Pandémie de Covid-19 en France

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La pandémie de Covid-19 en France est une crise sanitaire majeure provoquée par la maladie à coronavirus 2019 (Covid-19), une maladie infectieuse émergente apparue fin 2019 en Chine continentale, dont l'agent pathogène est le coronavirus SARS-CoV-2. Déclarée le 11 mars 2020 par l'Organisation mondiale de la santé (OMS), ce virus est à l'origine d'une pandémie mondiale qui affecta tous les continents.

En France, la pandémie de Covid-19 est associée à une surmortalité journalière de 33 % entre le 1^er mars et le 30 avril 2020, comparativement aux valeurs moyennes des années 2000 à 2019 : « 2 120 décès ont été recensés en moyenne chaque jour par l'état civil, contre 1 590 en moyenne entre 2000 et 2019^[6] ». Cette épidémie est plus meurtrière que les épidémies de grippe saisonnière du XXI^e siècle en France^[7]. Depuis la grippe espagnole de 1918, jamais une épidémie n'avait fait autant de décès en France.

Pour freiner la formation de nouveaux foyers de contagion et préserver les capacités d'accueil de ses hôpitaux, la France, comme de nombreux pays, décide des mesures de confinement et l'annulation des manifestations sportives et culturelles. À la mi-mars 2020, afin de stopper la diffusion exponentielle du coronavirus et pour réduire le plus possible le nombre de personnes atteintes et donc de morts, la population est confinée à domicile et tous les lieux recevant du public considérés comme non indispensables à la vie du pays sont fermés. Les mesures de confinement sont levées entre la mi-mai et la mi-juillet. Puis, avec une nouvelle augmentation du nombre de cas, dans une période allant de novembre 2020 à juin 2021, deux confinements sont déclarés, ainsi que des couvre-feu. Ces décisions ont des conséquences économiques, sociales et environnementales Déplacements sans limitation de distance instauré pour •6.Activité professionnelle, enseignement et formation, mission d'intérêt général•7.Santé|•8.Motif familial impérieux, personnes vulnérables ou précaires ou garde d'enfants|9.Situation de handicap|•10.Convocation judiciaire ou administrative|•11.déménagement|•12.Déplacement de transit vers gares et aéroports, et font peser des incertitudes et des craintes sur l'économie française et sur l'éducation, la santé et les droits fondamentaux de la population.

En 2021, la pandémie de Covid-19 en France prend une autre tournure avec l'émergence de variants plus contagieux. Une campagne de vaccination est organisée et, en six mois, la moitié de la population est vaccinée.

En France, les trois premiers cas à partir de la découverte de la maladie sont officiellement recensés le 24 janvier 2020. Il s'agit d'un Français d'origine chinoise et de deux touristes chinois ayant séjourné à Wuhan, foyer d'origine du virus en Chine centrale. Ces trois personnes sont également les premiers cas annoncés en Europe. Le patient zéro découvert par SOS Médecins Bordeaux est hospitalisé à Bordeaux, les deux patients suivants à Paris^[8]. Un représentant en vins, rentré de Chine le 22 janvier, est hospitalisé à l'hôpital Pellegrin de Bordeaux le 23 janvier^[9].

L'un des deux touristes meurt le 14 février 2020 ; âgé de 80 ans et arrivé en France le 23 janvier 2020, cette personne décède dans le service de réanimation de l'hôpital Bichat-Claude-Bernard, à Paris^[10].

Toutefois, il se pourrait que, sur le territoire national, des Français aient été atteints^[11] par le coronavirus bien avant et que leurs symptômes aient été alors confondus avec ceux de la grippe^[12]. Le 3 mai 2020, le P^r Yves Cohen, chef de deux services de réanimation dans les hôpitaux Avicenne à Bobigny et Jean-Verdier à Bondy, déclare qu’en effectuant a posteriori des tests PCR sur les échantillons prélevés chez les patients atteints de pneumonie en décembre et janvier, leurs équipes ont découvert le cas d'une personne positive à la Covid-19 le 27 décembre 2019^[11],[13], âgée de 43 ans et qui n'avait pas voyagé. Le 6 mai 2020, le D^r Michel Schmitt de l'hôpital Albert Schweitzer de Colmar rapporte un cas qui pourrait être attribué à la Covid-19 dès le 16 novembre 2019^[14]. Le 15 mai, il est rapporté le cas d'une habitante de Saint-Quay-Portrieux dans les Côtes-d'Armor, âgée de 73 ans, qui aurait contracté la Covid-19 au contact de personnes chinoises dans un hôtel de l'aéroport de Paris-Charles-de-Gaulle, fin novembre 2019, alors qu'elle partait au Mexique avec son mari. Elle a présenté un syndrome grippal au Mexique, elle a été testée positive le 14 mai. Son mari aurait été asymptomatique avec un résultat négatif^[15].

Une étude de l'Inserm (Institut national de la santé et de la recherche médicale) parue le 6 février 2021 dans la revue European Journal of Epidemiology, montre que le coronavirus circulait déjà en France dès l'automne 2019^[16].

Le 17 février 2020, douze cas sont confirmés en France^[17].

Le 29 février 2020, 100 personnes sont atteintes du virus et 2 en sont mortes. Le principal foyer de contamination se trouve dans l'Oise avec 36 cas. Les écoles des communes touchées sont fermées. La présence de l'infection en divers points du territoire ne justifie plus le confinement des personnes de retour des zones « à risque », notamment la Chine et l'Italie. L'objectif est dorénavant de freiner la propagation de la maladie sur le territoire français et, pour ce faire, de nouvelles mesures sont prises tant au niveau local que national. Dans l'Oise, les rassemblements sont interdits, les habitants invités à limiter leurs déplacements et les écoles des communes touchées fermées. Au niveau national, les manifestations de plus de 5 000 personnes en milieu fermé sont interdites^[18].

La première occurrence de cas groupés de Covid-19 en France apparaît le 7 février 2020 à la station de ski des Contamines-Montjoie, en Haute-Savoie, avec la découverte de cinq cas de personnes infectées, toutes ressortissantes britanniques, et qui avaient préalablement côtoyé au même endroit un touriste compatriote qui avait lui-même vraisemblablement contracté le virus à Singapour. Les personnes contaminées sont hospitalisées, et les cas contacts dépistés. Parmi les cas, se trouve un enfant ayant fréquenté trois établissements : ceux-ci sont fermés^[19].

Le deuxième cluster apparaît au sein de la base militaire aérienne de Creil, sise dans le département de l’Oise, où l’Escadron de transport 3/60 Esterel a participé au rapatriement de 180 Français résidant à Wuhan le 31 janvier^[20].

Dans le même département, et sans qu’il ne soit possible de faire un lien entre les deux foyers, la France enregistre le premier décès lié à la Covid-19, d’un enseignant au collège Jean-de-La-Fontaine à Crépy-en-Valois, le 25 février 2020^[20],[21].

La presse souligne dès le 3 mars que l'Oise constitue un foyer majeur de propagation du virus en France^[22], vers Paris, sa banlieue nord et la Seine-et-Marne à cinq kilomètres de Crépy-en-Valois, tout premier foyer de France selon Le Parisien avec le 31 mars 24 décès^[23] sur les 370 des Hauts-de-France^[24].

