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Alors que la brigade du SWAT se prépare à enfoncer la porte d'un cambrioleur de haut vol, un drone bourré d'explosif est utilisé pour commettre un attentat sur la plage. À peine Hondo et son équipe sont-ils réassignés sur cette affaire qu'un second drone se fait sauter au centre-ville. L'équipe doit agir rapidement pour éviter que la liste des victimes ne se rallonge. Parallèlement, Luca décide de lancer son affaire de food-truck en plus de sa carrière dans la police.
La Gourou d'une secte dissoute plusieurs années auparavant à la suite d'une descente de police s'évade avec l'aide d'anciens membres. Elle a l'intention d'enlever des innocents pour les immoler par le feu dans un rituel macabre. Par ailleurs, le SWAT se voit assigner un observateur par la mairie: la Lieutenante Piper Lynch.
La Lieutenante Lynch et le Commandant Hicks s'affrontent sur les méthodes du SWAT, en particulier l'importance de l'entraînement. Lynch obtient de la mairie l'assignation du SWAT à une mission d'infiltration: Un gang autrefois dissout tente de se reformer en obligeant une pointure dans la fausse monnaie à leur fabriquer des faux billets afin de pouvoir s'acheter un arsenal suffisant pour déclencher une guerre avec la police.
Alors que Deacon passe une journée détente avec sa famille dans un marché de fleurs, des motards aux tactiques militaires font irruption et ouvrent le feu dans la foule. Bien que la famille de Deacon n'ait rien, ce dernier et ses collègues mettent tout en œuvre pour stopper ces narcotrafiquant colombiens qui utilisent les fleuristes pour distribuer leur drogue sous les ordres du Général Emiliano Murido. Mais le Général est protégé par la CIA et ses criminels se révèlent plus dangereux que prévu quand ils vont jusqu'à attaquer Deacon et sa famille dans sa maison. De son côté, Luca à du mal à trouver des investisseurs pour son affaire.
Un convoi de la police de Los Angeles transportant des armes saisies est attaqué par une bande armée parfaitement coordonnée à Long Beach. Le S.W.A.T va devoir collaborer avec la police de Long Beach pour retrouver ces armes; et Street va devoir renouer avec son frère adoptif, qui est en contact avec le milieu criminel et avec qui il est en mauvais termes. Quant à Luca, le reste de son équipe se décide finalement à investir dans son affaire.
Amina Amhadhi, une militante des droits de l'Homme du Moyen-Orient, est kidnappée juste après son discours par une équipe de mercenaires de son pays. Le S.W.A.T. est assignée à cette affaire par la gouverneure pour la retrouver. Entretemps, Luca rencontre des problèmes avec le food-truck qu'il a acheté.
Les membres de l'équipe sont à la recherche de braqueurs en fuite, armés d'une lance thermique capable de presque tout sectionner. Chris demande conseil à Deacon car sa relation avec Kira et Ty est très tendue. Quant à Street, il tente de trouver le courage de dire à Hicks qu'il sort avec sa fille Molly.
L'équipe du S.W.A.T. mène des négociations tendues avec une famille menacée d'expulsion, et qui a pris un officier en otage. Pendant ce temps, Hondo aide son père, qui vient d'avoir des soucis de santé. La relation entre Chris, Kira et Ty se trouve à un tournant critique.
Quand une policière infiltrée dans la mafia bulgare est portée disparue, le SWAT s'associe à la brigade anti-crime organisé pour la retrouver avant que le cartel ne la revende et en fasse une esclave pour la prostitution. Chris tente de réconforter les parents de la policière enlevée, car on leur interdit l'accès à certains détails de l'enquête.
L'équipe doit assurer la sécurité d'un chef de guerre au cours de son extradition par la Cour pénale internationale. Le père de Hondo tente de faire amende honorable auprès de Charice. De son côté, le frère adoptif de Street, Nate, demande de l'aide. Quant à Deacon, il accepte de faire une thérapie, pour sa fille Lila.
Après le braquage au cours duquel Street a descendu les braqueurs, ce dernier est victime de chantage de la part du patron mafieux de son frère, Nate, et démissionne de la police. Pendant ce temps, les autres membres de l'équipe se consacrent à une affaire délicate. Un gang lourdement armé et composé de plusieurs équipes s'attaque aux casinos.
