699年の日本では、699年の日本の出来事・流行・世相などについてまとめる。
- 山田寺に300戸を封じた（期限30年）。
- 11月10日、天地天皇陵・斉明天皇陵の造営にあわせて大赦が行われ、十悪と強盗・窃盗を除いて赦免された。
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