La doctrine gouvernementale est le confinement des personnes atteintes ou suspectées de l'être, ceci afin d'éviter le démarrage d'une épidémie. Ainsi, dans l'Oise, 200 membres du personnel hospitalier sont confinés chez eux dès le 26 février et pour une durée de 14 jours après le passage dans les hôpitaux de Compiègne et de Creil, de 2 patients infectés^[25]. À l'hôpital Tenon, à Paris, trois personnels de soins sont testés positifs, contaminés à la suite de l'admission le 21 février d'un patient de l'Oise reconnu comme atteint par la Covid-19 six jours plus tard. Une cinquantaine de leurs collègues sont placés en confinement à domicile^[26].

Un rassemblement évangélique de l'Église Porte ouverte chrétienne a lieu du 17 au 21 février à Mulhouse dans le Haut-Rhin. Il réunit, durant cinq jours, de 2 000 à 5 000 personnes, essentiellement françaises, mais aussi des Belges, des Allemands et des Suisses. Considéré comme l'un des foyers épidémiques majeurs de propagation du virus en France, plus d'un millier de fidèles y ont été contaminés^[27],[28]. Les fidèles, en retournant chez eux, la plupart peu symptomatiques, ont participé à l'essaimage du virus, par exemple à Ajaccio, Agen, Belfort, Besançon, Briançon, Dijon, Mâcon, Orléans, Paris, Saint-Lô, Strasbourg^{[12],[29],[30]}.

Les premiers symptômes seraient apparus parmi les participants dès le 20 février^[12]. Le 1^er mars, alertée par une femme et ses fils testés positifs, l'Église contacte à son tour les autorités^[12]. L'Agence régionale de santé Grand Est ne prend la mesure des évènements que le 2 mars^[12]. À compter du 3 mars, le nombre de cas diagnostiqués augmente de façon importante^[12],[29]. Après avoir déclaré à RTL « ce n'est pas la maladie grave mortelle qu'on nous a décrite et c'est pour l'instant dans la plupart des cas un simple petit rhume ou grippe, moins fort qu'une grippe^[31] », le médecin généraliste mulhousien Patrick Vogt, en contact avec de nombreux malades et médecin de garde au SAMU deux jours auparavant, dénoncera « le déni total de la part des autorités » et affirmera que la situation est à Mulhouse une diffusion massive du virus correspondant au stade 3 du plan Orsan REB, au-delà des chiffres officiels^[32],[12].

Le 6 mars, 81 cas ayant été détectés en 24 h à Mulhouse, le préfet déclare que les moyens ne sont plus suffisants pour dépister systématiquement tous les cas suspects. Seuls les patients dont l'état est le plus grave sont hospitalisés. Dans l'ensemble du Haut-Rhin, des mesures restrictives sont prises pour limiter les rassemblements de personnes, ceci passant par la fermeture d'écoles et la limitation des rassemblements^[33].

Le 5 mars, l'ensemble des régions métropolitaines françaises et la Guyane sont touchées^[34]. De nouveaux clusters apparaissent autour de Méry-sur-Oise (6 mars) et Ajaccio (8 mars)^[35]. Le 7 mars à Paris, Emmanuel Macron déclare qu'« il n'y a aucune raison, mis à part pour les populations fragilisées, de modifier nos habitudes de sortie^[36] ».

La barre des 1 000 cas confirmés est franchie le dimanche 8 mars^[37]. Il est alors annoncé que les rassemblements de plus de 1 000 personnes sont maintenant impossibles. Dorénavant, seuls les cas graves seront hospitalisés et les médecins de ville doivent assurer un filtrage. Un décret met fin à l'obligation d'avoir eu une consultation physique avec son médecin dans l'année précédant une téléconsultation^[38]. Le 11 mars, le ministre de la Santé annonce que dorénavant toutes les visites aux EHPAD sont interdites^[39]. Un nouveau foyer de contamination se révèle dans les environs de Montpellier^[39]. Des mesures restrictives visant à limiter les rassemblements de personnes sont prises dans l'Oise, la Corse et dans la région de Montpellier^[40].

Les inquiétudes économiques occasionnent un krach boursier mondial la deuxième semaine de mars. La Bourse de Paris s'écroule et connaît ses pires séances, surpassant la crise des subprimes de 2008^[41],[42]. Le 11 mars, l'Organisation mondiale de la santé considère l'épidémie de Covid-19 comme une pandémie^[43].

En quelques jours, les autorités décident de la mise à l'arrêt du pays. Dans une déclaration télévisée, le 12 mars 2020, le président de la République Emmanuel Macron annonce la fermeture des crèches, écoles, collèges, lycées et universités. Toutes les entreprises pourront reporter « sans justification, sans formalités, sans pénalités » le paiement des cotisations et impôts dus en mars. Un mécanisme « exceptionnel et massif » de chômage partiel est envisagé^[42]. Les salariés sont encouragés à pratiquer le télétravail^[44]. Le ministère de la Santé demande la déprogrammation des interventions chirurgicales non urgentes^[42].

Deux jours plus tard, le Premier ministre Édouard Philippe annonce la fermeture de tous les lieux publics « non-indispensables », les « premières mesures prises de limitation des rassemblements [étant] imparfaitement appliquées ». Les exceptions sont les pharmacies, les banques, les magasins alimentaires, les stations-service, les bureaux de tabac et de presse. Les Français sont invités à limiter leurs déplacements^[45]. Le premier tour des élections municipales est maintenu le 15 mars en dépit des critiques^[45].

Enfin le lundi 16 mars, dans une nouvelle allocution, le président de la République annonce que seuls seront désormais autorisés les trajets « absolument nécessaires » et « toute infraction à ces règles sera sanctionnée ». Les réformes sont suspendues et le second tour des élections municipales est reporté. Plusieurs mesures économiques sont mises en place. « L'État paiera ». Lors de cette allocution, suivie par 35 millions de téléspectateurs^[46], le président prononce plusieurs fois la phrase « nous sommes en guerre »^[47],[48]. À partir du 17 mars à 12 h, afin de réduire à leur plus strict minimum les contacts et les déplacements, la population est confinée à domicile sauf pour des motifs autorisés, afin de stopper la croissance exponentielle^[49],[50] de la pandémie et, ce faisant, réduire le plus possible le nombre de personnes atteintes et donc de morts^[51],[52].

À la suite du déclenchement du stade 3, la surveillance Sentinelles des infections respiratoires a évolué pour s'adapter aux caractéristiques cliniques de cette maladie. Les médecins Sentinelles suivent désormais le nombre de cas d'infection respiratoire aiguë^[53].

Le 23 mars, un premier soignant décède des suites de la maladie^[54]. Le soir même, le Premier ministre Édouard Philippe annonce la fermeture des marchés de plein air, sauf dérogations accordées par les préfets^[55].

Le nombre des 1 000 morts en contexte hospitalier est dépassé le 24 mars. Les régions les plus touchées sont l'Île-de-France, le Grand Est, Auvergne-Rhône-Alpes, Provence-Alpes-Côte d'Azur, les Hauts-de-France, la Bourgogne-Franche-Comté, l'Occitanie et la Nouvelle-Aquitaine^[56].