Le braquage et le renvoi de Street s'avèrent être une mise en scène pour lui permettre de s'infiltrer dans le cartel dirigé par le patron de Nate afin d'identifier le fournisseur de drogue. Hondo et l'équipe soutiennent Street lorsqu'il risque sa vie pour aider Nate, son frère adoptif, à s'échapper du réseau de narcotrafiquants.
Hondo, Deacon, Tan et le commandant Hicks escortent un fugitif extradé au Japon. Quand ce dernier parvient à s'échapper, ils se lancent dans une chasse à l'homme à travers Tokyo tandis qu'à Los Angeles, le reste de l'unité recherche les contacts du criminel.
Le S.W.A.T recherche un lien entre les victimes d'un tireur isolé qui cible des femmes ; Luca participe à une enquête sur un homicide dans son quartier; Lynch pousse Chris à accorder une entrevue télévisée.
Pour boucler ses fins de mois, Deacon a un deuxième emploi de garde de sécurité privé. Au cours d'un match de boxe de haut niveau dont il assure la sécurité, il se retrouve au milieu d'une affaire de kidnapping. La femme d'un des deux boxeurs est enlevée. Darryl est frustré qu'Hondo ait si peu de droits paternels le concernant. Tan prend la décision de présenter Bonnie à sa mère, bien qu'il craigne ses critiques.
Le SWAT se lance à la recherche d'un adolescent. Leur enquête les mène jusqu'à une personne bénéficiant du programme de protection des témoins. Hondo se dispute avec sa petite amie au sujet d'une conférencière invitée au centre communautaire. De son côté, Luca craint de ne pas être physiquement apte à la reprise du travail de terrain.
Le S.W.A.T. s'associe à l'anti-gang pour mettre un terme aux activités des quatre gangs les plus dangereux de Los Angeles. Leurs chefs se sont réunis dans un hôtel, placé à leur insu sous surveillance par la police, afin de négocier une association qui leur permettra de démultiplier leur profit. Mais l'arrivée du père de la petite amie d'un des chefs de gang, qui s'avère être policier, fait dégénérer la situation et le S.W.A.T. doit intervenir pour empêcher la fuite des malfrats prêts à tout pour s'échapper. Par ailleurs, Luca, qui a bien d'autres soucis en tête, doit en outre raisonner son frère Terry. Celui-ci, qui est journaliste indépendant, a réussi à pénétrer dans le périmètre sécurisé par la police pour filmer l'événement, mettant sa vie en danger et menaçant le bon déroulement de l'opération.
Buck, l'ancien chef de l'escouade dirigée par Hondo, ne répond plus au téléphone. L'équipe craint qu'il n'attente à sa vie, rongé par les remords après avoir involontairement provoqué la mort d'un civil. Mais, un duo de braqueurs shooté aux Amphétamines prends des otages, puis l'un braqueurs s'échappe et tue dans sa fuite une mère et son bébé.
Le SWAT traque un prisonnier qui a réussi à s'évader et a bien l'intention d'abattre toutes les personnes responsables de son arrestation et à sa condamnation. Le témoin et la procureure qui ont participé au procès ont déjà été exécutés, et Tan, qui l'a arrêté, a failli se faire abattre avec sa petite amie. L'équipe doit empêcher le détenu de faire une hécatombe, les suivants sur sa liste étant entre autres le juge et les jurés, ainsi que la lieutenant Lynch. Chris réalise à quel point la loi n'est pas égale pour tous lorsqu'elle arrête le fils de l'adjoint au maire. La relation entre Nichelle et Hondo est perturbée par l'arrivée surprise de sa sœur.
Chris n'accepte pas que le fils de l'adjoint au maire qu'elle avait arrêté alors qu'il conduisait en état d'ébriété s'en sorte sans encombre et se lance dans un combat qui semble perdu d'avance. Par ailleurs, le SWAT se lance à la poursuite d'un couple qui sème la mort.
Informée du lieu et de l'heure de l'atterrissage d'un avion chargé de drogue, l'équipe, secondée par la brigade des stups, tente d'interpeler les trafiquants. Mais l'avion les repère et redécolle avant de s'écraser un peu plus loin, dans la banlieue de Los Angeles. La traque continue alors au sol. Hondo tente de recoller les morceaux avec Nichelle. Luca, quant à lui, appréhende son retour sur le terrain.