial, debido a sus cualidades para la conservación de alimentos, antes incluso de que llegaran los europeos.^[47]​

Desde el siglo XVII las relaciones entre el Virreinato del Río de la Plata y los pueblos aborígenes al sur de la frontera tuvieron como eje el mercadeo de la sal. Con cada expedición se formaban en el salar verdaderas ferias comerciales en las que se intercambiaban una amplia variedad de productos españoles e indígenas.^[47]​

Producida la Revolución de Mayo una de las primeras medidas de la Primera Junta fue enviar una Expedición a las Salinas, que tuvo como resultado la firma de un tratado con los representantes indígenas para regular las relaciones y el comercio. El comercio de la sal se incrementó debido a la instalación de saladeros en el Río de la Plata, un tipo de establecimiento manufacturero que producía tasajo o charqui (carne vacuna salada), con principal destino a los grandes mercados Brasil y Cuba, para consumo de los esclavos, que había aparecido a fines del siglo XVIII.^[48]​

La importancia económica de los salares pampeanos tuvo su apogeo a mediados del siglo XIX y llevó incluso a que su nombre se utilizara para denominar la Confederación de las Salinas Grandes, fundada en 1855 por el lonco mapuche Juan Calfucurá –"el Napoleón de las pampas"–,^[49]​ donde estableció su capital.^[50]​

El sostenido interés por el acceso a las salinas comenzó a decaer en la segunda mitad del siglo XIX debido a la abolición de la esclavitud, la navegación a vapor, la invención de la máquina frigorífica y la inclusión de Argentina como proveedor de carne congelada para la población inglesa.

En 1870 el militar y político porteño Lucio V. Mansilla, durante una expedición que tenía el cometido aparente de acercar posiciones, y el cometido oculto de preparar una invasión, tomó los apuntes que volcaría en el libro Una excursión a los indios ranqueles, de gran éxito en la sociedad argentina de la época. En sus páginas habla la necesidad de exterminar o reducir a esos indios para poder explotar económicamente el territorio:

Aquellos campos desiertos e inhabitados, tienen un porvenir grandioso, y con la solemne majestad de su silencio, piden brazos y trabajo. ¿Cuándo brillará para ellas esa aurora color de rosa? ¿Cuándo? ¡Ay! Cuando los ranqueles hayan sido exterminados o reducidos, cristianizados y civilizados.

Lucio V. Mansilla, Una excursión a los indios ranqueles, s:Una excursión: Epílogo

Mansilla también registró un diálogo con Conversando un día con el lonco ranquel Mariano Rosas:

Yo hablé así:
—Hermano, los cristianos han hecho hasta ahora lo que han podido, y harán en adelante cuanto puedan, por los indios.
Su contestación fue con visible expresión de ironía:
—Hermano, cuando los cristianos han podido nos han muerto; y si mañana pueden matarnos a todos, nos matarán. Nos han enseñado a usar ponchos finos, a tomar mate, a fumar, a comer azúcar, a beber vino, a usar bota fuerte. Pero no nos han enseñado ni a trabajar, ni nos han hecho conocer a su Dios. Y entonces, hermano, ¿qué servicios les debemos?

Lucio V. Mansilla, Una excursión a los indios ranqueles, s:Una excursión: Epílogo

En las tolderías originarias, las personas capturadas en los malones estaban obligadas a hacer tareas domésticas como lavar, cocinar, cortar leña o cuidar los ganados y eran víctimas de violaciones y matrimonio forzado; aquellas mujeres que formaban familias solían preferir quedarse con sus hijos y esposos antes que volver a la sociedad hispano-argentina —en la que era usual el matrimonio forzado—, donde enfrentarían rechazo y discriminación por su vida precedente.^[51]​

A partir de 1813, la Asamblea del año XIII había dispuesto la libertad de vientres en todo el territorio de las Provincias Unidas del Río de la Plata, y las trece provincias que formaron la Confederación Argentina en 1853, mantuvieron la vigencia de la esclavitud hasta ese año, mientras que Buenos Aires recién la abolió en 1860. Luego de esa fecha se mantuvo un régimen de criados o libertos, obligados a trabajar gratis desde niños. Los esclavos y libertos estaban obligados a hacer las tareas domésticas, lavar, cocinar, cebar mate, realizar "mil y una tareas domésticas y artesanales" y servicios de entretenimiento o calmar los nervios de sus amos, como la "negrita del coscorrón", y en el caso de las mujeres, estaban expuestas a ser violadas por sus amos.^[52]​ Los gauchos por su parte en Argentina debían contar con una "papeleta de conchavo" firmada por algún estanciero y en caso contrario podían ser encarcelados, sometidos a tortura y reclutados a la fuerza para luchar contra los indígenas.^[53]​

En 1878 el jurista y político argentino Estanislao Zeballos escribió el libro La conquista de quince mil leguas, que llevaba como subtítulo Estudio sobre la traslación de la frontera sud de la República al Río Negro. El libro repasa en forma intensiva el proyecto de trasladar la frontera del país hasta el Río Negro, obligando a la nación mapuche a habitar las tierras que se encontraban al sur, junto a los tehuelches, a quienes no veía como enemigos. Zeballos remontó ese proyecto como herencia recibida de la Madre Patria:

Estamos en la cuestión fronteras como en el día de la partida: con un inmenso territorio al frente para conquistar y con otro mas pequeño a retaguardia para defender, por medio de un sistema débil y desacreditado. No incumbe su responsabilidad a un hombre ni a un gobierno. Es la herencia recibida de la Madre Patria, que conservamos fielmente, a pesar de haberla hallado controvertida y de que nuestra corta bien que dolorosa experiencia la condena. Avanzar por medio de líneas artificiales y permanentes para ir conquistando zonas sucesivas: tal es el sistema español de frontera, reducido a su expresión mas sencilla. Lo pone de manifiesto una ligera ojeada sobre el mapa de Buenos Aires. Los españoles marchaban previsora y firmemente, llevaban sus armas y la colonización al desierto, clavando la cruz y levantando la escuela al lado del fortín, como bases de la fundación de pueblos. Así, la mayor parte de nuestros centros de población rural, derivan de antiguas guardias, que ocupan en el mapa direcciones armónicas, formando líneas paralelas de Nor-Oeste a Sud-Este, rumbo general de la Conquista en su movimiento de avance tradicional sobre la pampa.

Estanislao Zeballos, La conquista de quince mil leguas, Capítulo I

Zeballos le dio una gran importancia en su libro a los reclamos de los estancieros organizados en la Sociedad Rural Argentina para emprender y financiar la conquista:

El vasto territorio comprendido entre Choele-Choel y Carmen de Patagones es recorrido frecuentemente por los indios que van de la Pampa unas veces y de los valles orientales de los Andes las otras; pero una vez realizada la gloriosa batida en la llanura, acampadas en triunfo nuestras tropas sobre la margen del río Negro, sin enemigos a retaguardia, aquellos campos se verán libres de salvajes, y las estancias de argentinos y de ingleses que ya se acercan a Choele-Choel, prosperarán tranquilas y seguras, sirviendo de base a nuevos centros de población y de trabajo.

Estanislao Zeballos, La conquista de quince mil leguas, Capítulo III, pag. 315

El actual concepto colectivo de indígena, entendido como un bloque homogéneo y opuesto al blanco, no tuvo, durante el siglo XIX, una posición única respecto a la guerra sino que las diversas comunidades indígenas que habitaban tanto la pampa como la Patagonia fueron plurales y diversas.

Respecto del llamado "hombre blanco" o huinca, las distintas tribus tuvieron diferentes y cambiantes actitudes en lo relativo a su trato y relación con ellos. Durante la Conquista del Desierto muchas culturas combatieron a su enemigo mientras que otras, ya sea por una decisión política forzada o no, realizaron alianzas con los blancos para enfrentar a otras parcialidades indígenas.