Le 27 mars, le Premier ministre Édouard Philippe prolonge le confinement national au moins jusqu'au 15 avril^[57]. Le 30 mars, la barre des 3 000 morts à l'hôpital est dépassée^[58]. En avril, plusieurs centaines de personnes par jour meurent de la Covid-19, le pic est atteint le 6 avril avec 613 décès^[59]. Au total, 4,5 % de la population française est infectée entre mars et mai selon une étude de la Direction de la Recherche, des Études, de l'Évaluation et des Statistiques, avec cependant des disparités selon les territoires — un maximum de 9 % est atteint à Paris et dans le Haut-Rhin, contre 3,6 % à Marseille —, le sexe — les femmes ont été exposées à 5 % au virus, contre 3,9 % pour les hommes —, l'âge — 1,3 % des plus de 64 ans, 5,7 % des 21-29 et 6,9 % des 30-49 ans —, l'origine — 9,4 % des immigrés non européens contre 4,1 % des non-immigrés —, la composition du foyer — 6,1 % des personnes vivant dans des foyers de 3 ou 4 personnes, 8,5 % des personnes vivant dans des foyers de 5 personnes^[60].

Le 13 avril, le président Emmanuel Macron annonce que le confinement pourrait être levé le 11 mai, au moins partiellement. Les modalités précises seraient annoncées ultérieurement en surveillant les indicateurs épidémiologiques^[61]. Le haut-fonctionnaire Jean Castex est chargé de coordonner le travail de réflexion du gouvernement sur les stratégies de « déconfinement »^[62],[63]. Le 28 avril, le Premier ministre présente à l'Assemblée nationale les conditions de déconfinement, notamment la rentrée scolaire échelonnée, la non reprise des cours en présentiel dans l'enseignement supérieur, le maintien de la fermeture des bars, cafés et restaurants et l'interdiction des rassemblements. L'objectif est que le nombre de reproduction de base ${\displaystyle R_{0}}$, ou taux de contagion, se maintienne en dessous de 1. La sortie de confinement se fera de façon différenciée par départements en fonction du niveau d'infection atteint par chacun d'eux.

Les mesures principales du déconfinement, effectif le 11 mai, sont la suppression de l'autorisation de sortie, l'obligation du port du masque dans les transports, la reprise du travail dans les commerces, à l'exception des restaurants, la rentrée très progressive des écoles. Les déplacements au-delà de 100 km restent interdits jusqu’au 2 juin^[66].

Le 11 juin, Santé publique France fait état d'un taux d'incidence glissant supérieur à 10 mais inférieur à 50 dans les départements de Meurthe-et-Moselle, de la Meuse et de la Marne, et de 11 dans le Val-d'Oise^[67].

Le 19 juin, Santé publique France fait état d'absence d'arguments en faveur d'une reprise épidémique. Les 239 foyers sont contrôlés ; le R effectif national est à 0,93 le 12 juin, partout inférieur à 1, sauf en Auvergne-Rhône-Alpes (1,02), en Normandie (1,14), en Occitanie (1,51) et en Martinique (1,57). Le nombre de nouvelles hospitalisations continue à diminuer ; mais la circulation du virus reste active à Mayotte et la Guyane qui passent en alerte 3^[68].

Le 30 juin, Santé publique France constate que la circulation du virus se ralentit mais persiste. Elle fait état 95 foyers en cours d'investigation, 8 de plus en 24 h. Les nouveaux cas confirmés restent de l'ordre de 500 par jour (541 les dernières 24 h). Le taux de positivité aux tests virologiques est de 1,4 % en moyenne nationale. Le taux de prévalence glissant sur 7 jours est partout inférieur à 10 en métropole, il est de 45 pour 100 000 habitants à Mayotte et de 393 en Guyane^[69].

Le 3 juillet, Santé publique France confirme la persistance de la circulation du virus. Elle constate que les gestes barrières sont moins respectés. Il y a 88 foyers, 5 de plus en 24 h, en cours d'investigation. Elle dénombre 3 406 nouveaux cas en semaine 26, 582 en 24 h. Le R effectif moyen est de 0,90 et reste dans toutes les régions métropolitaines significativement inférieur à 1 selon l'agence^[70]. Le 8 juillet, l'ARS Pays de la Loire signale qu'en Mayenne le taux d’Incidence atteint 47,16/ 100 000 habitants, le nombre de cas confirmés ayant doublé en six jours de 109 à 219. Le taux de tests positifs est de 6 %. Le taux d'incidence a commencé à augmenter dès le 30 juin, six jours avant celui de l’augmentation des passages aux urgences pour suspicion de Covid-19. L'agence fait état de plusieurs foyers apparus tant en milieu professionnel (abattoirs) que dans des lieux d'hébergement sociaux, ou encore en milieu familial. Ils ne sont pas tous contrôlés et elle craint désormais une diffusion communautaire^[71]. Le dernier taux d'incidence cumulé sur 7 jours reste à 52 pour 100 000 habitants le 12 juillet^[72].

Dans son bulletin hebdomadaire du 10 juillet, Santé publique France indique que l'épidémie tend à progresser. Elle relève que le R effectif est désormais significativement supérieur à 1 en moyenne métropolitaine. En Mayenne, le taux d'incidence glissant sur sept jours après avoir atteint 45/100 000 est encore à 39 le 10 juillet. L'agence constate un foyer communautaire. Ce réveil épidémique perceptible dans tous les indicateurs de suivi, survient alors que le port du masque en public tend à augmenter (46 à 57 % depuis le dé-confinement jusqu'au 24 juin) tandis que les gestes barrières de base sont oubliés (71 à 54 % pour la distanciation physique, 88 à 73 pour les embrassades) sur la même période^[72].

Selon le bulletin hebdomadaire de Santé publique France du 17 juillet, la Mayenne a désormais atteint le niveau de vulnérabilité « élevé ». Le taux d'incidence glissant en Mayenne a franchi le 11 juillet le seuil d'alerte de 50 ; il est de 59.9 /100 000 le 14 juillet. Les Autorités sanitaires restent rassurantes tout en insistant sur la nécessité du strict respect de toutes les mesures barrières. Plusieurs « signaux faibles » se manifestent, dans de nombreuses régions de métropole le R effectif est significativement supérieur à 1 en Provence-Alpes -Côte d'Azur, Pays de Loire et Île-de-France, sans évolution des indicateurs hospitaliers. Dans d'autres régions le R effectif est supérieur à 1 mais non significatif selon l'agence. À titre d'exemple, le taux d'incidence glissant est passé de 1.4 à 8.9/100 000 dans le Finistère entre le 4 et le 14 juillet^[73]. Le R est passé à 2.6 en Bretagne mais resterait non significatif. En 10 jours, 20 000 tests virologiques auraient été réalisés en Bretagne soit le quart de l'ensemble des tests depuis le 6 mai. 2 cas positifs sur 3 seraient asymptomatiques. L'hypothèse d'une sous estimation antérieure de l'épidémie est envisagée^[74].

