La sopravvenuta retrocessione in Serie B comportò per il Napoli, nell'estate 1961, l'addio a giocatori di valore come Bugatti, Posio e Del Vecchio; a sostituirli, tra gli altri, Pierluigi Ronzon il quale disputerà sei stagioni in maglia azzurra, l'ala Amos Mariani, il portiere Walter Pontel e il giovane centrocampista Luigi Simoni. In campionato la formazione campana totalizzò 43 punti, piazzandosi al secondo posto della classifica, alle spalle del Genoa, e ottenendo così l'immediato ritorno in Serie A.
La punizione di Gianni Corelli che sbloccò il risultato nella vittoriosa finale di Coppa contro la SPAL
La squadra, inizialmente affidata all'ex centrocampista azzurro Fioravante Baldi, stentò a decollare sicché fu chiamato in panchina la vecchia gloriaBruno Pesaola, il quale non solo condusse il Napoli alla promozione, ma a sorpresa anche alla conquista del primo trofeo nella storia del club, la Coppa Italia vinta nella finale unica di Roma contro la SPAL, squadra allora in Serie A — eguagliando così il Vado nel ristretto novero delle squadre capaci di centrare quest'affermazione pur non militando nella massima categoria —; la squadra del Petisso[1] eliminò dalla competizione l'Alessandria al primo turno (1-1 e 6-5 ai rigori), la Sampdoria in A al secondo turno (7-6 ai rigori dopo lo 0-0 nei tempi regolamentari), il Torino, anche esso in Serie A, agli ottavi per 0-2, la Roma per 0-1 ai quarti e il Mantova (in A) nella semifinale per 2-1, battendo infine gli spallini nella finale dell'Olimpico (2-1).
Miglior marcatore stagionale fu Gianni Corelli il quale realizzò 13 reti, di cui 11 in campionato e 2 in Coppa Italia; buoni i bottini anche di Achille Fraschini, con 10 reti in campionato, e del centrocampista Pierluigi Ronzon, con 9 reti in campionato e 1 — decisiva — nella finale di Coppa.