Los argentinos de la época identificaban a los pueblos indígenas con la siguiente terminología:

• Ranqueles, surgidos de la mapuchización de un sector de los tehuelches septentrionales, dominaban el sur de las provincias de Mendoza, Córdoba, San Luis y el norte de la de La Pampa.
• Salineros, gobernados desde las Salinas Grandes por la dinastía mapuche de los Curá, dominaban el sudeste de la actual Provincia de La Pampa y el oeste del actual interior de la Provincia de Buenos Aires.
• Tribu del cacique Pincén^[55]​ en el noroeste de Buenos Aires.
• Tribu del cacique Cachul, tehuelches septentrionales mapuchizados, vivían en la zona de la actual Olavarría (que entonces no existía como tal y era: Partido de Tapalqué al norte y oeste del arroyo Tapalquén y Partido de Azul al este y sur del mismo arroyo).
• Manzaneros, tehuelches septentrionales mapuchizados ubicados en Río Negro, Neuquén y Chubut.^[56]​

Para los mapuches o araucanos, el territorio que controlaban los pueblos de lengua mapuche al este de la cordillera de los Andes se conoce en mapudungun como Puel Mapu, mientras que el territorio mapuche al oeste de dicha cordillera es el Ngulu Mapu, también escrito Gulu Mapu.^[9]​^[10]​

Dentro de Puel Mapu, los indígenas distinguían a su vez varias identidades territoriales:^[10]​

• Mamüll Mapu: al noroeste, habitado por los mamüllche o gente de los bosques de caldenes y algarrobos.
• Rangkül Mapu: al sur del anterior, habitado por los rangkülche o gente de los carrizales o cañaverales. Los cronistas europeizados utilizaron la denominación Pampas para referirse a esta identidad colectiva.
• Chadi Mapu: en el centro del país, en la región de las salinas en torno a la laguna Urre (Urre lafken) habitaban los chadiche, conocidos en castellano como "salineros".
• Puel Willi Mapu: al sudoeste habitaban los puel williche. Los cronistas criollos usaron la denominación Manzanas o País de las Manzanas o Manzaneros para referirse a esta región.

Entre las parcialidades o tribus que durante la Conquista del Desierto combatieron contra las tropas del estado argentino figuraron las siguientes:^[57]​

• Tribu del cacique Tracaleu, mapuches.
• Tribu del cacique Marcelo Nahuel, mapuches.
• Tribu del cacique Juan Salpú, tehuelches septentrionales.
• Tribu del cacique principal Baigorrita, ranqueles; con sus tolderías en Poitahué.
• Tribu del cacique principal Epumer Rosas –Epumer Gnerr–, ranqueles; con sus tolderías en Leubucó.
• Tribu del cacique Alvarito Reumay.
• Tribu del cacique Pincén.
• Tribu del cacique Manuel Grande.
• Tribu del cacique Tripailaf.
• Tribu del cacique Ramón Cabral o Ramón Platero, ranqueles; con sus tolderías en Quenque. Después de la guerra fue un estanciero de Villa Mercedes, provincia de San Luis.
• Tribu del cacique Namuncurá. Luego se asentó en el río Pichileufú en Neuquén.
• Tribu del cacique Zuniga, pincunches. Más tarde se asentó junto con restos de los ranquelinos en el río Agrio.
• Tribu del cacique Purrán, pehuenches. Más adelante, asentada en Loncopue.
• Tribu del cacique Sayhueque, manzaneros, tehuelches septentrionales mapuchizados. Estaban asentados en la confluencia del río Caleufú con el río Collón Curá.

Las parcialidades o naciones, que durante la Conquista del Desierto combatieron junto a las tropas del Estado argentino fueron:^[57]​

• Tribu del cacique Juan Sacamata, tehuelches septentrionales. En 1906 el gobierno argentino, en reconocimiento a su colaboración, le otorgó un territorio de 4 leguas cuadradas (9320 ha), al norte del lago Musters, en el valle de Sarmiento.
• Tribu del cacique Manuel Quilchamal, tehuelches septentrionales cordilleranos.
• Tribu del cacique Juan Catriel "el joven" y del capitanejo Cachul, pampas o serranos; vivían en la zona de la actual Olavarría (que entonces no existía como tal y era: Partido de Tapalqué al norte y oeste del arroyo Tapalquén y Partido de Azul al este y sur del mismo arroyo). En 1878, la tribu de Catriel "el joven" se rindió ante el gobierno y algunos fueron incorporados como indios auxiliares.
• Tribu del cacique Coliqueo, era el resto de los boroganos que se salvaron de la masacre de Masallé; se ubicaban en Los Toldos.

Hacia la década de 1870 el conflicto entre argentinos o winkas contra los pueblos indígenas que habitaban fuera de las provincias, se hizo más agudo, debido al lento avance de la línea de frontera por parte del estado argentino y la instalación de nuevos fortines, así como por los ataques masivos o malones que los indígenas cometían contra los fortines, estancias y poblados argentinos. Por otra parte, la organización en Argentina de una economía agroexportadora para proveer de alimentos a Inglaterra y en especial la invención del frigorífico, impulsó a los estancieros organizados en la Sociedad Rural Argentina creada en 1866 a promover la ocupación efectiva de las tierras consideradas el desierto.^[58]​

Después de que Adolfo Alsina muriera en 1877, el general Julio Argentino Roca fue nombrado nuevo ministro de Guerra por el presidente Avellaneda. Roca se había opuesto a la Zanja de Alsina calificándola de "disparate".

¡Qué disparate la zanja de Alsina! Y Avellaneda lo deja hacer. Es lo que se le ocurre a un pueblo débil y en la infancia: atajar con murallas a sus enemigos. Así pensaron los chinos, y no se libraron de ser conquistados por un puñado de tártaros, insignificante, comparado con la población china … Si no se ocupa la Pampa, previa destrucción de los nidos de indios, es inútil toda precaución y plan para impedir las invasiones.^[59]​

En contraste con su antecesor Alsina, Roca creía que la única solución contra la amenaza de los indígenas era subyugarlos, expulsarlos, o asimilarlos, porque la política de contención en las fronteras no había dado resultados satisfactorios.

El general Roca propone realizar un avance "tierra adentro" hacia las tierras áridas donde habitaban los indios, marchando hasta el río Negro y Neuquén trasladando la línea de frontera a estos cursos de agua. El avance significa la ocupación de la pampa dejando atrás la zanja y facilitando así el poblamiento definitivo de la región pampeana. El ejército de la república ocupa pasos en el río Negro y Colorado y en la confluencia del río Limay y Neuquén, encerrando a los 20.000 indios que (según estimaciones) habitaban estas tierras. Es evidente que la oposición al plan de Roca por parte del gobierno nacional había sido en gran parte por la ausencia de recursos para sostener semejante operación militar en un dilatado territorio y el temor a una jugada sediciosa por sus enemigos políticos.^[60]​

El general Roca presentó su proyecto de realizar una serie de incursiones militares llamadas en su conjunto «conquista del desierto» que se llevarían a cabo con una conjunción entre fuerzas militares nacionales, más guerreros de las tribus aliadas. La finalidad era dar por término a los constantes ataques indígenas, y al mismo tiempo, incorporar a los esquemas productivos de la Argentina los territorios pampeanos y patagónicos donde las distintas tribus amerindias habitaban, afianzando la soberanía nacional.

El 19 de octubre de 1875 Roca le manifiesta al presidente Avellaneda su propuesta militar, utilizando por primera vez la palabra «extinción»:

A mi juicio, el mejor sistema para concluir con los indios, ya sea extinguiéndolos o arrojándolos al otro lado del río Negro, es el de la guerra ofensiva que fue seguida por Rosas que casi concluyó con ellos...

Julio Argentino Roca^[61]​

Una comisión especial fue creada para analizar la propuesta de Roca. La misma estuvo integrada por el expresidente Mitre, Vicente Fidel López, Álvaro Barros, Carlos Pellegrini y Olegario V. Andrade y dictaminó que

La frontera del río Negro de Patagones como línea militar de defensa contra las invasiones de los indios bárbaros de la Pampa, es una idea tradicional que tiene su origen en la ciencia y en la experiencia trazada por la naturaleza en una planicie abierta, presentida por el instinto de la conservación, señalada por los prácticos del país, aconsejada por los geógrafos que han explorado esa región en el espacio de más de un siglo; ella ha sido constantemente el objetivo más o menos inmediato o remoto de todas las expediciones científicas y militares, de todos los proyectos sobre frontera y el ideal de todos los gobiernos que se han sucedido en el país de medio siglo a esta parte. ^[62]​

Para llevar a cabo este plan, el 4 de octubre de 1878 fue sancionada la ley N.º 947, que destinaba 1 700 000 pesos para el cumplimiento de la ley de 1867 que ordenaba llevar la frontera controlada por el Estado argentino hasta los ríos Negro, Neuquén y Agrio.