Le 24 juillet, la Direction générale de la Santé évoque différents signaux concordants d'une reprise épidémique et constate le relâchement par la population des mesures barrière dont la distanciation. Santé publique France fait état de plus de 1 130 cas quotidiens supplémentaires soit +26 % en une semaine, et de 7 départements en « situation de vulnérabilité » dont 3 en vulnérabilité élevée (Guyane, Mayotte et Mayenne) et 4 en vulnérabilité modérée (Finistère, Gironde, Nord et Vosges)^[75]. Le gouvernement resserre les contrôles aux frontières, notamment pour les voyageurs en provenance de 16 pays où « la circulation virale est particulièrement forte »^[76].

Le 31 juillet, Santé publique France fait état d'une circulation virale qui s'intensifie, notamment chez les jeunes où la moitié des sujets testés virologiquement positifs sont asymptomatiques. 19 départements sont en situation de vulnérabilité. Le R effectif est supérieur à 1 dans dix régions dont trois significativement par concordance des indicateurs relatifs aux résultats virologiques et aux passages aux urgences, il s'agit de Auvergne-Rhône-Alpes, Île-de-France et Grand-Est^[77]. Le gouvernement vient d'autoriser les préfets à prendre des mesures restrictives ciblées si nécessaire, notamment concernant le port du masque dans les espaces publics^[78],[79].

Le 1^er août, le préfet de la Mayenne impose le masque dans l'espace public de 69 communes du département^[80]. Le masque est également devenu obligatoire à l'extérieur pour différents secteurs de Lille et sa métropole. Certaines villes situées sur le littoral rendent également le masque obligatoire dans certaines rues ou certains lieux, c'est le cas de Nice, Bayonne, Biarritz et La Rochelle^[81]. Après la fermeture de plusieurs bars et restaurants au Pays basque, Biarritz ferme également ses plages la nuit et ne s’interdit pas de fermer la plage ponctuellement en journée, en cas de marée haute, comme c'est déjà le cas pour les plages principales des Sables-d'Olonne (sauf pour les personnes dans les bars / restaurants ou louant des transats)^[82],[83].

Par la suite, d'autres villes comme Toulouse, Nancy et Saint-Tropez rendent le port du masque obligatoire en extérieur à certains endroits^[84].

Certaines villes comme Paris, Marseille, Toulouse, Nice, Toulon, Creil et Digne-les-Bains^[85] ont par la suite rendu le masque obligatoire à l'extérieur dans toute la ville. La ville de Paris n'oblige pas le port du masque pour les cyclistes ou joggeurs^[86].

Le nombre de contaminations progresse : quelque 2 500 contaminations quotidiennes mi-août, 5 000 fin août, 10 000 mi-septembre. Le 14 octobre 2020, les lits en réanimation sont occupés, à 32 %, par des patients Covid-19. La propagation est différente de celle du printemps, le rythme est plus lent et le virus est présent sur toute la France, alors que la Bretagne comme la Nouvelle-Aquitaine n’avaient quasiment pas été bousculées par la première vague^[87],[88].

À partir du 26 septembre, certaines zones placées en « alerte maximale » comme la métropole d'Aix-Marseille et la Guadeloupe doivent fermer les bars et restaurants pendant 2 semaines. Dans les zones d'« alerte renforcée » comme Bordeaux, Lyon, Nice, puis Paris et la petite couronne, Lille, Toulouse, Saint-Étienne, Rennes, Rouen, Grenoble et Montpellier, les rassemblements de plus de 10 personnes sont interdits et les bars devront fermer au plus tard à 22 h. Les salles de sport, gymnases, salles des fêtes et salles polyvalentes seront également fermées dans ces zones. Les réunions sont limitées à 30 personnes dans 69 départements en alerte^[89]. Par la suite, d'autres villes comme Paris, Lille, Grenoble, Saint-Étienne et Lyon ont dû fermer leurs bars. Les restaurants sont cependant autorisés à ouvrir dans les zones d'alerte maximale mais les clients sont limités à 6 par table^[90].

Le 14 octobre, un couvre-feu est déclaré et Emmanuel Macron recommande que les réunions privées soient limitées à six personnes^[91]. Le 28 octobre, face à l'augmentation des cas, du nombre d'hospitalisations en réanimation et de morts, Emmanuel Macron annonce un deuxième confinement qui prendra effet le lendemain à partir de minuit. Toutefois, il sera moins contraignant que le premier, notamment car les établissements scolaires ont pu rester ouverts avec une demi-jauge^[92]. Mi-octobre, au pic de cette vague, le nombre cas est de 48 000 et celui d’hospitalisation est de 33 000^[93]. Le 21 octobre, le taux d’incidence atteint 807 pour 100 000 habitants à Saint-Étienne, contre 416 à Paris. Au niveau du département de la Loire, les chiffres sont semblables à ceux de la fin mars^[94]

À partir du 15 décembre, le confinement national est levé et un couvre-feu est mis en place entre 20 h et 6 h, à l'exception du soir du 24 décembre. Le soir du Nouvel An se fera quant à lui sous couvre-feu. Le deuxième confinement n’a pas permis de faire suffisamment chuter ni les contaminations, ni la pression sur le système hospitalier. Le nombre de cas diminue à 10 000 début décembre, avant de repartir à la hausse ; le nombre d’hospitalisations ne descend pas en dessous de 25 000^[95],[93].

Le 17 décembre 2020, l'Élysée annonce qu'Emmanuel Macron a été testé positif à la COVID-19 et mis à l'isolement pour une durée de sept jours^[96]. Le Premier ministre, Jean Castex, a également été mis à l'isolement, considéré comme cas contact du président. Un dîner ayant eu lieu la veille du diagnostic fait polémique, puisqu'il ne respectait pas les normes en vigueur, notamment la « règle des six », recommandée par le président lui-même^[97].

Les tests, dont la capacité a augmenté avec la disponibilité des antigéniques depuis début novembre^[98], sont massivement utilisés avant les fêtes de fin d'année^[99].

La campagne de vaccination débute le 27 décembre 2020^[100].

Il apparaît dès le 29 décembre que la campagne de vaccination est infiniment plus lente en France qu'au Royaume-Uni, en Allemagne ou en Israël^[101]. Les doses de vaccin étant disponibles, une première explication serait qu'il « y a une peur politique qu’une vaccination rapide entraîne un plus fort rejet et l’espoir que l’adhésion de la population sera plus forte avec une montée très progressive ». Une autre explication pourrait venir du fait que le gouvernement avait tablé sur la disponibilité du vaccin Sanofi dont la venue est retardée et que la logistique du déploiement du vaccin Pfizer est plus délicate. Enfin, le gouvernement souhaiterait une traçabilité parfaite du vaccin mais le système de traçage ne serait pas complètement prêt. Quoi qu'il en soit, le ministre de la Santé Olivier Véran déclare le 29 décembre :

« Nous avons fait le choix de nous reposer sur les médecins, de le faire [le vaccin] dans les Ehpad et non de faire se déplacer [les résidents d’Ehpad], nous recueillons le consentement auparavant. Je ne confonds pas vitesse et précipitation. Cet écart dans le démarrage il est assumé. Ce qui compte c’est que fin janvier nous aurons rattrapé ce décalage et ce qui compte c’est que nous protégions tout le monde. »

— Olivier Véran, Interview France 2^[101]

Mais Axel Kahn dénonce la façon dont est appliquée cette politique de consentement du patient et la lourdeur administrative de la procédure, « bien plus longue en France qu'ailleurs »^[102]. Le 30 décembre, c'est l'Académie de médecine qui arrive à des conclusions similaires : l’Académie recommande de « simplifier et raccourcir autant que possible les procédures de vaccination dans les Ehpad » et que la première phase de vaccination soit déployée « en priorité » dans les départements les plus touchés. Elle demande aussi la « transparence » concernant l’état des stocks de vaccins pour que « la mise en œuvre de la stratégie vaccinale n’apparaisse pas dictée par des aléas de livraison ». Face à ces critiques, le gouvernement annonce que les soignants de 50 ans et plus pourront être vaccinés dès le 4 janvier^[103].

