Après six kilomètres en léger faux plat, les coureurs doivent grimper le mur de Ca' del Poggio, qui est une côte de quatrième catégorie comptant pour le classement des grimpeurs. Ils traversent ensuite Pieve di Soligo et se rendent au col San Martino. Après trois kilomètres de descente, les derniers hectomètres sont une pente à 5,5%.
Filippo Ganna obtient un nouveau succès à l'occasion du deuxième contre-la-montre. Le champion du monde devance de 26 secondes son coéquipier Rohan Dennis et de 1 minute 09 Brandon McNulty. João Almeida et Wilco Kelderman sont dans le Top 10 de l'étape, à 1 minute 31 et 1 minute 47 de Ganna. Rafał Majka termine à 2 minutes 37 du vainqueur. Peio Bilbao, Vincenzo Nibali, Fausto Masnada et Domenico Pozzovivo à environ 3 minutes, Jakob Fuglsang à 3 minutes 13, Patrick Konrad et Jai Hindley à plus de 3 minutes 30. Almeida assoit sa position de leader du classement général, avec désormais 56 secondes d'avance sur Kelderman. Derrière, Bilbao, McNulty, Nibali, Majka et Pozzovivo se tiennent en une vingtaine de secondes, avec 2 minutes 11, 2 minutes 23, 2 minutes 30 et 2 minutes 33 (pour les deux derniers) de retard. Masnada, Konrad et Hindley complètent le Top 10, à plus de 3 minutes du maillot rose, tandis que Geoghegan Hart et Fuglsang restent en embuscade, à moins de 30 secondes de la 10e place.