Todo el país, toda la población de la Nación, quería terminar con este oprobio, desde el Congreso y los gobiernos provinciales hasta los periódicos, sin excepción.^[27]​

Mientras, los jefes de sectores de fronteras realizaron diversas operaciones durante 1878 y comienzos de 1879, para preparar la ofensiva. El 6 de diciembre de 1878, elementos de la División Puán, al mando del coronel Teodoro García, se enfrentaron con una fuerza de indígenas^[¿quién?] en las alturas de Lihué Calel. En una batalla breve pero muy reñida, 50 indígenas fueron muertos, 270 capturados y, 33 colonos europeos, puestos en libertad.^[63]​

La expedición de Roca contó, además de los efectivos del Ejército Argentino con funcionarios, sacerdotes, periodistas, médicos, naturalistas y fotógrafo. Entre ellos figuraron: el Monseñor Mariano Antonio Espinosa –capellán general del ejército expedicionario–, Remigio Lupo –corresponsal del diario La Prensa–, los doctores Adolfo Doering y Pablo G. Lorentz, los naturalistas, Niederlein y Schultz, que estudiaron la flora, la fauna y la geología del territorio y el fotógrafo y retratista Antonio Pozzo, quien acompañó a la columna comandada por Roca, en calidad de fotógrafo oficial del gobierno y miembro del Cuartel General de dicho cuerpo militar, entre abril y julio de 1879.^[64]​

A finales de 1878, empezó la primera ola para dominar la zona entre la Zanja de Alsina y el río Negro, a través de ataques sistemáticos y continuos a los toldos de los indígenas. El coronel Nicolás Levalle, y luego el teniente coronel Freire, atacaron a las fuerzas encabezadas por Manuel Namuncurá, provocándole más de 200 muertos. Mientras, el coronel Lorenzo Vintter tomaba prisionero a Juan José Catriel y más de 500 de sus guerreros, a la vez que se hizo otro tanto con Pincén, cerca de Laguna Malal. Estos caciques fueron confinados en la isla Martín García.

El ranquel Epumer fue capturado en Leuvucó por el capitán Ambrosio. Otras acciones fueron dirigidas por el mayor Camilo García, el teniente coronel Teodoro García, el coronel Rudecindo Roca, el coronel Nelson, el mayor Germán Sosa, el coronel Eduardo Racedo, el teniente coronel Rufino Ortega, y el teniente coronel Benito Herrero. En estas operaciones, unos 400 indígenas son muertos y más de 4000 son capturados, se liberó a unos 150 colonos europeos y se obtuvieron 15 000 cabezas de ganado.^[63]​

Con respecto al coronel Rudecindo Roca, hermano del general al mando de las tropas argentinas, en noviembre de 1878 tomó como prisioneros en Villa Mercedes a una nutrida delegación que había sido enviada por los loncos Baigorrita y Namuncurá para parlamentar al amparo del tratado de paz firmado pocos meses atrás. Pocos días después repite la acción con respecto a los delegados enviados por el cacique Epumer. En total los ranqueles capturados sumaron cincuenta, todos las cuales fueron fusilados. El hecho fue muy criticado en la época y por historiadores que habrán de denunciarlo como "crimen de lesa humanidad".^[65]​

El 11 de octubre de 1878, mediante la Ley 954, el presidente Nicolás Avellaneda creó la Gobernación de la Patagonia, con asiento en la población de Mercedes de Patagones, actual Viedma, al mando del coronel Álvaro Barros y con jurisdicción en todos los territorios fuera de las provincias hasta el cabo de Hornos. La medida tomada fue un gran avance de la geopolítica de Argentina en el afianzamiento de su soberanía territorial.^[66]​

Con 6000 soldados en cinco divisiones (entre ellos 820 indígenas aliados), en abril de 1879 comenzó la segunda ola, que alcanzó la isla de Choele Choel en dos meses, después de matar a 1313 indígenas y capturar a más de 15 000.^[67]​ En este avance también se reportó 308 caballos muertos por cansancio y 9 mulas fueron degolladas por un jefe militar para dar de beber sangre de ellas a algunos oficiales y soldados postrados por la sed.^[68]​ Desde otros puntos, las compañías del sur hicieron su camino hacia el río Negro y el río Neuquén, el tributario septentrional del río Negro. Se construyeron muchos establecimientos en la cuenca de estos dos ríos, así como también en el río Colorado. Uno de los principales fue el fuerte General Roca. El fuerte Primera División fue establecido en la confluencia de los ríos Neuquén y Limay.

• La primera división, al mando del general Roca, partió de Carhué el 29 de abril de 1879 con 1900 soldados y 105 indígenas aliados, y el 24 de mayo entraron en la isla de Choele-Choel. En junio, Roca regresó a Buenos Aires, quedando al mando el coronel Conrado Villegas.
• La segunda división, al mando del coronel Nicolás Levalle, partió de Carhué con 325 soldados y 125 indígenas aliados pertenecientes al cacique Tripailao. Avanzó hacia Traru-Lauquen en la actual provincia de La Pampa, y enfrentó a Namuncurá.
• La tercera división, al mando de Eduardo Racedo, partió de Villa Mercedes hacia Poitahué con 1350 hombres, entre los que se contaban guerreros ranqueles de las tribus aliadas comandadas por los caciques Cuyapán y Simón. Esta división persiguió al cacique Baigorrita, no logrando capturarlo, aunque sí tomó prisioneros a 500 de sus indígenas.
• La cuarta división, al mando de Napoleón Uriburu, partió desde San Rafael el 21 de abril, rumbo a la confluencia de los ríos Limay y Neuquén. Esta división dio muerte, en Chos Malal, al cacique ranquel Peyeumán; en el río Agrio tomó prisionero al cacique Painé con 60 de sus guerreros; y finalmente dio muerte al cacique Baigorrita. Estas acciones dejaron un saldo de 1000 indígenas muertos, y 700 tomados prisioneros.
• La quinta división, al mando del teniente coronel Hilario Lagos, partió de Trenque Lauquen, y en Curu-Pichi-Cajuel el teniente coronel Godoy mató al capitanejo Lemumier y su hijo. Esta columna tomó a 629 indígenas como prisioneros.^[69]​

De acuerdo con la Memoria del Departamento de Guerra y Marina de 1879, se tomaron prisioneros cinco caciques principales y uno fue muerto (Baigorrita), 1271 varones de lanza fueron tomados prisioneros, 1313 hombres de lanza resultaron muertos, 10 513 "de chusma" fueron tomados prisioneros, y 1049 fueron reducidos.

Julio Argentino Roca siguió a Nicolás Avellaneda como presidente de Argentina. Creyó que era imperativo conquistar el territorio al sur del río Negro lo más pronto posible y ordenó la campaña de 1881 bajo el mando del coronel Conrado Villegas con 1700 soldados en tres brigadas que comenzaron la campaña a principios de 1881. En un año, Villegas, ascendido a general y a cargo de la frontera sur, conquistó el territorio de la actual Provincia del Neuquén y llegó hasta el río Limay. Las tropas partieron de Buenos Aires el 19 de octubre de 1880 en el vapor Villarino con destino a Carmen de Patagones. En noviembre partieron de esta localidad rumbo a Choele Choel, en donde permanecieron hasta marzo de 1881.

• La primera brigada, al mando del teniente coronel Rufino Ortega, avanzó por el pedemonte andino y enfrentó a Tacumán, hijo del cacique Sayhueque. Alcanzó el lago Nahuel Huapi el 3 de abril, con un saldo de 23 indígenas muertos.
• La segunda brigada, al mando del coronel Lorenzo Vintter, avanzó por la costa del río Limay y tomó prisionero cerca del río Collon Curá al cacique Molfinquéo con 48 de sus indígenas, mientras que otros 17 resultaron muertos.
• La tercera brigada, al mando del coronel Liborio Bernal, se dirigió hacia el arroyo Valcheta y tomó prisioneros a 140 indígenas, mientras que otros 45 resultaron muertos.

La escuadrilla del río Negro, integrada por los vapores Río Negro y Triunfo, estaba al mando del teniente coronel de marina Erasmo Obligado y sirvió de apoyo a los expedicionarios. En el Río Neuquén se embarcó la comisión exploradora fluvial al mando del teniente Eduardo O'Connor, llegando hasta la vuelta del Desengaño en el río Limay. A fin de año Obligado alcanzó la confluencia de los ríos Collón Curá y Limay a bordo del Río Negro.^[70]​

Entre noviembre de 1882 y abril de 1883 el general Conrado Villegas inició una nueva campaña con tres brigadas (cerca de 1400 hombres) y consiguió controlar la totalidad de la actual provincia del Neuquén:

• La primera brigada, al mando del teniente coronel Rufino Ortega operó en la zona del río Agrio y de Aluminé, obtuvo la rendición de Millamán con casi 100 de sus indígenas. El teniente coronel Ruibal derrotó al cacique Queupo, mientras que el cacique Cayul fue capturado con cerca de 80 de sus guerreros. El mayor José Daza derrotó a Alvarito Rumay y capturó a los capitanejos Cayupán y Nahuelpán. Esta brigada tomó a 500 indígenas prisioneros, al tanto que otros 120 resultaron muertos.
• La segunda brigada, al mando del teniente coronel Enrique Godoy operó en la zona de Collón Cura y Caleufú. Persiguió a Namuncurá, a Reuque-Curá, el cual fue logrado tomar prisionero, y a Ñancuche, quien huyó a Chile. Esta brigada tomó a 700 indígenas prisioneros, mientras que otros 100 resultaron muertos.
• La tercera brigada, al mando del teniente coronel Nicolás Palacios se dirigió al Nahuel Huapi y atacó a los caciques Sayhueque e Inacayal, tomando a 500 indígenas prisioneros, mientras que otros 145 resultaron muertos. Entre algunas batallas, se encuentra el combate de Apeleg.

