Foto | Titolo | Anno | Supporto | Dimensioni | Collocazione | Città | Note |
| Visione di san Girolamo | 1602 circa | olio su tela | 51,1×39,8 | National Gallery | Londra | Già in collezione Aldobrandini |
| Liberazione di san Pietro | 1602 circa | olio su tela | | Basilica di San Pietro in Vincoli | Roma | |
| Sacrificio d'Isacco | 1602 | olio su rame | 32,5×44,3 cm | Kimbell Art Museum | Fort Worth | Già in collezione Aldobrandini |
| Allegoria della Notte | 1602-1605 | olio su tela | 128×155 cm | Musée Condé | Chantilly | Opera di Annibale Carracci e Innocenzo Tacconi: del Domenichino sono le figure dei due bambini personificazioni del Sonno e della Morte; già in collezione Farnese |
| Paesaggio boscoso con scena di caccia | 1603 circa | | | Pinacoteca Nazionale | Bologna | |
| Paesaggio con fiume e barche | 1603 circa | | | Pinacoteca Nazionale | Bologna | |
| Paesaggio con guado | 1603 circa | olio su tela | 47×59,5 cm | Galleria Doria Pamphilij | Roma | |
| Paesaggio col battesimo di Cristo | 1603 circa | olio su tela | 122×171,5 cm | Kunsthaus | Zurigo | Già in collezione Aldobrandini, attribuito assieme alla collaborazione di Giovanni Battista Viola |
| Ritratto di giovane | 1603 | olio su tela | 69×56 cm | Pinacoteca | Darmstadt | |
| Pietà | 1603 | olio su rame | 53×37,5 cm | Metropolitan Museum | New York | Già Harbrough, Lincolnshire (Inghilterra), collezione Earl of Yarborough; acquistato nel 2008 dal Metropolitan Museum |
| Cristo alla colonna | 1603 circa | olio su tela | 201×105,1 cm | Collezione privata | | |
| Ritratto di monsignor Giovan Battista Agucchi | 1603-1604 | olio su tela | 60,3×46,3 cm | City Art Gallery | York | Recentemente assegnato ad Annibale Carracci |
| Paesaggio con un bambino che rovescia il vino | 1604-1605 circa | olio su tela | 57,5×68,5 cm | Louvre | Parigi | Probabilmente già in collezione Aldobrandini |
| Ritratto del cardinale Girolamo Agucchi | 1604-1605 | olio su tela | 141×111 cm | Uffizi | Firenze | |
| Fuga in Egitto | 1605 circa | olio su rame | 26×35 cm | Allen Memorial Museum | Oberlin | |
| Ritorno dall'Egitto | 1605 circa | olio su tela | 36×48 cm | Museo Francisque Mandet | Riom | |
| Sacra Famiglia con San Giovannino | 1605 | | | Collezione Cerruti | Rivoli | |
| Madonna col Bambino e san Giovannino | 1605 | olio su tela | 38×47 cm | Louvre | Parigi | |
| Ritratto del cardinale Girolamo Agucchi | 1605 | | | Basilica di San Pietro in Vincoli | Roma | |
| Paesaggio con eremita | 1605-1606 circa | olio su tavola | 30×37 cm | Louvre | Parigi | |
| Lapidazione di santo Stefano | 1605-1607 | olio su rame | 55×40 cm | Musée Condé | Chantilly | |
| Martirio di san Sebastiano | 1605-1610 | olio su tela | 141×95 cm | Palazzo Durazzo-Pallavicini | Genova | |
| Martirio di san Sebastiano | 1605-1610 | olio su tela | 138,5×94,5 cm | Gemäldegalerie Alte Meister | Dresda | |
| Sant'Agnese | 1606 | olio su tela | 147×101 cm | Galleria nazionale d'arte antica di Palazzo Barberini | Roma | Già in collezione Chigi |
| San Gerolamo | 1606-1608 | olio su rame | 49,3×37,5 cm | Collezione privata | - | |
