Від заток лагуни відрізняються більшим ступенем ізольованості від моря. Затоки звичайно вільно сполучаються (з'єднані) з морем. Через це на солоність заток, характер їх відкладів тощо море впливає безпосередньо. Лагуни звичайно з'єднані з морем протоками, але іноді відокремлені береговими валами, косами тощо. Тому органічний світ та осади більш автономні, не зазнають такого впливу відкритого моря, як затоки. Існують численні переходи від затоки до лагуни та континентального приморського озера.