| 정부 | 대수 | 이름 | 임기 | 비고 |
| 김대중 정부 | 초대 | 정호근(鄭鎬根) | 1999년 5월 24일 ~ 1999년 6월 12일 | 제1야전군 사령관&합동참모의장 |
| 2대 | 손진영(孫進榮) | 1999년 6월 12일 ~ 2001년 8월 21일 | 새마을운동중앙회 사무총장 |
| 3대 | 강동현(姜東炫) | 2001년 8월 21일 ~ 2003년 7월 11일 | |
| 노무현 정부 | 4대 | 김희택(金熙宅) | 2003년 7월 11일 ~ 2006년 9월 20일 | |
| 5대 | 오세정(吳世政) | 2006년 9월 20일 ~ 2008년 6월 2일 | 서울대학교 총장 |
| 이명박 정부 | 6대 | 김대식(金大植) | 2008년 6월 2일 ~ 2010년 3월 25일 | 동서대 교수&국민권익위원회 부위원장 |
| 7대 | 김병일(金丙一)[5] | 2010년 3월 25일 ~ 2011년 3월 25일 | 서울특별시 경쟁력강화추진본부장&2012여수세계박람회조직위원회 사무총장 |
| 8대 | 이상직(李相直) | 2011년 3월 25일 ~ 2012년 1월 9일 | 호서대 교수 |
| 9대 | 남성욱(南成旭) | 2012년 2월 3일 ~ 2013년 6월 3일 | 고려대 교수&남북경제연구소장&한국북방학회장 |
| 박근혜 정부 | 10대 | 박찬봉(朴贊奉) | 2013년 6월 3일 ~ 2016년 1월 20일 | 사회복지공동모금회 사무총장&새누리당 외교통일위원회 수석전문위원&한나라당 통일외교통상위원회 수석전문위원 |
| 11대 | 배정호(裵廷鎬) | 2016년 1월 21일 ~ 2016년 7월 7일 | 통일연구원 국제전략연구실 선임연구위원&민주평화통일자문회의 통일교육홍보분과 상임위원 |
| 12대 | 권태오(權泰午) | 2016년 7월 8일 ~ 2017년 6월 9일 | 성우회 정책자문위원&Van Fleet 재단 한국대표&북한민주화위원회 자문위원 &중원대 초빙교수&육군 중장 예편&건군 65주년 국군의 날 제병지휘관&국방부 6.25전쟁사업단장 |
| 문재인 정부 | 13대 | 황인성(黃寅成) | 2017년 6월 10일 ~ 2019년 6월 18일 | 외교통상부 평화협력대사&대통령비서실 시민사회수석비서관•시민사회수석비서관 대행•시민사회비서관&의문사진상규명위원회 사무국장&전국민족민주운동연합 집행위원장 |
| 14대 | 이승환 (李承煥) | 2019년 6월 19일 ~ 2020년 12월 24일 | 남북교류협력지원협회 회장&민족화해협력범국민협의회 공동의장&시민평화포럼 공동대표 |
| 15대 | 배기찬 (裵紀燦) | 2020년 12월 25일 ~ 2021년 12월 9일 | 대통령직속 정책기획위원회 평화번영분과 위원&문재인 대통령 EU, 독일특사단&통일코리아협동조합 이사장 |
| 16대 | 김창수 (金昌洙) | 2021년 12월 10일 ~ 2022년 10월 11일 | 청와대 국가안보실 통일정책비서관&남북공동연락사무소 초대 사무처장&통일부 장관정책보좌관& 코리아연구원 원장 |
| 윤석열 정부 | 17대 | 석동현 (石東炫) | 2022년 10월 14일 ~ 2024년 1월 9일 | 대한민국 서울동부지방검찰청 검사장 |
| 18대 | 태영호(太永浩) | 2024년 7월 22일 ~ | 제21대 국회의원(서울 강남구 갑) |
대한민국 민주평화통일자문회의
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