| Rapimento di san Paolo | 1606-1608 | olio su rame | 50×38 cm | Museo del Louvre | Parigi | Gia in collezione di Giovanni Battista Agucchi; l'opera era un pendant del San Girolamo precedente e di un San Francesco non rintracciato |
| Adorazione dei pastori | 1607 | olio su rame | 143×115 cm | National Gallery of Scotland | Edimburgo | Copia da Annibale Carracci |
| Arco di Trionfo | 1607-1610 | olio su tela | 70×60 cm | Museo del Prado | Madrid | |
| Andata al Calvario | 1610 circa | olio su rame | 53,7×67,6 cm | Paul Getty Museum | Los Angeles | |
| Paesaggio con san Giorgio e il drago | 1610 circa | olio su tavola | 52,7×61,8 cm | National Gallery | Londra | |
| Paesaggio con San Gerolamo | 1610 circa | olio su tavola | 44×59,8 cm | Kelvingrove Art Gallery and Museum | Glasgow | |
| Paesaggio con Tobia e l'angelo | 1610-1613 circa | olio su rame | 45,1×33,9 cm | National Gallery | Londra | |
| Paesaggio con Mosè e il roveto ardente | 1610-1616 | olio su rame | | Metropolitan Museum | New York | |
| Ritratto del cardinale Lanfranco Margotti | 1611 | | | Basilica di San Pietro in Vincoli | Roma | |
| Comunione di san Girolamo | 1614 | olio su tela | 419×256 cm | Pinacoteca Vaticana | Città del Vaticano | |
| Alessandro e Timoclea | 1615 circa | olio su tela ovale | 113×115,3 cm | Louvre | Parigi | Già in collezione Peretti |
| Paesaggio con Silvia e il satiro | 1615 circa | olio su tela | 38,5×51,5 cm | Pinacoteca Nazionale | Bologna | |
| Angelo custode | 1615 | olio su tela | 249×210 cm | Museo nazionale di Capodimonte | Napoli | |
| Ritratto di Paolo Spada | 1615-1618 | olio su tela | 82,7×64 cm | Galleria Spada | Roma | Attribuito; già in collezione Spada |
| Sibilla Cumana | 1617 circa | olio su tela | 123×94 cm | Galleria Borghese | Roma | Destinata in origine alla collezione Aldobrandini, finì poi in collezione Borghese |
| Sibilla Cumana | 1617 circa | olio su tela | 138×103 cm | Musei capitolini | Roma | Già in collezione Pio di Savoia; una replica ritenuta il prototipo di questa romana è a Brechin in collezione privata, già in collezione Ratta a Bologna |
| Ritratto del cardinale Jean de Bonsy | 1616 | olio su tela | 150×112 cm | Museo Fabre | Montpellier | |
| Caccia di Diana | 1616-1617 | olio su tela | 225×320 cm | Galleria Borghese | Roma | Destinata in origine alla collezione Aldobrandini, finì poi in collezione Borghese |
| Santa Cecilia e un angelo | 1617-1618 | olio su tela | 160×120 cm | Louvre | Parigi | Già in collezione Ludovisi |
| Madonna del Rosario | 1617-1621 | | | Pinacoteca Nazionale | Bologna | |
| Madonna della Rosa | 1618-1619 | olio su | 111×76,4 cm | Museo Nazionale | Poznań | Già in collezione Nolfi |
| Martirio di san Pietro Martire | 1618-1620 circa | olio su tela | 345×236 cm | Pinacoteca Nazionale | Bologna | |
| Apparizione della Madonna di Loreto a san Giovanni Battista, san Paternanio e sant’Antonio Abate | 1618--1620 | olio su tela | 267,3×196,2 cm | North Carolina Museum of Art | Raleigh | |
| Martirio di sant'Agnese | 1619-1625 | olio su tela | 533×342 cm | Pinacoteca Nazionale | Bologna | |
| Sant'Agnese e l'angelo | 1620 circa | olio su tela | 212,7×152,4 cm | Collezioni reali | Hampton Court | |
| Ritratto di Virginio Cesarini | 1620 circa | olio su tela | 64×50 cm | Uffizi | Firenze | |