La comisión exploradora fluvial al mando de Obligado volvió a intentar navegar el Limay llegando en el Río Negro hasta el Collón Curá y luego en lancha hasta Traful.

El 15 de febrero de 1883, los soldados del Regimiento 5 de Caballería al mando del sargento mayor Miguel E. Vidal fundaron el fortín Junín de los Andes.

Las fuerzas de Argentina continuaron presionando a los nativos que resistían más hacia el sur, hasta lograr la rendición de Manuel Namuncurá con 330 de sus guerreros.

El teniente coronel Lino Oris de Roa al mando de 100 soldados llegó hasta el valle inferior del río Chubut operando entre noviembre de 1883 y enero de 1885. El 6 de enero de 1883 fue sorprendida en el valle Pulmarí una partida de 10 soldados al mando del Capitán Emilio Crouzeilles por un centenar de indígenas y soldados chilenos.^[71]​ Iniciado el desigual combate llegó el Teniente 2° Nicanor Lazcano con algunos refuerzos. Los dos oficiales y la mayor parte de la tropa dejaron sus vidas.^[72]​ El 17 de febrero de 1883, un destacamento de 16 soldados argentinos al mando del teniente coronel Juan Díaz fueron rodeados al llegar a Valle de Pulmarí, por unos 100-150 indígenas apoyados por un pelotón de soldados chilenos. Muy inferiores en número, los soldados argentinos no obstante vencieron con habilidad a sus atacantes, incluyendo una carga a la bayoneta montada por el pelotón chileno.^[73]​ Más tarde, el mayor Miguel Vidal atacó a Sayhueque e Inacayal, librando la última batalla el 18 de octubre de 1884, en la que Inacayal y Foyel fueron derrotados por el teniente Insay, logrando la rendición de la mayoría de sus 3000 indígenas. El 1 de enero de 1885 Sayhueque se rindió al nuevo gobernador de la Patagonia, el general Lorenzo Vintter, en la actual Provincia del Chubut.

Algunos grupos menores continuaron libres en sus territorios en Chubut hasta 1888.

El Informe Oficial de la Comisión Científica que acompañó al Ejército Argentino dice que 14 000 indígenas resultaron muertos o tomados prisioneros.^[74]​ Los prisioneros fueron tanto combatientes como no combatientes. Poco después Roca precisó ante el Congreso de la Nación que se habían tomado como prisioneros a 10 539 mujeres y niños y 2320 guerreros.^[75]​ Se estima que la campaña argentina fue causa directa de la muerte de más de mil indígenas (hombres, mujeres y niños).^[76]​ Una parte de los sobrevivientes fueron desplazados a las zonas más periféricas y estériles de la Patagonia. El investigador Enrique Mases ha identificado que muchos de esos prisioneros fueron utilizados como mano de obra sometida en las cosechas de uva y caña de azúcar en Cuyo y el noroeste argentino.^[12]​

Unas 3000 personas fueron enviadas a Buenos Aires, donde los separaron por sexo, a fin de evitar que procrearan hijos:^[77]​

Para concentrar a los prisioneros se levantó un área cercada con alambre en Valcheta o Comarca del Río Chiquito, lugar que hasta poco antes había sido asiento de una comunidad gennakenk (puelche). La investigadora Diana Lenton afirma que también "hubo campos de concentración en Chichinales, Rincón del Medio y Malargüe".^[78]​ Un inmigrante galés fue testigo de aquel encierro y testimonió las condiciones del siguiente modo:

En esa reducción creo que se encontraba la mayoría de los indios de la Patagonia. (…) Estaban cercados por alambre tejido de gran altura, en ese patio los indios deambulaban, trataban de reconocernos, ellos sabían que éramos galeses del Valle del Chubut. Algunos aferrados del alambre con sus grandes manos huesudas y resecas por el viento, intentaban hacerse entender hablando un poco de castellano y un poco de galés: poco bara chiñor, poco bara chiñor” (un poco de pan señor).^[79]​

Los prisioneros fueron trasladados a pie por más de mil kilómetros y luego por barco hasta Buenos Aires, donde se estima llegaron unos 3000 prisioneros. Algunos sobrevivientes han relatado la crueldad del trato, incluyendo el asesinato, la mutilación e incluso la castración de las personas que no podían continuar por el cansancio.^[79]​

Al llegar a Buenos Aires, algunos hombres, mujeres y niños prisioneros, fueron obligados a desfilar encadenados por las calles de Buenos Aires. Durante el acto un grupo de militantes anarquistas aplaudieron a los vencidos al grito de "bárbaros son los que les pusieron cadenas”.^[79]​

Con posterioridad los prisioneros fueron trasladados a la isla Martín García, desde donde luego de permanecer allí un tiempo fueron llevados nuevamente a Buenos Aires y recluidos en el Hotel de Inmigrantes.^[79]​ El gobierno roquista dispuso entonces que los niños y las mujeres fueran entregados para trabajar a la fuerza como sirvientes de familias ricas. El diario El Nacional dio cuenta publicitando las entregas:

ENTREGA DE INDIOS. Los miércoles y los viernes se efectuará la entrega de indios y chinas a las familias de esta ciudad, por medio de la Sociedad de Beneficencia

El Nacional^[79]​

El diario describe aquellas escenas:

La desesperación, el llanto no cesa. Se les quita a las madres sus hijos para en su presencia regalarlos, a pesar de los gritos, los alaridos y las súplicas que hincadas y con los brazos al cielo dirigen las mujeres indias. En aquel marco humano unos se tapan la cara, otros miran resignadamente al suelo, la madre aprieta contra su seno al hijo de sus entrañas, el padre se cruza por delante para defender a su familia.

El Nacional^[79]​

La mayoría de los hombres murieron en la isla Martín García, donde aún hoy se preserva parte del llamado Barrio Chino, al que fueron confinados los prisioneros. Los investigadores Mariano Nagy y Alexis Papazian publicaron un artículo titulado "El campo de concentración de Martín García. Entre el control estatal dentro de la isla y las prácticas de distribución de indígenas (1871-1886)". El estudio menciona que hallaron unos 500 documentos que "nos permitían analizar la sistematicidad e intencionalidad genocida". Ambos investigadores descubrieron que a los prisioneros se les suprimía la identidad imponiéndoles nuevos nombres y se los clasificaba en tres categorías: "inútiles, depósito y presos". La documentación examinada también establece que muchos prisioneros, referidos como "indios y chusma", fueron entregados como esclavos a familias de la élite porteña: "de la lectura de las cartas de solicitud de indios se desprende que para algunos miembros de las clases dominantes, ser favorecidos con unos cuantos indígenas no era una meta difícil de conseguir".^[80]​

El historiador Juan Carlos Depetris en un estudio sobre el "Confinamiento de pampas y ranqueles en los ingenios de Tucumán" concluye que:

El gobierno nacional no deseaba adoptar el sistema de reservas indígenas aplicado por Estados Unidos para afincar a los derrotados. Más aún, procuraba por todos los medios borrar cualquier vestigio de tribu como entidad, temiendo las sublevaciones en masa o los pedidos y reclamos orgánicamente expresados. Se creyó más conveniente y menos oneroso diseminarlos por pequeños grupos de establecimientos rurales de varias provincias del interior y aún en la ciudad de Buenos Aires donde, divorciados por completo de la autoridad de sus caciques y "sometidos al trabajo y al ejemplo de otras costumbres, modificarían las propias, abandonando el lenguaje nativo como instrumento inútil".^[81]​

Depetris comenta en su artículo la argumentación del general Eduardo Pico en su informe anual como gobernador del territorio de La Pampa correspondiente a 1896, para justificar la decisión de no establecer reservas indígenas:

...conceder tierras con tal fin (se refiere a reservas indígenas) sería retrogradar a la época en que el cacicazgo sustraía a la población indígena al contacto con la gente civilizada... Las tribus no pueden, no deben existir, dentro del orden nacional.