Le 18 janvier, la vaccination est ouverte à toute personne de plus de 75 ans mais tous les seniors concernés ne peuvent pas s’inscrire^[104]. Toutefois, la moins bonne disponibilité qu'espérée des vaccins (Pfizer et Moderna) entraîne un ralentissement du rythme des vaccinations^[105]. 1 405 885 personnes ont reçu une dose au 28 janvier 2021^[106].

Le début de l'année est marqué également par des cas de contaminations par des mutations du virus : au 7 janvier, dix-neuf cas de contamination par le variant alpha dite alors « britannique » ont été confirmés^[107]. En quelques semaines, la part du variant alpha atteint une infection sur quatre^[108].

Même si la circulation du virus reste moins importante que dans d’autres pays européens qui ont décidé de reconfiner, l’apparition de variants du virus, plus contagieux, amène le gouvernement à imposer un couvre-feu généralisé à 18 heures dès le 16 janvier et des contrôles aux frontières renforcés^[109]. Le 31 janvier, de nouvelles mesures entrent en application : la fermeture des frontières aux pays hors Union européenne, l'imposition de tests PCR négatifs aux voyageurs de l'Union européenne (à l’exception des travailleurs transfrontaliers) et la fermeture des centres commerciaux non alimentaires de plus de 20 000 m^2[110]. Selon les calculs du Monde de juin 2021, la décision de ne pas confiner la population fin janvier a eu un coût humain de 14 000 décès, près de 112 000 hospitalisations, dont 28 000 en réanimation, et environ 160 000 cas de Covid-19 long supplémentaires^[111].

Fin janvier 2021, un institut australien classe la France 73^e sur 98 au classement des pays ayant le mieux géré la crise sanitaire^[112].

Le 6 février, alors qu'un peu plus de 1 800 000 personnes ont été vaccinées et que l'administration de la seconde dose est encore marginale (190 000 personnes^[106]), commence la vaccination avec le vaccin d'AstraZeneca destiné dans un premier temps aux professionnels de santé et du médico-social de moins de 65 ans^[113].

Après la Moselle, le département des Alpes-Maritimes présente, le 21 février 2021, un taux d’incidence préoccupant, plus élevé qu’au niveau national (557 cas positifs pour 100 000 habitants contre 190). La métropole niçoise est atteinte d'un taux d’incidence encore plus préoccupant avec 700 cas pour 100 000 habitants, aggravé par la diffusion du variant alpha, plus contagieux, et un faible taux de vaccination puisque moins de 4 % des Maralpins sont vaccinés à cette date. Pour enrayer cette dégradation, de nouvelles mesures sont décidées par le gouvernement et présentées par la préfecture et l'ARS le 22 février 2021. Des mesures de confinement sont en particulier décidées pour les week-ends du 26 février et du 5 mars dans les communes du littoral des Alpes-Maritimes. Les déplacements seront interdits dans les communes de Menton à Théoule-sur-Mer, zone qui concentre près de 90 % de la population du département, correspondant aux unités urbaines de Nice et de Menton. Comme pour le confinement du mois de mars : les sorties durant une heure sont possibles pour les courses, le médecin, les animaux, le sport, promenade (5 km autour du domicile)^[114].

Parallèlement le taux d'incidence dans le Dunkerquois atteint 901 pour 100 000 habitants dans l'agglomération, ce qui conduit le gouvernement, après un échange avec les élus locaux, à annoncer la mise en place d'un confinement similaire à celui de Nice pour les trois week-ends au moins à compter du 26). Ce confinement localisé concerne les habitants de la communauté urbaine de Dunkerque et ceux de la communauté de communes des Hauts de Flandre, soit près de 250 000 habitants^[115].

Vingt départements ayant un niveau d'incidence autour de 250 cas pour 100 000 habitants sont également mis sous vigilance le 25 février et pourraient faire l'objet de mesures de confinements locaux à partir du week-end du 6 mars si la situation continuait à se dégrader, après « concertations avec les élus »^[116].

Au 28 février 2021, plus de 3 millions de personnes habitant en France ont reçu la première dose de vaccin et 1 500 000 la seconde dose. Avec 6,6 doses administrées pour 100 habitants, la France se situe très en retard d'Israël, du Royaume-Uni ou des États-Unis et à un niveau peu inférieur à celui de l'Allemagne ou de l'Italie en termes de vaccination par 100 habitants^[106].

La troisième vague se caractérise par la position dominante du variant Alpha. Le variant Bêta dit alors « sud-africain » se déploie dans l'Est avec 35 % des cas en Moselle^[117]. La campagne de vaccination souffre d'une méfiance vis-à-vis du vaccin AstraZeneca, responsable de quelques cas graves de thromboses atypiques accompagnées de thrombopénie^[118] touchant principalement des femmes âgées de moins de 55 ans. Le vaccin Janssen, de même technologie (vaccins à adénovirus) est suspendu pour les mêmes raisons^[119].

À la suite de cas de thrombose, l'injection du vaccin AstraZeneca est suspendue dans plusieurs pays européens dont la France du 15 au 18 mars, jusqu'à ce que l'Agence européenne des médicaments en réautorise l'utilisation. Toutefois, en France, ce vaccin n'est alors autorisé que pour les personnes de plus de 55 ans^[120].

Le 18 mars 2021, face à la montée des cas de COVID depuis quelques semaines en France, Jean Castex annonce un 3^e confinement à compter de vendredi minuit et pour une durée d'au moins 4 semaines, dans 16 départements français, les plus touchés par l'épidémie (dont tous les départements de l'Ile-de-France et des Hauts-de-France) avec les écoles et les collèges ouverts, les lycées basculant en demi-jauge, et des déplacements possibles dans un rayon de 10 km autour du domicile sans limitation de durée. Les commerces « non essentiels » doivent fermer, mais les coiffeurs, les libraires, les disquaires, les fleuristes et les chocolatiers peuvent rester ouverts^[121]. L'objectif du gouvernement est de « confiner sans enfermer »^[122].

Le 20 mars 2021, soit le premier jour du confinement dans les 16 départements concernés, l'attestation de sortie, jugée trop complexe, est supprimée : désormais, un simple justificatif de domicile suffira pour les sorties dans un rayon de moins de 10 km autour du domicile en journée^[123].

Le 25 mars 2021, Olivier Véran annonce que les mesures de confinement sont étendues à 3 départements supplémentaires : le Rhône, la Nièvre et l'Aube. Ces mesures s'appliquent à compter de vendredi minuit et pour une durée d'au moins 4 semaines^[124].