| Santa Maria Maddalena in gloria | 1620 circa | olio su tela | 129 ×110 cm | Ermitage | San Pietroburgo | |
| David con la testa di Golia | 1620 circa | | | Pinacoteca comunale | Fano | Attribuito |
| Re David suona l'arpa | 1620 circa | olio su tela | 240×170 cm | Reggia | Versailles | Già in collezione del cardinale Giulio Mazzarino |
| Rinaldo e Armida | 1620 circa | olio su tela | 121×167 cm | Louvre | Parigi | Già in collezioni Gonzaga |
| Paesaggio con la fuga in Egitto | 1620-1623 circa | olio su tela | 164×213 cm | Louvre | Parigi | Già in collezione Ludovisi, poi in collezione del cardinale Giulio Mazzarino |
| Cristo deriso | 1620-1629 | olio su tavola | 57,5×68 cm | Palazzo del Quirinale | Roma | Del dipinto sono note altre repliche autografe, tra cui una al Museo di Princeton e un'altra (olio su tela, 60×75 cm) in collezione privata a Monte Carlo |
| San Giovanni Evangelista | 1620-1629 circa | olio su tela | 259×199,4 cm | National Gallery | Londra | Originariamente nella collezione di Vincenzo Giustiniani. Poi già Glyndebourne, Inghilterra, collezione Christie, ora Gran Bretagna, collezione privata ma in prestito alla National Gallery di Londra (venduto a Londra, presso Christie's, 8 dicembre 2009). |
| Madonna col Bambino e san Francesco d'Assisi | 1620-1629 | olio su rame | 43×36 cm | Louvre | Parigi | Già in collezione Barberini |
| Conversione di san Paolo | 1620-1629 | olio su rame | 37×30 cm | Palazzo Durazzo-Pallavicini | Genova | |
| San Giovanni Evangelista | 1620-1629 | | | Bob Jones University | Greenville | |
| Sansone beve dalla mascella d'asino | 1620-1629 | olio su tela | 226×147 cm | Museo di palazzo Mans | Lucca | |
| Paesaggio con Ercole e Caco | 1621-1622 circa | olio su tela | 121×150 cm | Louvre | Parigi | Già in collezione Ludovisi |
| Paesaggio con Ercole e Acheloo | 1621-1622 circa | olio su tela | 121×149 cm | Louvre | Parigi | Già in collezione Ludovisi |
| Ritratto di papa Gregorio XV con il nipote cardinale Ludovico Ludovisi | 1621-1622 | olio su tela | 223×150 cm | Museo des Beaux-Arts | Béziers | Già in collezione Ludovisi, poi in collezione Borghese |
| Peccato originale | 1621-1623 | olio su tela | 310×450 cm | Galleria Pallavicini | Roma | Già in collezione Ludovisi, poi passato nella collezione Rospigliosi e infine in quella Pallavicini |
| Sibilla | 1622 circa | olio su tela | 77,4×68,2 cm | Collezione Wallace | Londra | |
| Visione di sant'Ignazio di Loyola | 1622 circa | olio su tela | 165,5×98 cm | County Museum of Art | Los Angeles | Commissionata da Odoardo Farnese per la cappella Farnese della casa Professa dei Gesuiti a Roma, poi sostituita da una sua copia |
| Erminia tra i pastori | 1622-1625 | olio su tela | 124×181 cm | Louvre | Parigi | |
| Conversione di Paolo | 1623 | | | Duomo | Volterra | |
| Cacciata di Adamo ed Eva dal Paradiso | 1623-1625 | olio su tela | 68,6×54,6 cm | Collezione del duca di Devonshire | Chatsworth House | |
| Cacciata di Adamo ed Eva dal Paradiso | 1623-1625 | olio su rame | 95×75 cm | Museo di Grenoble | Grenoble | |
| Presentazione di Maria al Tempio | 1623-1627 | olio su tela | 218×139 cm | Santuario di Nostra Signora della Misericordia | Savona | |
