La società è stata fondata nel 1930 ed è uno dei membri fondatori della CFA. Negli anni trenta si piazzò prevalentemente tra la quinta e la settima posizione in campionato.
Negli anni quaranta non partecipò alla massima serie; vi ritornò nel 1954, retrocesse subito e immediatamente risalì, andando a centrare la quarta posizione nella stagione 1956-1957.
Rimase ininterrottamente in massima serie fino alla stagione 1969-1970, quando si piazzò dodicesima e retrocesse in seconda divisione, dove rimase due stagioni; al termine della stagione 1970-1971 il club si rafforzò grazie alla fusione con i concittadini dell'EPAL (club anch'esso militante in B' Katīgoria)[1]. I risultati della fusione furono immediati: nella stagione 1971-1972 l'Arīs finì terzo ottenendo la promozione in massima serie.
La situazione cambiò tra il 1975 ed il 1980, quando l'Aris raggiunse due volte il quarto posto (nel 1977 e 1979). Nel 1981 arrivò però una nuova retrocessione, cui fece seguito un'immediata risalita. Nel 1985-1986 la squadra si piazzò quinta in massima serie.
Nel 1988-1989 la squadra raggiunse il punto più alto della propria storia, raggiungendo la finale di Coppa di Cipro; qui viene battuta dai concittadini dell'AEL Limassol. Nell'estate 1989 l'Aris riuscì ad ingaggiare la stella sovietica Oleh Blochin, Pallone d'oro 1975, alla sua ultima stagione agonistica. Con il contributo del forte attaccante sovietico, l'Aris raggiunse nella stagione 1989-1990 il quarto posto.
Dopo la retrocessione della stagione 1992-1993, l'anno successivo il club vinse il suo terzo campionato di seconda divisione. Dal 1996-1997 l'Aris iniziò una serie di continue promozioni ed immediate retrocessioni tra prima e seconda divisione. Questo trend si interruppe solo nella stagione 2006-2007, con un ottavo posto in prima divisione, che garantì la permanenza in massima serie. L'anno successivo la squadra fu nuovamente retrocessa. Nel 2008-2009 centrò il secondo posto nei cadetti, raggiungendo subito la promozione in Divisione A, ma la stagione successiva conobbe un'immediata retrocessione dopo il girone di play-out.
Dopo una nuova promozione, stavolta ottenuta con la vittoria del campionato, si ripeté lo scenario di due stagioni prima: terzultimo posto e retrocessione ai play-out. Al termine della stagione 2012-2013 ottenne di nuovo la promozione, vincendo per la quinta volta il campionato di seconda divisione.
Nella stagione 2021-2022 la squadra si classifica al 4º posto (prima volta dal 1989-1990), qualificandosi per la UEFA Conference League 2022-2023; pertanto disputerà una coppa europea per la prima volta nella sua storia.
Nel 2022-2023 vinse il campionato cipriota con tre punti di vantaggio sull'APOEL Nicosia, conquistando il titolo per la prima volta nella sua storia.
Nel 2023 riesce a qualificarsi ai gironi di Europa League battendo ai playoff lo Slovan Bratislava , perdendo però l’andata con il risultato di 2-1. La squadra cipriota però ribalta il risultato nella partita del ritorno, infliggendo un sonoro 6-2 grazie alla tripletta del suo attaccante Yannick Gomis. Ai sorteggi di Europa League l’Aris Limassol viene estratto nel girone C , insieme Al Betis Siviglia, Glasgow Rangers e Sparta Praga.
Verde, bianco 
Cipro 
Vladimir Federov 
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