General Eduardo Pico, 1896^[82]​

El Informe Oficial de la Comisión Científica^[74]​ que acompañó al Ejército Argentino es muy específico respecto de los resultados de la guerra:

El año 1879 tendrá en los anales de la República Argentina una importancia mucho más considerable que la que le han atribuido los contemporáneos. Ha visto realizarse un acontecimiento cuyas consecuencias sobre la historia nacional obligan más la gratitud de las generaciones venideras que la de la presente, y cuyo alcance, desconocido hoy, por transitorias cuestiones de personas y de partido, necesita, para revelarse en toda su magnitud, la imparcial perspectiva del porvenir. Ese acontecimiento es la supresión de los indios ladrones que ocupaban el Sur de nuestro territorio y asolaban sus distritos fronterizos: es la campaña llevada a cabo con acierto y energía, que ha dado por resultado la ocupación de la línea del Río Negro y del Neuquén.

Se trataba de conquistar un área de 15.000 leguas cuadradas ocupadas cuando menos por unas 15.000 almas, pues pasa de 14.000 el número de muertos y prisioneros que ha reportado la campaña. Se trataba de conquistarlas en el sentido más lato de la expresión. No era cuestión de recorrerlas y de dominar con gran aparato, pero transitoriamente, como lo había hecho la expedición del Gral. Pacheco al Neuquén, el espacio que pisaban los cascos de los caballos del ejército y el círculo donde alcanzaban las balas de sus fusiles. Era necesario conquistar real y eficazmente esas 15.000 leguas, limpiarlas de indios de un modo tan absoluto, tan incuestionable, que la más asustadiza de las asustadizas cosas del mundo, el capital destinado a vivificar las empresas de ganadería y agricultura, tuviera él mismo que tributar homenaje a la evidencia, que no experimentase recelo en lanzarse sobre las huellas del ejército expedicionario y sellar la toma de posesión por el hombre civilizado de tan dilatadas comarcas.

Y eran tan eficaces los nuevos principios de guerra fronteriza que habían dictado estas medidas, que hemos asistido a un espectáculo inesperado. Esas maniobras preliminares, que no eran sino la preparación de la campaña, fueron en el acto decisivas. Quebraron el poder de los indios de un modo tan completo, que la expedición al Río Negro se encontró casi hecha antes de ser principiada. No hubo una sola de esas columnas de exploración que no volviese con una tribu entera prisionera, y cuando llegó el momento señalado para el golpe final, no existían en toda la pampa central sino grupos de fugitivos sin cohesión y sin jefes.

Es evidente que en una gran parte de las llanuras recién abiertas al trabajo humano, la naturaleza no lo ha hecho todo, y que el arte y la ciencia deben intervenir en su cultivo, como han tenido parte en su conquista. Pero se debe considerar, por una parte, que los esfuerzos que habría que hacer para transformar estos campos en valiosos elementos de riqueza y de progreso, no están fuera de proporción con las aspiraciones de una raza joven y emprendedora; por otra parte, que la superioridad intelectual, la actividad y la ilustración, que ensanchan los horizontes del porvenir y hacen brotar nuevas fuentes de producción para la humanidad, son los mejores títulos para el dominio de las tierras nuevas. Precisamente al amparo de estos principios, se han quitado éstas a la raza estéril que las ocupaba.

Roca, al mando de un ejército moderno y bien pertrechado,^[83]​ sometió la tenaz pero inútil resistencia que pudieron ofrecer los otrora indomables araucanos, causando una gran cantidad de víctimas y desplazando a las poblaciones restantes a regiones periféricas. En esos mismos años, la misma etnia de los araucanos fue también derrotada, en este caso por el estado chileno, durante la Pacificación de la Araucanía.

Esta campaña se realizó, además, porque la persistente dificultad de poblamiento que la Argentina había tenido respecto a las tierras patagónicas heredadas de España, había provocado que algunas potencias europeas se fijaran en esa región, que algunos pretendían considerarla una terra nullius. Entre estos países estaban Francia, el Reino Unido —que ya le había arrebatado las islas Malvinas— y Chile, que ya contaba con una floreciente colonia posicionada al oriente del cordón andino, Punta Arenas, sobre el estrecho de Magallanes.

De esta manera, el éxito militar conseguido en la Conquista del Desierto posibilitó que millones de hectáreas se sumaran al control efectivo de la República Argentina. Así, Argentina dio por tierra con cualquier intento de ocupación de estas tierras, tanto de las potencias europeas como de su vecino Chile.

Estas enormes extensiones sureñas fueron adjudicadas a bajo precio o dadas en pago como premios, a terratenientes, estancieros, políticos influyentes y soldados.^[84]​^[85]​ Por entonces, eran muy pocas las personas criollas dispuestas a habitar regiones tan apartadas de la civilización, debido a las grandes distancias, la falta de poblados en donde satisfacer necesidades mínimas, la inexistencia de caminos y ferrocarriles, las rigurosidades del clima que dificultaban la vida cotidiana, el emprendimiento de actividades económicas y el desarrollo de la agricultura y la ganadería y la escasez de un elemento vital, el agua dulce, en grandes áreas de la meseta central. Aquellos tiempos históricos fueron signados por toda clase de privaciones materiales aunque la región tuvo un futuro promisorio que recién comenzó a mostrar su potencial real ya iniciado el siglo XX.

Algunas justificaciones de la Conquista del Desierto han recurrido a argumentos relacionados con las circunstancias de la época. Por ejemplo, sostiene el historiador Roberto Ferrero:

La conquista del desierto era una necesidad histórica. Las tentativas de una acción civilizadora pacífica, en la que habían sacrificado sus vidas jesuitas y franciscanos en los siglos anteriores, habían fracasado porque no tenían en cuenta que los indios no sometidos aún estaban en otro estadio de la organización social. Se encontraban en una etapa preagraria,.... al nivel de cazadores-recolectores (incluyendo el robo de ganado como una novísima forma de caza) ....Contra esa naturaleza social de las tribus se estrellaron todos los esfuerzos por inculcarles formas más elevadas, que sólo podían ser producto de una larga evolución que la nación no podía esperar sin el peligro cierto de empobrecerse económicamente, perder la Patagonia a manos de Chile o ver surgir asomados a su frontera nuevos Estados bárbaros sometidos a la tutela imperialista. Esto último ya lo había intentado el francés Aurelio Antonio Tounens, alias "Orélie-Antoine I", rey de Araucaria y Patagonia, en 1860/70.

El historiador Antonio Guerrino ha escrito:

Muchas familias de los pequeños pueblos del Interior tenían alguna anécdota que referir, o habían sido robados por ellos, habían sufrido la pérdida de sus ganados, o les habían invadido su rancho o, lo que era común, se habían llevado a su mujer y a sus hijas.^[86]​

La Conquista del Desierto se justificó efectuando un análisis de sus causas en los aspectos económico y social:

Una estimación señala que entre 1820 y 1870 los indios robaron 11 millones de cabezas de ganado, 2 millones de caballos y 2 millones de ovejas; asesinaron o capturaron a 50.000 personas, y robaron bienes por valor de 20 millones de pesos. Con su acción, los indios habían puesto límites al uso de las tierras y a la colonización. Desde el punto de vista económico, el dominio que los indios tenían del sur de la provincia de Buenos Aires, la actual provincia de La Pampa y el sur de Mendoza implicaba una forma primitiva de producción, cuyo superávit era enviado a Chile.^[87]​

La Conquista del Desierto eliminó las consecuencias dañosas para los argentinos del "camino de los chilenos" o "camino de las rastrilladas" —que unía el actual partido de Olavarría con Guaminí, Carhué, Salinas Grandes, Choele-Choel, atravesando los ríos Limay y Neuquén y, luego de atravesar los pasos de la Cordillera de lo Andes llegaba a Chile— el que:

...fue un verdadero "camino del robo, trazado por el paso de centenares de miles de vacas arrebatadas por los indios, de las pampas argentinas, que después de una serie de operaciones de trueque iban a engordar en alfalfares de grandes hacendados chilenos"... Todo esto era tolerado, e incluso facilitado, por las autoridades de Chile que se beneficiaban con ese comercio.

Además

Se trataba no solo de afirmar la Soberanía Nacional en estas lejanas tierras, sino también de incorporarlas a la civilización y al progreso. Irónicamente esa expedición al desierto representaba el triunfo de la "roca" sobre las "piedras" del desierto (Traverso y Gamboa 2003:17).^[88]​

Por su parte, las tierras en poder de los indígenas más allá de la frontera sur constituían un verdadero estado-tapón indígena en la importantes sectores de la pampa y en la Patagonia, que según autores argentinos como Ezequiel Pereyra, era organizado y mantenido desde Chile, pues este país habría tenido interés en entorpecer la colonización de Argentina de estos territorios australes.^[89]​

Durante la Guerra del Pacífico, al mismo tiempo que las fuerzas chilenas avanzaban por el desierto hacia el Perú, las fuerzas argentinas estaban avanzando lentamente y ocupando la Patagonia.

