Il club fu fondato il 16 novembre 1909 come EVV Eindhoven. Nel 1954 l'Eindhoven conquistò l'ultimo titolo nazionale prima dell'introduzione della lega professionistica. Dopo essere diventato professionista, il club giocò in Eredivisie fino al 1957, quando il club retrocesse in Eerste Divisie, dove rimase fino alla retrocessione del 1969. Due anni dopo il club tornò prima in Eerste Divisie e, nel 1975, in Eredivisie. Nel 1977 l'Eindhoven retrocesse di nuovo in Eerste Divisie, e da quel momento non ha più cambiato serie.
La rivalità più grande è con il vicino PSV, contro cui giocano il Lichtstad Derby ('Derby della città della luce'). Come per le squadre di Glasgow, le origini di tale rivalità sono religiose. L'FC Eindhoven possiede radici cattoliche, mentre il PSV protestanti.
Nel 2004 l'FC Eindhoven aveva stipulato un accordo con il PSV (poi conclusosi nel 2005) concernente la possibilità di scambiarsi i calciatori delle formazioni giovanili.
Paesi Bassi 
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