* Antal matcher och mål i seniorlag räknas endast för de inhemska ligorna och är korrekt per den 1 Maj 2024. ** Antal landskamper och mål är korrekta per den 12 november 2023.
Den 4 augusti 2021 värvades Peña av Malmö FF, där han skrev på ett 3,5-årskontrakt.[1] Peña gjorde allsvensk debut den 14 augusti 2021 i en 3–2-förlust mot IFK Göteborg, där han blev inbytt i den 54:e minuten men en halvtimme senare fick utgå efter en skada.[2]
Peña var med och vann Allsvenskan med Malmö FF 2021 och 2023. Han var även med när Malmö FF säkrade förstaplatsen i Svenska Cupen år 2022.