El analista político Jorge Castro ha dicho en una entrevista concedida al diario "La Nación":

"La Argentina resolvió la cuestión territorial de la Patagonia con la Campaña del Desierto del general Roca, en 1879, y con el hecho de que las fuerzas chilenas estuvieran comprometidas en la Guerra del Pacífico con Perú. Ésa fue la razón técnica que hizo posible el Tratado de 1881 entre Argentina y Chile".^[90]​

Las relaciones argentino-chilenas oscilaban al borde de la guerra. Chile, aunque victorioso en la Guerra del Pacífico contra la alianza peruano-boliviana, pactada en el Tratado secreto de 1873, anhelaba la paz con Argentina y trataba de evitar que interviniera en el conflicto del norte. Argentina incorporó a su soberanía nacional los territorios del sur del país que había heredado de España producida la Revolución de Mayo de 1810 despejando toda forma de apropiación indebida por parte de Chile o, peor aún, de Gran Bretaña.

Argentina aseguró su completa y real presencia en estas tierras y de esta forma logró exitosas negociaciones con Chile en relación con su dominio sobre la Patagonia.

La expansión sobre el sur continental permitió a Argentina el significativo incremento de la producción de ganado ovino que aumentó enormemente su comercio exterior que vino a satisfacer las necesidades crecientes de lana que demandaba la segunda revolución industrial liderada por Gran Bretaña.

Desde el inicio de la Conquista del desierto, diversas voces se levantaron en el bando argentino para denunciar las atrocidades y violaciones de derechos humanos cometidas contra los pueblos originarios por el Ejército Argentino.

Los días 16 y 17 de noviembre de 1878 el diario La Nación, dirigido por el expresidente Bartolomé Mitre, quien había estado a favor de la campaña militar y era opositor al gobierno, publicó un artículo sobre la matanza de 60 indígenas desarmados por tropas argentinas al mando del coronel Rudecindo Roca (hermano del general Julio Argentino Roca) calificando el acto como "crimen de lesa humanidad" y de no respetar "las leyes de la humanidad ni las leyes que rigen el acto de la guerra".^[91]​^[92]​

El 19 de agosto de 1880 el diputado nacional Aristóbulo del Valle, quien en la década siguiente sería uno de los fundadores de la Unión Cívica Radical, cuestionó la violación masiva de derechos humanos en la Conquista del Desierto en la Cámara de Diputados diciendo:

Hemos tomado familias de los indios salvajes, las hemos traído a este centro de civilización, donde todos los derechos parece que debieran encontrar garantías, y no hemos respetado en estas familias ninguno de los derechos que pertenecen, no ya al hombre civilizado, sino al ser humano: al hombre lo hemos esclavizado, a la mujer la hemos prostituído; al niño lo hemos arrancado del seno de la madre, al anciano lo hemos llevado a servir como esclavo a cualquier parte; en una palabra, hemos desconocido y hemos violado todas las leyes que gobiernan las acciones morales del hombre.

Aristóbulo del Valle^[93]​

En 1883 el diario La Prensa consideró que mantener prisioneros a los indígenas constituía una violación de sus derechos constitucionales y reclamaba que se utilizara el habeas corpus para liberarlos. Poco después, el 20 de marzo de 1885 el diario El Nacional exigía al Estado argentino dejar de realizar repartos de "chinas", calificando el hecho como un "acto de barbarie".^[91]​

El gobernador del territorio nacional de Río Negro Álvaro Barros denunció el exterminio de los indígenas:

Los trabajos en los que los reducimos por aprovechar sus servicios los condujeron al exterminio.^[94]​

El investigador Juan Carlos Depetris cita varias denuncias sobre el trato inhumano dado a los indígenas prisioneros realizadas en los periódicos tucumanos El Orden y La Razón en 1883 y 1885. En el primer caso los periodistas exigen que se tomen medidas para "ahorrar el posible exterminio de una raza viril y fuerte". En el segundo caso, se publicaron varios artículos con títulos como "Indios, encomiendas modernas", denunciando las condiciones inhumanas a que eran sometidos, calificándolas de "barbarie" y "esclavitud", para preguntarse:

¿Cuántos quedan de los que se repartieron en años anteriores? Casi ninguno... La trata de indios es una de las tantas injusticias que se cometen en nombre de la humanidad y por honor a ella, debemos abandonar completamente.

La Razón de Tucumán, agosto de 1885, nº 2093^[95]​

En Argentina se debate si la Conquista del Desierto constituyó un genocidio.

Un sector de historiadores considera que se trató de un genocidio, mientras que otros lo niegan.

Uno de los aspectos centrales del debate está referido a la aplicación del concepto de genocidio a hechos anteriores a 1939, fecha en la cual el término fue creado por Raphael Lemkin para referirse a la matanza de judíos por la Alemania nazi.

Algunos investigadores sostienen que la inexistencia de la palabra genocidio antes de 1939 no significa que no hayan existido genocidios antes de esa fecha, poniendo como ejemplo el genocidio armenio ocurrido entre 1915 y 1923. Otros investigadores sostienen que resulta un anacronismo definir como genocidio a las grandes matanzas sucedidas antes de 1939.

Varios estudiosos argentinos y no argentinos han realizado investigaciones para establecer si la Conquista del Desierto constituyó un genocidio, llegando a una conclusión afirmativa. Entre ellos se han destacado Jens Anderson,^[96]​ Ward Churchill,^[97]​ Walter Delrio,^[91]​ Diana Lenton,^[91]​ Marcelo Musante,^[91]​ el Equipo Mapuche Werken,^[98]​ el historiador Felipe Pigna^[79]​ y el anarquista Osvaldo Bayer.

Dentro de los argumentos de los que apoyan esta tesis se citan los que tienen que ver con la declaración de las intenciones de Argentina:

• En el Congreso se hablaba de «exterminar a los indios salvajes y bárbaros de Pampa y Patagonia».
• Desde el gobierno de Martín Rodríguez en la provincia de Buenos Aires, década de 1820, se hablaba de exterminio. Él ya decía «primero exterminaremos a los nómades y luego a los sedentarios».

También se citan los métodos utilizados en la campaña, que concuerdan con la definición de genocidio:

• Ataques a tolderías con mujeres y niños solos en momentos en que los hombres adultos estaban en otras partidas.
• Campos de detención en las actuales Valcheta, Chichinales, Chimpay y Junín de los Andes. Algunos cercados por alambre tejido de gran altura.^[99]​
• Traslados por la fuerza de los prisioneros caminando hasta Carmen de Patagones (un puerto en la desembocadura del río Negro), en donde los embarcaban a Martín García (una isla en el Río de la Plata enfrente de Buenos Aires). Estos traslados podían ser de hasta de 1000 km y exterminaron a miles de personas, ya que se mataba a los que no caminaban.
• Traslados forzosos de familias a otros sitios dentro del territorio, ocurridos después de la campaña por la «policía de frontera».
• Un segundo campo de detención en la isla Martín García. Allí tuvieron que habilitar dos cementerios especiales en 1879.
• Separación de las familias.
• Cambios de nombres, de manera que no se pudiera reconstruir la historia familiar.
• La cifra de muertos varía mucho. En la Pampa vivían unos 20 000^[100]​ a 30 000^[101]​ indígenas; más si se les sumaban los de Neuquén, las faldas andinas y la Patagonia alcanzarían las 50 000^[102]​^[103]​ o 60 000 almas,^[104]​ al momento de producirse la campaña militar, que según estimaciones no oficiales bien pudo costar unas 20 000 vidas.^[105]​ Al resto, o se los redujo en reservas, o se los separó de sus familias y culturas.

