| Spielzeit | Trainer | Spielzeit | Trainer |
| 1943/44 | Fausto Prieto / Nemesio Tamayo (CHI / ESP) | 1944/45 | Nemesio Tamayo (CHI / ESP) |
| 1945/46 | Ignacio Ávila / José Fernández Troncoso | 1946/47 | Jorge Orth (HUN) |
| 1947/48 | Jorge Orth (HUN) | 1948/49 | Jorge Orth (HUN) |
| 1949/50 | Fausto Prieto | 1950/51 | William Reaside (SCO) |
| 1951/52 | José María Casullo (ARG) | 1952/53 | José María Casullo (ARG) |
| 1953/54 | José María Casullo (ARG) | 1954/55 | José María Casullo (ARG) |
| 1955/56 | José María Casullo (ARG) / Javier de la Torre / Donaldo Ross (URU) | 1956/57 | Donaldo Ross (URU) |
| 1957/58 | Árpád Fekete (HUN) | 1958/59 | Árpád Fekete (HUN) |
| 1959/60 | Árpád Fekete (HUN) | 1960/61 | Javier de la Torre |
| 1961/62 | Javier de la Torre | 1962/63 | Javier de la Torre |
| 1963/64 | Javier de la Torre | 1964/65 | Javier de la Torre |
| 1965/66 | Javier de la Torre | 1966/67 | Javier de la Torre |
| 1967/68 | Javier de la Torre | 1968/69 | Javier de la Torre |
| 1969/70 | Javier de la Torre | México '70 | Jesús Ponce / Javier de la Torre |
| 1970/71 | Javier de la Torre | 1971/72 | Javier de la Torre |
| 1972/73 | Javier de la Torre / Héctor Hernández / Walter Ormeño (MEX / PER) | 1973/74 | Walter Ormeño (MEX / PER) / Héctor Hernández / Jesús Ponce |
| 1974/75 | Jesús Ponce / Héctor Rial (ARG) | 1975/76 | Horacio Troche (URU) |
| 1976/77 | Jesús Ponce | 1977/78 | Jesús Ponce / Diego Mercado |
| 1978/79 | Diego Mercado | 1979/80 | Carlos Miloc (URU) |
| 1980/81 | Diego Mercado | 1981/82 | Diego Mercado / Jesús Ponce |
| 1982/83 | Alberto Guerra | 1983/84 | Alberto Guerra |
| 1984/85 | Alberto Guerra | Prode '85 | Alberto Guerra |
| México '86 | Alberto Guerra | 1986/87 | Alberto Guerra |
| 1987/88 | Alberto Guerra | 1988/89 | Alberto Guerra |
| 1989/90 | Ricardo La Volpe (ARG) / Jesús Bracamontes /
Árpád Fekete (HUN) / Miguel Ángel López (ARG) | 1990/91 | Miguel Ángel López (ARG) |
| 1991/92 | Jesús Bracamontes | 1992/93 | Jesús Bracamontes / Demetrio Madero |
| 1993/94 | Alberto Guerra | 1994/95 | Alberto Guerra |
| 1995/96 | Osvaldo Ardiles (ARG) / Leo Beenhakker (NED) | Invierno '96 | Ricardo Ferretti (BRA) |
| Verano '97 | Ricardo Ferretti (BRA) | Invierno '97 | Ricardo Ferretti (BRA) |
| Verano '98 | Ricardo Ferretti (BRA) | Invierno '98 | Ricardo Ferretti (BRA) |
| Verano '99 | Ricardo Ferretti (BRA) | Invierno '99 | Ricardo Ferretti (BRA) |
| Verano '00 | Ricardo Ferretti (BRA) | Invierno '00 | Hugo Hernández / Jesús Bracamontes |
| Verano '01 | Jesús Bracamontes / Jorge Dávalos / Oscar Ruggeri (ARG) | Invierno '01 | Oscar Ruggeri (ARG) |
| Verano '02 | Oscar Ruggeri (ARG) | Apertura '02 | Daniel Guzmán |
| Clausura '03 | Eduardo de la Torre | Apertura '03 | Eduardo de la Torre / Hans Westerhof (NED) |
| Clausura '04 | Hans Westerhof (NED) | Apertura '04 | Benjamín Galindo |
| Clausura '05 | Benjamín Galindo | Apertura '05 | Benjamín Galindo / Juan Carlos Ortega / Xabier Azkargorta (ESP) |
| Clausura '06 | Hans Westerhof (NED) / José Manuel de la Torre | Apertura '06 | José Manuel de la Torre |
| Clausura '07 | José Manuel de la Torre | Apertura '07 | José Manuel de la Torre / Efraín Flores |
| Clausura '08 | Efraín Flores | Apertura '08 | Efraín Flores |
| Clausura '09 | Efraín Flores / Omar Arellano / Francisco Ramírez | Apertura '09 | Francisco Ramírez / Luis Manuel Díaz / Marco Antonio Fabián /
Raúl Arias / José Luis Real |
| Bicentenario '10 | José Luis Real | Apertura '10 | José Luis Real |
| Clausura '11 | José Luis Real | Apertura '11 | José Luis Real / Fernando Quirarte |
| Clausura '12 | Fernando Quirarte / Ignacio Ambríz / Alberto Coyote | Apertura '12 | John van ’t Schip (NED) |
| Clausura '13 | Benjamín Galindo | Apertura '13 | Benjamín Galindo / Juan Carlos Ortega |
| Clausura '14 | José Luis Real / Ricardo La Volpe (ARG) | Apertura '14 | Carlos Bustos (ARG) / Ramón Morales (Interim) / José Manuel de la Torre |
| Clausura '15 | José Manuel de la Torre | Apertura '15 | José Manuel de la Torre / Matías Almeyda (ARG) |
| Clausura '16 | Matías Almeyda (ARG) | Apertura '16 | Matías Almeyda (ARG) |
| Clausura '17 | Matías Almeyda (ARG) | Apertura '17 | Matías Almeyda (ARG) |
| Clausura '18 | Matías Almeyda (ARG) | Apertura '18 | José Saturnino Cardozo (PAR) |
| Clausura '19 | José Saturnino Cardozo (PAR) / Tomás Boy | Apertura '19 | Tomás Boy / Luis Fernando Tena |
| Clausura '20 | Luis Fernando Tena | Apertura '20 | Luis Fernando Tena / Marcelo Michel Leaño (Interim) / Víctor Manuel Vucetich |
| Clausura '21 | Víctor Manuel Vucetich | Apertura '21 | Víctor Manuel Vucetich / Marcelo Michel Leaño |
| Clausura '22 | Marcelo Michel Leaño / Ricardo Cadena | Apertura '22 | Ricardo Cadena / Veljko Paunović (SRB / ESP) |
| Clausura '23 | Veljko Paunović (SRB / ESP) | Apertura '23 | Veljko Paunović (SRB / ESP) |
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