У груповому етапі взяли участь 48 клубів: 29 команд, що пройшли через кваліфікацію, 7 команд, які автоматично потрапили до групового етапу та 9 команд, котрі програли в раунді плей-оф Ліги чемпіонів УЄФА (п'ять із чемпіонської і чотири з нечемпіонської кваліфікації). Також до групового етапу змагань потрапили ще три клуби:
Маккабі (Тель-Авів) — 14 серпня 2013 року «Металіст» був відсторонений від єврокубків сезону 2013–2014 у зв'язку з попереднім договірним матчем.[1] УЄФА вирішив замінити «Металіст» в раунді плей-оф Ліги чемпіонів футбольним клубом ПАОК, який програв за сумою двох матчів «Металісту». Тому опонент ПАОКу в раунді плей-оф Ліги Європи, «Маккабі» (Тель-Авів), автоматично проходить до групового етапу.[2] «Металіст» подав два прохання до Арбітражного Суду Лозанни про тимчасове відновлення до прийняття остаточного рішення, але обидва прохання були відхилені.[3][4][5][6][7][8] 28 серпня 2013 року Арбітражний суд Лозанни залишив в силі заборону УЄФА.[9][10]
Тромсе — 25 липня 2013 року стало відомо, турецький футбольний клуб Бешикташ було відсторонено від єврокубкових змагань УЄФА на сезон 2013–2014 за справою договірних матчів.[11][12] Клуб оскаржив рішення у Арбітражному Суді Лозанни. 18 липня того ж року суд постановив тимчасово зняти заборону на участь у єврокубках до остаточного прийняття рішення, що мало відбултися наприкінці серпня.[13] За результатами матчів кваліфікаційних раундів Бешикташ переміг та повинен був грати у груповому етапі. 30 серпня 2013 Арбітражний Суд Лозанни відновив заборону УЄФА на участь у Лізі Європи 2013–2014[14]. Також УЄФА вирішив, що у груповому етапі місце Бешикташу займе Тромсе, що програв йому у раунді плей-оф.[15]
АПОЕЛ — 25 липня 2013 року стало відомо, турецький футбольний клуб Фенербахче було відсторонено від єврокубкових змагань УЄФА на сезон 2013–2014 за справою договірних матчів.[11][12] Клуб оскаржив рішення у Арбітражному Суді Лозанни. 18 липня того ж року суд постановив тимчасово зняти заборону на участь у єврокубках до остаточного прийняття рішення, що мало відбутися наприкінці серпня.[13][16][17] За результатами матчів Фенербахче програв у раунді плей-оф Ліги чемпіонів і таким чином мав брати участь у груповому етапі Ліги Європи. 30 серпня 2013 Арбітражний Суд Лозанни відновив заборону УЄФА на участь у Лізі Європи 2013–2014.[18][19] Під час жеребкування, яке проводилося в Монако, було обрано клуб, який замінить Фенербахче у груповому етапі. Його обрали серед команд, що вилетіли у раунді плей-оф Ліги Європи.[20] Ним став АПОЕЛ.[21]
Валенсія 
Суонсі Сіті 
Кубань .svg){kind=small}
Санкт-Галлен 
Лудогорець 
Чорноморець 
ПСВ 
Динамо 
Ред Булл 
Есб'єрг 
Ельфсборг .svg){kind=small}
Стандард 
Марибор 
Фіорентіна 
Пасуш-де-Феррейра 
Пандурій 
Айнтрахт Ф 
Маккабі Т-А 
АПОЕЛ 
Бордо