Fin mars alors que la situation sanitaire continue à se dégrader avec près de 5 000 malades en réanimation, près de 300 morts par jour et près de 40 000 nouveaux cas quotidiens^[125], le nombre quotidien de vaccinations continue d'augmenter de telle sorte que, le 31 mars, plus de 11,3 millions de doses ont été injectées et que plus de 2,8 millions de personnes ont reçu les deux doses^[106], malgré les difficultés d'approvisionnement^[126].

Le 31 mars 2021, lors d'une allocution radio-télévisée, Emmanuel Macron annonce, face à la saturation des services de réanimation, l'étendue des mesures de confinement déjà en vigueur dans 16 départements à tout le territoire métropolitain, ainsi que la fermeture des crèches, écoles, collèges et lycées à partir du 3 avril et l'unification des vacances de printemps sur tout le territoire dès le 12 avril. Il annonce également que la vaccination contre le Covid-19 sera élargie à toutes les personnes âgées de plus de 60 ans le 16 avril, puis à toutes celles de plus de 50 ans le 15 mai, et que les personnes de moins de 50 ans suivront mi-juin. Promettant de revenir « prochainement vers les Français » afin de « fixer un agenda », il annonce enfin la réouverture à partir de mi-mai de certains lieux de culture et terrasses de bars et restaurants^[127].

Calendrier du déconfinement et des réouvertures 2021^{[128],[129],[130]}

Lieux et activités concernés	3 mai	19 mai	16 juin	30 juin
Port du masque	En tous lieux		À l'intérieur uniquement (17 juin)[131],[132]
Couvre-feu	19 h	21 h	23 h	Fin (avancé au 20 juin)[131]
Restaurants et bars : terrasses		50 % capacité. Tables de 6	Tables de 6
Restaurants et bars : en intérieur			50 % capacité. Tables de 6	Position assise
Musées		8m2 par visiteur	4m2 par visiteur
Cinémas, spectacles assis		35 % des spectateurs. <800 personnes	65 % des spectateurs <5 000 personnes	Passe sanitaire si >1 000 personnes
Salles sport, piscines couvertes	Établissements scolaires : intérieur et extérieur Autres publics : extérieur, groupes ≤ 6 personnes[133]	Publics prioritaires Tous publics extérieur	Tous publics : 50 % capacité Pour sports sans contact : ≤10 personnes
Dancings, discothèques
Télétravail	Maintenu		Assoupli	Fin

Le 30 avril 2021, lors d'un entretien à la presse régionale, Emmanuel Macron annonce la levée progressive des restrictions sanitaires, en 4 étapes, à compter du 3 mai :

1. Le 3 mai 2021, les collèges et les lycées rouvrent leur portes, après quatre semaines de fermeture, en demi-jauge pour les classes de 4^e et de 3^e dans 15 départements les plus touchés par l'épidémie, pour tous les niveaux et sur tout le territoire pour les lycées, les déplacements inter-régionaux sont à nouveau possibles.
2. Le 19 mai 2021, le couvre-feu est retardé de 19h à 21h, les musées, cinémas, théâtres, monuments rouvrent ainsi que les terrasses des bars et des restaurants avec une limite de six personnes par table. Les commerces dits « non essentiels » rouvrent également à cette date.
3. Le 9 juin 2021, le couvre-feu est reporté à 23h, les bars et les restaurants pourront à nouveau accueillir du public en intérieur, toujours avec une limite de six personnes par table, et les salles de sport rouvrent également avec une entrée conditionnée à un « passe sanitaire ». Les salons et les foires peuvent également reprendre leur activité, avec une limite de 5 000 personnes et l'accès conditionné à un passe sanitaire.
4. Enfin, le 30 juin 2021, les évènements de plus de 1 000 personnes sont à nouveau autorisés en intérieur comme en extérieur, avec une entrée conditionnée à un passe sanitaire^[134].

Le 2 juin 2021, Emmanuel Macron annonce que la vaccination est élargie aux adolescents ayant entre 12 et 18 ans, à compter du 15 juin^[135].

Pratiquement, le 30 juin 2021 marque ainsi la levée de presque toutes les restrictions sanitaires (fin des jauges dans les magasins, réouverture complète des restaurants, des cinémas, des théâtres…). Cependant, le masque reste obligatoire dans les lieux clos^[136].

Face à la circulation du variant Delta (dit « indien ») dans les Landes, cette étape de déconfinement est retardée d'une semaine sur ce territoire^[137].

Un relâchement dans le respect des mesures barrières ajouté à la concentration humaine sur les lieux de vacances entraînent, dès juillet 2021, une reprise importante des contaminations, notamment dans les départements côtiers, qui est qualifiée de « quatrième vague » dans les médias^[138].

Le Premier ministre français, Jean Castex, invité du journal de 13 heures sur TF1 mercredi 21 juillet, a explicitement déclaré « Nous sommes dans la quatrième vague », confirmant ainsi les craintes suscitées par le récent rebond de l'épidémie^[139].

Cette vague correspond à l'arrivée en France du variant Delta.

À l’été 2021, cette vague est considérée en France et à l’étranger comme étant la « vague des non-vaccinés », car elle tue en majorité les non-vaccinés^{[140],[141],[142],[143]}.

Devant la montée en puissance des variants, Emmanuel Macron a annoncé lors d'une nouvelle allocution radio-télévisée le 12 juillet 2021, un nouveau train de mesures applicables aux adultes et, de façon assouplie, aux enfants âgés de 12 ans et plus :

• Obligation vaccinale le 15 septembre 2021 pour l'ensemble des professionnels et bénévoles en contact avec des publics fragiles ;
• Jauge pour l'exigence du passe sanitaire abaissée de 1 000 à 50 personnes ;
• Extension du passe sanitaire, le 21 juillet 2021, aux lieux de culture et de loisirs puis aux restaurants, cafés, trains, avions et grands centres commerciaux dans le courant du mois d'août 2021.

En outre, les tests PCR ne seront plus gratuits pour tous les Français à compter du mois d'octobre 2021^[144].

Le 17 juillet 2021, le gouvernement a annoncé la présentation obligatoire d’un test négatif de moins de 24 heures (au lieu de 72 heures auparavant), pour toute personne arrivant sur le territoire français en provenance de certains territoires européens à risque tels que l’Espagne, le Portugal, le Royaume-Uni, la Grèce, Chypre et les Pays-Bas.

À compter de la seconde moitié du mois de juillet, face à la propagation rapide du variant Delta dans ces territoires, plusieurs départements (principalement des départements côtiers, ou très touristiques) mettent en place des mesures pour tenter de freiner l'épidémie^[145]. 24 départements français remettent ainsi en place le masque en extérieur^[146]. Dans les Pyrénées-Orientales, les bars et les restaurants doivent fermer au plus tard à 23 h^[147], tandis qu’en Haute-Corse tous les établissements recevants du public doivent fermer au plus tard, à minuit^[148].

Le 30 juillet 2021, devant la saturation des établissements hospitaliers, la Martinique est reconfinée, au minimum pour trois semaines^[149],[150].

