Simone Borgheresi commence sa carrière professionnelle en 1992 dans l'équipe Amore e Vita. Il obtient sa première victoire en 1995 en remportant une étape Tour d'Aragon. Il prend également cette année-là la huitième place de Tirreno-Adriatico. Après une saison chez Mapei, il rejoint la Mercatone Uno. Il acquiert ses principaux succès avec cette équipe : la Subida a Urkiola, le Tour des Apennins et le Tour du Trentin. Il épaule également le leader de l'équipe Marco Pantani sur les grands tours, notamment lors de sa victoire sur le Tour de France 1998. Il est également à ses côtés lors du Giro 1999 qui voit l'exclusion de l'équipe Mercatone Uno à la veille de l'arrivée à Milan en raison d'un contrôle sanguin révélant un hématocrite supérieur à 50 % chez Pantani[1]. Il met fin à sa carrière en 2002.
En 2004, il prend la tête de l'équipe Team ICET. Il intègre ensuite l'encadrement de l'équipe Ceramica Flaminia jusqu'en 2007[2].