| Allegoria dell'Agricoltura, dell'Astronomia e dell'Architettura | 1625 circa | olio su tela | 102×154 cm | Galleria Sabauda | Torino | |
| Santa Maria Maddalena | 1625-1627 circa | olio su tela | 119×94 cm | Galleria nazionale d'Irlanda | Dublino | Già nel palazzo Roncalli Benedetti di Foligno |
| Trionfo dell'Amore | 1625-1633 | olio su tavola | 134×110 cm | Louvre | Parigi | In collaborazione con Daniel Seghers che realizzò la parte floreale |
| Cacciata di Adamo ed Eva dal Paradiso | 1626 | olio su tela | 121,9×172,1 cm | National Gallery of Art | Washington | Già in collezione Colonna, poi in quella Barberini |
| Madonna col Bambino e i santi Filippo e Giacomo | 1626-1627 | | | Chiesa di San Lorenzo in Miranda | Roma | |
| Sacrificio d'Isacco | 1626-1627 | olio su tela | 147×140 cm | Museo del Prado | Madrid | |
| Santa Maria Maddalena penitente | 1626-1628 | olio su tela | 88,7×76 cm | Palazzo Pitti | Firenze | Dell'opera sono note due copie, in collezione Rotschild e a Versailles |
| Madonna col Bambino, san Giovannino, san Petronio e angelo | 1626–1629 | olio su tela | 430×278 cm | Galleria nazionale d'arte antica di palazzo Barberini | Roma | Già nella chiesa di San Giovanni Evangelista e San Petronio dei Bolognesi di Roma, il dipinto è di proprietà della Pinacoteca di Brera di Milano ed è in sottoconsegna al museo romano. |
| Madonna della Rosa | ante 1627 | olio su tela | 110,5×83,8 cm | Collezione del duca di Devonshire | Chatsworth House | Già in collezione Nolfi, poi donata alla chiesa di Santa Maria della Vittoria a Roma, è la replica della tela di Poznan |
| Assunzione della Vergine | 1629–1630 | olio su rame ottagonale | | chiesa di Santa Maria in Trastevere | Roma | |
| Testa di san Giovanni Battista | 1630 circa | olio su tela | 49×60 cm | Museo della Real academia de bellas artes de San Fernando | Madrid | |
| Estasi di san Francesco | 1630 | olio su tela | 241×156 cm | Chiesa di Santa Maria della Vittoria, cappella Merenda | Roma | |
| Stimmate di san Francesco | 1630 | | | Chiesa di Santa Maria della Concezione | Roma | |
| Paesaggio con città fortificata | 1632-1637 | olio su tela | 113,2×197 cm | National Gallery | Londra | |
| Cristo appare alla Madre | 1634-1635 | olio su tela | 235×163 cm | Palazzo Durazzo-Pallavicini | Genova | |
| Consacrazione di un imperatore romano | 1634-1635 | olio su tela | 227×363 cm | Museo del Prado | Madrid | |
| Cristo deriso | 1635 circa | olio su rame | 59×69,7 cm | University Art Museum | Princeton | Replica del dipinto al palazzo del Quirinale |
| Decollazione di San Gennaro | 1640 | olio su rame | | Duomo, cappella del Tesoro di San Gennaro | Napoli | |
| Infermi visitano la tomba di san Gennaro | 1640 | olio su rame | | Duomo, cappella del Tesoro di San Gennaro | Napoli | |
| San Gennaro guarisce un infermo | 1640 | olio su rame | | Duomo, cappella del Tesoro di San Gennaro | Napoli | |
| San Gennaro libera un'ossessa | 1640 | olio su rame | | Duomo, cappella del Tesoro di San Gennaro | Napoli | |
| San Gennaro resuscita un morto | 1640 | olio su rame | | Duomo, cappella del Tesoro di San Gennaro | Napoli | |