分子系统发生学 此條目已列出參考文獻,但因為沒有文內引註而使來源仍然不明。 (2018年11月3日)请加上合适的文內引註来改善这篇条目。 此條目需要补充更多来源。 (2018年11月3日)请协助補充多方面可靠来源以改善这篇条目,无法查证的内容可能會因為异议提出而被移除。致使用者:请搜索一下条目的标题(来源搜索:"分子系统发生学" — 网页、新闻、书籍、学术、图像),以检查网络上是否存在该主题的更多可靠来源(判定指引)。 Haeckel描绘的生命系统树 分子系统发生学(Molecular phylogenetics)是分析遗传分子差异(主要是DNA序列)的系统发生学的一个分支,以获得有机体进化关系的信息。分子系统发生学分析的结果在系统发生树(phylogenetic tree)中表达。分子系统发生学是分子系統分類學的一个方面,更广泛的术语还包括在生物分类学和生物地理学中使用分子数据。 分子系统发生学和分子演化相关。 分子进化是在生命树(进化)的各个分支中在分子水平(基因,蛋白质等)上选择性变化(突变)的过程。 分子系统发育学推断由于分子进化而产生的进化关系,并导致系统发育树的构建。 根据1870年代Haeckel所知的信息,右边显示的图描绘了生命系统树作为最早的详细树木之一。 分子系統發生學的出現,很可能會改變大眾對舊有動物分類的認識。舉例說:傳統上鱗翅目物種皆二分為蛾跟蝴蝶兩大分支,但研究認為其實所有蝶類皆應歸類到鳳蝶總科去,而鳳蝶總科又是鱗翅目之中、有喙亞目之中、真鱗翅類之中、真異脈類之中、雙孔亞目之中、短突雙孔類之中、螟蛾類中的一個演化支[1]。類似的改變還有嚙蟲總目的合併,以及白蟻被合併進蜚廉目的例子。 参考[编辑] ^ Kawahara, A. Y., & Breinholt, J. W. (2014, August). Phylogenomics provides strong evidence for relationships of butterflies and moths. In Proc. R. Soc. B (Vol. 281, No. 1788, p. 20140970). The Royal Society. 黄原,《分子系统发生学》 相关条目[编辑] 系统发生树 分子演化 查论编系统发生學相关领域 计算系统发生学(英语:Computational phylogenetics) 分子系统发生学 支序系統學 生物分类学 系統分類學 演化分类学(英语:Evolutionary taxonomy) 基本概念 系統發生(分支發生(英语:Cladogenesis)) 系統發生樹(支序图) 演化網路 長枝吸引效應 演化支和演化级(英语:Evolutionary grade) 谱系(英语:Lineage (evolution))(幽灵谱系(英语:Ghost lineage)) 幽靈种群(英语:Ghost population) 推理方法 最大簡約法 概率法(最大似然估计 贝叶斯法) 距離矩陣法(英语:Distance matrices in phylogeny)(邻接法 不加權算術平均連鎖法(英语:UPGMA) 最小二乘法(英语:Least squares inference in phylogeny)) 三元分析(英语:Three-taxon analysis) 系统发生包圍法(英语:Phylogenetic bracketing) 系统发生和解(英语:Phylogenetic reconciliation) 前沿课题 生物谱系命名法(英语:Phylogenetic nomenclature)(《国际系统发生命名法规(英语:PhyloCode)》) DNA 条形码 系统发生比较方法(英语:Phylogenetic comparative methods) 系统发生生态位保守性(英语:Phylogenetic niche conservatism) 系統發生信號(英语:Phylogenetic signal) 系统发生软件(英语:List of phylogenetics software) 系统发生基因组学(英语:Phylogenomics) 系统发生生物地理学 類群特徵 原始特徵(英语:Primitive (phylogenetics))(祖徵/共有祖徵(英语:Plesiomorphy and symplesiomorphy)) 衍生特徵(衍徵/共有衍徵 自有衍徵(英语:Autapomorphy)) 類群性質 单系群 並系群 多系群(複系群) 其他術語 冠群/幹群/泛群(總群) 姐妹群(姊妹群) 外群 基群 超樹(英语:Supertree) 相關頁面 共享資源 查论编生物信息学数据库 测序数据库:GenBank、European Nucleotide Archive(英语:European Nucleotide Archive)、日本DNA数据库(DDBJ) 辅助数据库:UniProt, database of protein sequences grouping together Swiss-Prot, TrEMBL 和 蛋白质信息资源(英语:Protein Information Resource) 其它数据库:蛋白質資料庫, Ensembl, 和InterPro(英语:InterPro) 专项基因组数据库:酵母基因组数据库(英语:Saccharomyces Genome Database)、FlyBase(英语:FlyBase)、VectorBase(英语:VectorBase)、PomBase、WormBase(英语:WormBase)、PHI-base(英语:PHI-base)、拟南芥信息资源(英语:The Arabidopsis Information Resource)与斑马鱼信息网(英语:Zebrafish Information Network) 软件 BLAST Bowtie Clustal EMBOSS(英语:EMBOSS) HMMER(英语:HMMER) MUSCLE SAMtools(英语:SAMtools) TopHat(英语:TopHat (bioinformatics)) 其它 服务器:ExPASy(英语:ExPASy) 本体论:基因本体 机构 欧洲生物信息研究所(EMBL-EBI) 欧洲分子生物学实验室(EMBL) 美国国家生物技术信息中心(NCBI) 瑞士生物信息学研究所(英语:Swiss Institute of Bioinformatics) 日本國立遺傳學研究所 博德研究所(英语:Broad Institute) 维康桑格研究所 斯克里普斯研究所(TSRI) 文件格式 FASTA格式 FASTQ格式 斯德哥尔摩格式(英语:Stockholm format) 有关议题 计算生物学 分子系统发生学 测序 序列比對 分类 维基共享 这是一篇與生物分类学相關的小作品。您可以通过编辑或修订扩充其内容。查论编