海軍金門基地指揮部，簡稱海軍金指部，為中華民國海軍所屬指揮部之一，前身為海軍金門巡防處。
海軍金門基地指揮部（駐福建省金門縣—— 「？？部隊」）
指揮官：一位，中校[1]
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輔助艦艇 |
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| 巡邏艦（13艘） | |
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| 飛彈快艇（31艘） | | 光華六號級（31艘） | FACG-60、FACG-61、FACG-62、FACG-63、FACG-64、FACG-65、FACG-66、FACG-68、FACG-69、FACG-70、FACG-71、FACG-72、FACG-73、FACG-74、FACG-75、FACG-77、FACG-78、FACG-79、FACG-80、FACG-81、FACG-82、FACG-83、FACG-84、FACG-86、FACG-87、FACG-88、FACG-89、FACG-90、FACG-91、FACG-92、FACG-93 |
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| 獵雷艦（6艘） | | 永豐級（4艘） | 永豐、永嘉、永定、永順 |
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| 永靖級（2艘） | 永靖、永安 |
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| 掃雷艦（1艘） | |
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| 佈雷艇（4艘） | | 快速布雷艇（4艘） | FMLB-1、FMLB-2、FMLB-3、FMLB-5 |
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| 補給艦（2艘） | |
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| 登陸艦（9艘） | |
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| 登陸艇（63艘） | | 通用登陸艇（13艘） | SB-2、合成、合功、合群、合川、合潮、合永、合茂、合壽、合春、合耀、合貞、合忠 |
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| 機械化登陸艇 (50艘) | 1154、1156、1158、1159、1160、1161、1162、1181、1227、1228、1234、1239、1240、1253、1256、1281、1265、1269、1282、1288、1315、1317、1318、1319、1320、1325、1327、1328、1329、1330、1331、1332、1333、1335、1336、1337、1338、2230、2239、2250、2261、2275、2276、2284、2309、2367、2408、2412、2423、2428 |
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| 勤務艦艇（5艘） | |
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