Le 5 août, le Conseil constitutionnel ne censure pas l'extension du passe sanitaire aux restaurants, bars, cafés, terrasses ainsi qu'aux visiteurs dans les hôpitaux et pour tous leurs patients considérés comme non-urgents. La vaccination obligatoire pour le personnel soignant n’est pas non plus jugée inconstitutionnelle. Cependant, l'isolement obligatoire des malades est censuré, de même que la rupture anticipée d'un CDD ou d'un contrat d'intérim^[151].

Le 24 août 2021, la Haute Autorité de santé publie un nouvel avis, dans lequel elle recommande l'administration d'une troisième dose de vaccin pour les personnes âgées de plus de 65 ans et celles présentant des comorbidités^[152].

En novembre 2021 apparaît une cinquième vague dont la progression est particulièrement rapide, avec une augmentation du taux d'incidence de 100 à 164 en moins d'une semaine^[153]. Le nombre de cas quotidiens augmente de 81 % en une semaine, passant de 10 023 à 18 189^[154].

Au cours du mois, le nombre de tests de dépistage double en France^[155].

Depuis le 2 décembre 2021, un nouveau variant, le variant Omicron, est présent sur le territoire français^[156].

Face à l'augmentation des cas, Olivier Véran annonce que la 3^e dose de vaccin sera disponible pour tous 5 mois après la dernière dose ; le pass sanitaire sera également désactivé 7 mois après la dernière dose pour inciter les Français à se faire injecter cette dose de rappel^[157].

Jean Castex annonce le 6 décembre une nouvelle série de mesures^[158] :

• passage au niveau 3 du protocole sanitaire : les élèves et le personnel devront notamment porter le masque en intérieur pour tous les établissements et en extérieur en école primaire. Il faudra également de nouveau limiter les brassages par niveau et par classe pendant la restauration ;
• vaccination possible des enfants à risque de 5 à 11 ans ;
• fermeture des discothèques à partir du vendredi 10 décembre pour 4 semaines.

Le 15 décembre 2021, 303 cas du variant Omicron sont détectés en France^[159]. Les spécialistes s'attendent à ce qu'il supplante le variant Delta au cours de cette cinquième vague^[160].

Le 25 décembre 2021, la barre des 100 000 cas positifs par jour est franchie^[161].

La connaissance de la progression de la pandémie est facilitée par le fait que plus de huit millions de tests sont réalisés en seulement une semaine, entre Noël et le jour de l'an^[162]. L'envol du nombre de tests se produit le 23 décembre, veille des vacances scolaires, quand il atteint soudain 1,5 million en une seule journée^[163].

Le 29 décembre 2021, la barre des 200 000 cas positifs par jour est franchie^[164].

Le 5 janvier 2022, on dénombre plus 300 000 cas positifs sur les dernières 24h^[165].

Le 16 janvier 2022, le Parlement a adopté le projet de loi visant à instaurer le pass vaccinal^[166].

Le 22 janvier 2022, la France connait son pic de nouveaux cas le plus élevé avec 367 017 nouveaux cas^[167].

Le 18 janvier 2022, près de 465 000 cas positifs à la Covid-19 sont recensés sur le territoire français, un nouveau record absolu^[168].

Le 26 janvier 2022, la « moyenne 7 jours passe à 365 013 cas enregistrés quotidiennement contre 366 179 » le 25^[169]. La France devient le quatrième pays le plus touché par la Covid-19, en nombre de cas testés positifs, derrière le Brésil, l'Inde et les États-Unis^[170].

En février 2022, le variant Omicron cause la plupart des infections. Entre le 17 et le 23 janvier, les décès dus au variant ont été « majoritaires chez les personnes de plus de 80 ans », et ne représentent « qu'un tiers des décès chez les 60 à 79 ans ». Du 20 décembre 2021 au 23 janvier 2022, « le nombre de personnes décédées avec Omicron non-vaccinées est de 308 patients pour 10 millions de personnes, contre 183 patients vaccinés sans rappel, et 173 personnes vaccinées avec rappel »^[171].

Le pic de la 6^e vague est atteint le 31 mars 2022^[172].

Après une baisse durant le printemps 2022 donnant lieu à la levée des contraintes sociales (le masque n'est plus exigé dans les transports publics), les contaminations reprennent en juin 2022, 53 802 nouveaux cas positifs sont enregistrés entre les 7 et 8 juin^[173]. Les variants Omicron BA.4 et BA.5^[174], moins dangereux, en sont responsables^[175]. Le pic est atteint au début juillet avec un variant BA.5 largement dominant, supplantant le BA.2 du début de la vague^[176].

En Martinique, le Plan Blanc^{[note 2]} est de nouveau activé un mois après avoir été levé^[177].

L'agence Santé Publique France note une « diminution de la circulation du SARS-CoV-2 » dans la semaine du 18 au 24 juillet 2022^[178]. La 7^e vague a été moins meurtrière que les précédentes avec environ 100 morts par jour à l'hôpital^[179].

Au 14 septembre 2022, il y a 33 302 758 cas cumulés et 154 611 décès cumulés^[180].

En octobre, les contaminations liées au Covid-19 progressent surtout pour les plus âgés, particulièrement dans le Grand Est (le département des Vosges est très touché), avec 51 755 nouveaux cas chaque jour (soit une hausse de 24 % en une semaine)^[181]. Avec 390 919 nouveaux cas, le taux d'incidence a augmenté de 22 % dans la semaine du 3 au 9 octobre, les hospitalisations de 13 % et les décès de 14 %, sous l'effet du sous-variant BA.5, mais « dans l'indifférence générale »^[182]. Le pic est atteint avant la mi-octobre avec un variant BA.5 largement dominant^[176].

À la fin du mois, le nouveau variant BQ.1.1. de la famille des variants Omicron, un des nombreux descendants de BA.5, gagne du terrain en France, et pourrait être à l'origine du rebond des contaminations^[183]. Le 21 octobre 2022, 12 décès supplémentaires en 24 h et 309 cas graves en réanimation sont comptés^[184].

En novembre, le variant BQ.1.1. est dorénavant majoritaire dans le pays, il est à l'origine de plus de 43 % des contaminations au Covid-19. Il résisterait « plus facilement à l'immunité acquise à la fois par la vaccination contre le Covid-19 et par une contamination au virus »^[185]. La vague culmine avant la mi-décembre 2022 et touche principalement le Sud-Ouest de la France^[176].

Les montées des vagues successives correspondent aux périodes où le taux de croissance est durablement au-dessus de l'unité. Le pic des cas est atteint lorsque le taux décroit jusqu'à l'unité, la décroissance correspondant au contraire à un taux de croissance inférieur à l'unité. La limite entre vague est relativement conventionnelle, et peut être fixée au point où le taux de croissance atteint son minimum. Ces vagues successives sont généralement dues à des variants différents^[186].

Vague	1	2	3	4	5	5bis
De :	mars 2020	Juillet 2020	décembre 2020	juillet 2021	octobre 2021	décembre 2021
Pic des cas	mi-avril	début novembre	mi-avril	mi-août	fin-décembre[a]
À :	juin 2020	novembre 2020	juin 2021	septembre 2021	décembre 2021	2022
Variant	Original	20A-Eu2	Alpha	Delta	Delta[b]	Omicron
Pic décès (pmh/j)	15	9	5	1,8	3	?
Pic soins intensifs (pmh)	100	73	90	33	50	?
Pic hospitalisation (pmh)	500	500	450	170	240	?
Pic de cas (pmh/j)	200[c]	900	700	350	800	?