En los censos argentinos de 1895 y 1914 los indígenas de esta región no fueron contabilizados y en cambio fueron estimados en unas 30 000 y 18 425 almas en cada fecha.^[106]​

Un sector de la historiografía argentina niega que la Conquista del Desierto haya sido un genocidio. Algunos de los historiadores que han publicado trabajos sosteniendo esta postura son Juan José Cresto^[107]​ y Roberto Azzareto.^[108]​

Los argumentos utilizados para desmentir la teoría del genocidio son:

• La palabra genocidio surgió a mediados del siglo XX y constituye un anacronismo aplicarla a hechos sucedidos en el siglo XIX;^[109]​^[108]​
• Falta de documentación que pruebe la comisión de un genocidio;^[107]​
• Los indígenas tomados como prisioneros recibieron atención médica;^[107]​
• De haber habido un genocidio, debió haber sido encubierto por todos quienes participaron o estuvieron en las operaciones militares, lo que no resulta creíble;^[107]​
• Calificación del presidente Nicolás Avellaneda como un humanista incapaz de permitir que se cometiera un genocidio;^[107]​
• En los enfrentamientos entre 1820 y 1880, hubo más muertos argentinos que indígenas;^[108]​
• Parte de los guerreros indígenas tomados prisioneros fueron reclutados en las fuerzas armadas o enviados a trabajar en los ingenios tucumanos;^[108]​^[110]​
• En Argentina no se crearon reservas indígenas como en Estados Unidos porque el gobierno tenía como objetivo integrar a los indígenas en la sociedad argentina;^[108]​
• Algunos caciques se convirtieron en coroneles del ejército y un platero se convirtió en estanciero.^[108]​

En 1885 y 1886 el director del Museo de La Plata, Francisco P. Moreno, en agradecimiento a quienes le dieron hospitalidad en sus viajes de exploración, consiguió que el gobierno argentino le entregara personas tomadas prisioneras en la Conquista del Desierto. El grupo fue mantenido prisionero en el museo, en condiciones inhumanas, aunque bastante mejores que en la prisión del cuartel del Retiro, no esclavizado ni exhibido como piezas de estudio. Lo integraban el lonkgo tehuelche Modesto Inakayal, su familia y varios acompañantes.^[111]​^[112]​

Al menos seis personas murieron en el museo en circunstancias dudosas: el propio Inakayal, su esposa Margarita Foyel, la joven fueguina Tafá, el joven yámana Maish Kensis y una niña no identificada. Los restos fueron luego exhibidos en vitrinas del museo.^[113]​

El 27 de septiembre de 1887, el diario La Capital de La Plata denunció los crímenes, pero la justicia no los investigó y el tema fue considerado tabú durante más de un siglo.

En 2006 se formó el Grupo Universitario de Investigación en Antropología Social (GUIAS) para investigar los hechos. Entre sus descubrimientos, hallaron oculto detrás de una pared del museo los restos de una persona con el cráneo roto.^[112]​

Los cadáveres de los prisioneros fueron desmembrados, depostados y exhibidos en el Museo bajo el rótulo "Razas salvajes que se extinguen".^[114]​ En 2014 el Museo acumulaba más de diez mil restos óseos humanos.^[113]​

En 1994 la comunidad Mapuche-Tehuelche Pu Fotum Mapu logró que el Museo les restituyera los restos del Longko Inakayal. Años después, sin embargo, el colectivo GUIAS descubrió que el Museo no había cumplido de modo cabal con la restitución y se había quedado con su cerebro, cuero cabelludo y oreja izquierda, y que tampoco había entregado los restos de su esposa, Margarita Foyel.^[113]​ Recién veinte años después, en 2014, la comunidad lograría que el Museo restituyera todos los restos en su poder.^[114]​

Con el fin de denunciar la utilización de la ciencia para la violación de derechos humanos, en especial en el museo de La Plata, el colectivo GUIAS realizó una muestra denominada Prisioneros de la ciencia, cuestionando el mecanismo:

En el caso particular del Museo de La Plata, su fundador y primer director, Francisco Pascasio Moreno, llevó adelante un propósito geopolítico desde la institución, con el objetivo de validar la expropiación de las tierras que habitaban los pueblos originarios, que pasaban entonces a manos del estado argentino. La función científica era elaborar un discurso (y ponerlo en práctica) que demostrara que la postura ideológica de una pretendida inferioridad de las poblaciones originarias con relación al hombre blanco y a su “civilización”, era científicamente cierta, hasta el extremo de considerar que éstas se encontraban “condenadas” a la extinción. Muchos científicos de la época pusieron en práctica sus ideas, ayudando a cumplir estos vaticinios. De esta manera se continuaba la tarea comenzada con la “Campaña al Desierto”, de conquista de las tierras patagónicas, y en el Museo, los prisioneros de guerra se transformaban en prisioneros de la ciencia. Esto fue lo que ocurrió con los caciques Inakayal y Foyel, sus familias y allegados. Muchos de ellos encontraron su muerte en el Museo, después de ser obligados a colaborar con las tareas de maestranza, al tiempo que eran utilizados como informantes para las investigaciones antropológicas. Diversos factores han confluido y contribuido a la situación actual, quizás el más general han sido los 30 años de democracia que estamos viviendo en nuestro país. En este contexto se fueron dando las condiciones para que muchas comunidades de pueblos originarios comenzaran la reconstrucción de su identidad, o reforzaran su situación, y a la par de muchas luchas y reclamos, también continuaran con el pedido de restitución de los restos de sus antepasados.

Grupo GUIAS^[115]​

La sustracción por parte del Estado argentino de los restos de las personas muertas o tomadas prisioneras en la Conquista del Desierto constituye un serio daño espiritual contra las comunidades mapuche-tehuelche:

En la cosmovisión mapuche-tehuelche el ciclo de vida se cierra cuando una persona y sus energías vuelven a ser parte de la tierra. Por lo tanto, para los integrantes de las comunidades la restitución de los restos a la Ñuke Mapu (Madre Tierra, en mapudungun) implica un ordenamiento espiritual, el cual está roto desde el momento en que sus líderes se convirtieron en prisioneros de la ciencia

Lic. Fernando Pepe^[116]​

La República Argentina conmemora la Conquista del Desierto en su actual numismática.

En el anverso del primer billete de cien pesos emitido por la Casa de la Moneda se encuentra la imagen de la porción central de la clásica obra pintada por Juan Manuel Blanes: La Conquista del Desierto —cuadro que pertenece a la colección del Museo Histórico Nacional— la que presenta la siguiente frase:

JULIO ARGENTINO ROCA (TUCUMAN 1843 BUENOS AIRES 1914) MILITAR Y ESTADISTA, REALIZADOR DE LA CAMPAÑA DEL DESIERTO (1878), FIRMO EL TRATADO DE LIMITES CON CHILE. FUE DOS VECES PRESIDENTE DE LA REPUBLICA (1880-1886, 1888-1904)

La imagen de Roca se encuentra en el anverso del mismo billete, el que en 2023 circula y ha sido por mucho tiempo la más alta denominación de papel moneda en la Argentina.

La siguiente tabla muestra diversas estimaciones realizadas sobre la población y el número de guerreros que poseía cada una de las principales agrupaciones indígenas del llamado Desierto.

Estimación de la población de la Patagonia:^[121]​

1. ↑ Su nombre completo era Manuel Baigorría Gualá, alias Maricó o Baigorrita (1837-1879).
2. ↑ ^{a b c} Estanislao Severo Zeballos (1890). Recuerdos argentinos: Callvucurá y la dinastía de los Piedra. Buenos Aires: J. Peuser, pp. 276. Los caciques aliados Catriel y Coliqueo aportaron al ejército con 800 y 200 lanzas respectivamente.
3. ↑ Lobodón Garra (1969). A sangre y lanza. Buenos Aires: Ediciones Anaconda, pp. 452-453; Rómulo Félix Menéndez (1982). Las conquistas territoriales argentinas. Buenos Aires: Círculo Militar, pp. 302-303; George von Rauch (1999). Conflict in the Southern Cone: The Argentine Military and the Boundary Dispute With Chile, 1870-1902. Westport: Greenwood Publishing Group, pp. 46 y 54, nota 38. ISBN 978-0-27596-347-7. En 1878 los indígenas de la Pampa tenían 8.000 guerreros en total: la banda de Namuncurá tenía 2.300 lanzas, Catriel 760, Renquecurá 2.200, Pincén 1.800 y los ranqueles de los caciques Ramón Cabral, Baigorrita y Mariano Rosas 600.
4. ↑ Se estimaba que las hordas sumadas de los caciques Manuel Baigorrita, Ramón Cabral, Mariano Rosas, Juan Calfucurá (y su hijo Manuel Namuncurá), Santiago Renquecurá y Cipriano Catriel, entre muchos otros, alcanzaban un total de nueve mil guerreros de todas las tribus del Desierto. A estos se debían sumar ochocientos de los jefes Ramón Tripailao y Manuel Grande que rara vez participaban en los malones de los otros caciques (Coria, Juan Carlos, 2004, Julio Argentino Roca: de soldado a presidente, Buenos Aires, Círculo Militar, pp. 53).
   A estos se unen los contingentes de guerreros, principalmente wenteches o arribanos, que iban cada año a apoyar en las campañas de saqueo. Basándose en la batalla de San Carlos de Bolívar, el historiador José Bengoa Cabello los calcula el un máximo de mil quinientos o dos mil lanzas (2000, Historia del pueblo mapuche. Siglos XIX y XX, Santiago, Lom, pp. 101-102, 253).
   También estaba la confederación de Valentín Sayhueque, el más populoso de todos los grupos indígenas de la región. Probablemente hasta cinco millares de hombres capaces de tomar las armas, aunque nunca participaran de los malones de sus vecinos a pesar de las frecuentes invitaciones (Del Carmen Espósito, María, y Óscar Armayor, 2004, Arte mapuche: la historia de su pueblo, el mundo religioso, el arte textil, la platería, instrumentos musicales, alfarería, cestería y tallado, Buenos Aires, Guadal, pp. 27-28).
   Alfredo Ebelot (1839-1920) llegó a estimar en veinte mil el número de guerreros que juntaban las diferentes tribus al sur de la República Argentina en 1870 (Hernández, Isabel, 2003, Autonomía o ciudadanía incompleta: el pueblo mapuche en Chile y Argentina, Santiago, United Nations Publications, pp. 114).
5. ↑ Estanislao Severo Zeballos (1884). La dinastía de los Piedra. Buenos Aires: J. Peuser, pp. 313. La tropa de Namuncurá, compuesta de 5.000 lanzas se distribuía en: 1.500 salineros al mando de Pincén en la vanguardia, 1.000 auxiliares de la Araucanía al mando de Renquecurá en el flanco izquierdo, 1.000 serranos al mando de Carupancurá en el centro, 1.000 pehuenches de Purrán en el flanco derecho y 500 lanzas de Pincén al mando de Namuncurá como su escolta personal.
6. ↑ María del Carmen Espósito, y Óscar Armayor (2004). Arte mapuche: la historia de su pueblo, el mundo religioso, el arte textil, la platería, instrumentos musicales, alfarería, cestería y tallado. Buenos Aires: Ediciones Guadal, pp. 27-28. ISBN 978-9-87113-487-8. A pesar de las invitaciones de Calfucurá, Purrán y Namuncurá Sayhueque y sus huestes nunca participaron de los malones de los otros caciques.
7. ↑ Los salineros o chadiches (gente de la sal) eran araucanos que migraron a partir de 1830 a las Pampas de la actual Argentina.
8. ↑ En 1834 el cacique huilliche Calfucurá cruzó los Andes con 200 lanzas y se reunió para comercial con el cacique de los boroanos Mariano Rondeau en Masallé el 9 de septiembre, pero mientras la junta se llevaba a cabo los guerreros de Calfucurá atacaron por sorpresa a los boroanos, masacrando a Rondeau, la mayoría de sus capitanes y 1.000 de sus gentes. Tras esto la mayoría de los boroanos pasaron a integrarse en la tribu de los salineros.
9. ↑ ^{a b} Entre araucanos, huilliches, ranqueles, pampas y tehuelches, es decir, se incluía tanto a la Pampa como a la Patagonia en el cálculo.
10. ↑ El cacique ranquel Ramón Cabral era llamado el Platero, se rindió en 1875.
11. ↑ A la larga, su principal cacique terminó siendo Feliciano Purrán capturado por el ejército regular en 1880. Terrera, Caciques y capitanejos en la historia Argentina...; durante los años 1860 y 1870 tenía 1.600 lanceros, 27 caciques y 20.000 a 30.000 cabezas de vacuno en su poder.
12. ↑ Ignacio Coliqueo fue uno de los pocos cabecillas de los boroanos que logró escapar de la masacre de Masallé, volvió a Boroa y luego se estableció en Temuco pero en 1869 ante el avance del ejército chileno migró con 250 seguidores a la Pampa, estableciéndose en Los Toldos como aliado de Mitre donde formó su propia tribu, murió en 1871 a los ochenta y cinco años.
13. ↑ ^{a b} Graciana Pérez Zavala. "La política interétnica de los ranqueles durante la segunda mitad del siglo XIX". Quinto Sol. No. 11, 2007, pp. 77. ISSN 0329-2665. En 1872 en una expedición del ejército argentino en respuesta a los ataques contra fuertes en las fronteras fueron acompañados por 800 lanceros de Catriel y 150 de Coliqueo.
14. ↑ La tribu de Catriel también es denominada como "serranos".
15. ↑ Terrera, Caciques y capitanejos en la historia Argentina...; Renquecurá (Reuque Curá) en los años sesenta tenía 2.500 bajo su mando, prestando hasta 1.000 a su hermano Calfucurá; en 1875 le quedaban 2.000. Se rindió en 1883 tras dos años de duros combates con las tropas argentinas.
16. ↑ Terrera, Caciques y capitanejos en la historia Argentina...; Pincén tenía 150 lanzas propias pero junto al aporte de sus aliados, entre ellos Cañumil, alcanzaba a reunir 600.
17. ↑ Guillermo Alfredo Terrera (1974). Caciques y capitanejos en la historia Argentina: La epopeya del desierto. Buenos Aires: Plus Ultra, pp. 200. Namuncurá en 1873 al llegar al poder tenía 2.500 lanzas a su mando, cuatro años después le quedaban apenas mil.
18. ↑ Su nombre completo era Vicente Catrinao Pincén, fue capturado en 1878.
19. ↑ Durante y tras la Guerra a muerte en Chile, durante los años 1820, miles de araucanos de diversas tribus, migraron masivamente a la Pampa huyendo del brutal conflicto. Destacan los boroanos y los manzaneros de Chocorí, padre de Sayhueque, estos últimos terminaron mezclándose con tribus de tehuelches septentrionales.
20. ↑ Lidia Rosa Nacuzzi (2002). Funcionarios, diplomáticos, guerreros: miradas hacia el otro en las fronteras de Pampa y Patagonia, siglos XVIII y XIX. Buenos Aires: Sociedad Argentina de Antropología, pp. 230. ISBN 978-9-87971-219-1. Él 1 de enero de 1885 se rindió Sayhueque con 700 lanzas y 2.500 indios de chusma.
21. ↑ De ellos, 3.000 eran yaganes.

• Ocupación de la Araucanía, el conflicto en la zona chilena.
• Batalla de Cochicó
• Batalla de San Carlos de Bolívar
• Reino de la Araucanía y la Patagonia
• Genocidio selk'nam
• Conquista del Chaco
• Fortinera

• Walther, Juan Carlos (1948). La Conquista del Desierto - Síntesis histórica de los principales sucesos ocurridos y operaciones militares realizados en La Pampa y Patagonia contra los indios (años 1527-1885). Buenos Aires: EudeBa. p. 832. 
• De Marco, Miguel Ángel (2010). La guerra de la frontera: Luchas entre indios y blancos, 1536-1917. Buenos Aires: Emecé. p. 558. ISBN 9789500432771. 
• Ruiz Moreno, Isidoro J. (2009). Campañas Militares Argentinas (Tomo 5), Luchas contra Indios y Sediciosos. Buenos Aires: Claridad. p. 292. ISBN 9789506202859. 
• Barros, Álvaro (1975). Campañas Militares Argentinas (Tomo 5), Luchas contra Indios y Sediciosos. Buenos Aires: Solar/Hachette. p. 366. ISBN 9789506202859. 
• Marcó del Pont, Augusto (1931). Roca y su tiempo (cincuenta años de historia argentina). Buenos Aires: Talleres gráficos argentinos L. J. Rosso. p. 481. 
• Ruiz Moreno, Isidoro J. (2005). Campañas Militares Argentinas: La Política y la Guerra. Buenos Aires: Emece. p. 540. 
• Andermann, Jens. «Argentine Literature and the 'Conquest of the Desert' 1872-1896». Relic and Selves. 
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• Lenton, Diana Isabel (2014). «De centauros a protegidos. La construcción del sujeto de la política indigenista argentina desde los debates parlamentarios (1880 – 1970)». Corpus 4 (2). 
• Pigna, Felipe (27 de noviembre de 2013). «Los campos de concentración de la “conquista del desierto”». Corpus. 

• Wikisource contiene obras originales de o sobre Conquista del Desierto.
• Wikisource contiene obras originales de o sobre Conquista del Desierto.
• Wikisource contiene obras originales de o sobre Conquista del Desierto.
• Wikisource contiene obras originales sobre la Conquista del Desierto.

• "Nicolás Avellaneda", biografía por Felipe Pigna
• "Consecuencias económicas de la Conquista del Desierto" - Historia de las Relaciones Exteriores Argentinas
• "Ocupación efectiva de la Región Patagónica por el gobierno argentino" Archivado el 12 de diciembre de 2010 en Wayback Machine. - Historia de las Relaciones Exteriores Argentinas
• "Campaña del Desierto" Olimpíadas Nacionales de Contenidos Educativos en Internet Archivado el 27 de junio de 2006 en Wayback Machine.
• "La Guerra del Desierto", diferentes vistas por Juan José Cresto, Osvaldo Bayer et al. - ElOrtiba.org
• Entrevista a Diana Lenton y Walter Del Río
• "Roca y el mito del genocidio" por Juan José Cresto
• Film de Osvaldo Bayer que desarrolla una historia crítica a la "Campaña al Desierto" Archivado el 17 de septiembre de 2017 en Wayback Machine.
• Historia del cacique Pincen. Indio Bravo Archivado el 2 de mayo de 2015 en Wayback Machine.