Nombres en « par million d'habitants » (pmh).

Pour lutter contre la propagation du virus, deux stratégies sont possibles : « endiguer » l'épidémie en attendant de découvrir un traitement efficace ou un vaccin contre la Covid-19, construire une immunité collective en laissant se propager l'épidémie tout en la contrôlant^[187],[188].

Une étude de l’institut Pasteur publiée en avril 2021, qui se base sur les données récentes sur l’efficacité du vaccin et l’émergence de variants plus transmissibles, conclut qu’il faudrait que plus de 90 % des adultes soient vaccinés pour qu’un relâchement complet des mesures de contrôle soit envisageable^[189].

Les Français adoptent largement les comportements-barrière et la distanciation physique pendant la pandémie. Selon les études de Santé publique France, dès le 30 mars 2020, plus de 90 % des Français saluent sans serrer la main et arrêtent les embrassades. Alors qu'un peu moins de la moitié des Français porte un masque en public à la fin du premier confinement, ils sont 85 % à le faire en fin d'année. 83 % des personnes interrogées ont déclaré qu'elles allaient fêter Noël avec au maximum six adultes, tout comme 92 % au Nouvel An^[190].

Les gestes barrières, ainsi que la campagne de vaccination importante contre la grippe, ont pour effet de réduire les cas de grippe, bronchiolite et gastro-entérite pendant l’hiver 2020-2021^[191],[192].

Sur le plan scientifique, seuls les masques FFP2 et FFP3 ont fait la preuve de leur efficacité dans la protection des porteurs, les masques chirurgicaux ne faisant que protéger l'entourage des gouttelettes émises^{[193],[194],[195]}. Au vu de ces données, l'OMS a longtemps déconseillé l'usage de masques dans l'espace public, craignant les effets pervers de leur mésusage selon les contextes nationaux et sociaux^[196],[197]. Le 5 juin, l'OMS modifie néanmoins ses préconisations et, tout en rappelant que le masque en lui-même ne protège pas contre le virus, conseille désormais le port du masque dans les espaces confinés et là où la distanciation physique ne peut pas être respectée^[198].

De janvier à avril-mai 2020, la France a connu une pénurie d’équipements de protection individuelle, au premier rang desquels les masques chirurgicaux et FFP2^[199]. Elle touche en premier lieu les professions de santé.

À l'issue de l'épidémie de grippe A de 2009-2010, une réserve stratégique de 723 millions de masques de protection FFP2 et 1 milliard de masques chirurgicaux est constituée^{[200],[201],[202]}. Le 24 janvier 2020, Santé publique France informe la ministre du contenu des stocks stratégiques de masques : ceux-ci sont composés de 99 millions de masques chirurgicaux et d’aucun masque FFP2. La faiblesse des stocks entraîne le déclenchement de plusieurs commandes dans les jours qui suivent^[203].

Dans un premier temps, la réduction des stocks est attribuée à une politique « mise en œuvre par le ministre chargé de la santé, sur le fondement de la doctrine développée par le SGDSN et les avis du HCSP »^[202],[201] de ne pas renouveler certains stocks arrivant à péremption^{[200],[204],[205]} car il était supposé qu'en cas de besoin soudain les usines de production auraient été capables d'être réactives très rapidement, notamment en Chine^[200]. Toutefois, selon plusieurs enquêtes, aucun de ces documents n’indique que l’État doit cesser de constituer un stock^[206],[207].

Les masques de protection respiratoire de type FFP2 sont réquisitionnés à partir du 3 mars^{[208],[209],[210]}. Selon la commission d’enquête parlementaire du Sénat, la réquisition a porté sur 44 millions de masques FFP2 déjà destinés à Santé Publique France, rendant le bénéfice de la réquisition quasi inexistant^[211].

En février et mars 2020, le Gouvernement affirme à la presse et au Parlement que les stocks sont importants et que les masques doivent être réservés en priorité aux personnes travaillant dans les services de réanimation ; toutefois les ministres savent que même pour cela, le stock n’est alors pas suffisant^[212].

Entre janvier et le 15 juin 2020, le total des acquisitions a porté sur 3,82 milliards de masques achetés principalement en Chine (1,15 milliard l’ont été auprès de fournisseurs français, pour des livraisons surtout de juin à décembre), pour un coût de 2,78 milliards d’euros. Un pont aérien avec 48 rotations est mis en œuvre entre la France et la Chine entre avril et juin^[213]. De plus, une filière de production de masques « grand public » est organisée^[214], mais elle se heurte rapidement à la concurrence des masques importés^[215].

À compter du 4 mai 2020 et en vue de la fin du premier confinement national, les enseignes de la grande distribution sont autorisées à vendre au grand public des masques textiles réutilisables et des masques jetables, celles-ci ayant déjà organisé leurs approvisionnements dès février pour leurs salariés. Des dizaines de millions d’unités sont commandées malgré les difficultés logistiques (quasi-disparition des vols commerciaux, hausse des prix…) et les ventes entre mai et août atteignent environ quatre millions d’unités par semaine. Dès lors, l’ensemble des Français a pu s’équiper en masques de protection^[216].

À partir du 11 mai 2020, le port du masque est obligatoire dans les transports en commun^[65]. Le prix des masques est réglementé entre cette date^[217] et le 2 juin 2021^[218].

Cette obligation est étendue dans certains établissements recevant du public le 20 juillet 2020^[219],[220], puis à l’extérieur à la même période, sur décision du préfet^{[221],[222],[223],[224]}.

En janvier 2021, le port de masques « catégorie 2 » (fabriqués à la maison et ne respectant pas les normes Afnor) est interdit^[225].

À la suite d'une annonce du Premier ministre français le 16 juin 2021, le port du masque en extérieur n'est plus obligatoire dès le lendemain, jeudi 17 juin 2021, mais reste de mise dans les lieux très fréquentés comme les marchés ou les transports en commun.

Selon le magazine Que choisir, entre le 25 novembre 2019 et le 5 mars 2020, l'épidémie de Covid-19 a fait exploser la demande en gels hydroalcooliques et augmenter les tarifs de l'ordre de 30 %^[226].

Le prix des solutions hydroalcooliques est réglementé entre le 6 mars 2020^[227] et le 2 juin 2021^[228]. De plus, le gouvernement autorise, du 6 mars au 1^er octobre 2020, la préparation par les pharmacies des solutions hydroalcooliques destinées à l'hygiène humaine, en cas de rupture de leur approvisionnement^{[229],[230],[231]}.

En mars-avril 2020, les entreprises productrices de gels hydroalcooliques ont dû s'adapter à cette forte demande conjuguée à un prix des produits finis plafonné. Ainsi toutes les entreprises ont dû transformer leur production pour éviter qu'il n'y ait de pénurie. Les producteurs ont pu, pour cela, augmenter les cadences de production ou encore affecter de nouvelles chaînes de production aux gels antibactériens^[232],[233]. Certaines usines se sont reconverties pour pallier le manque, tels que LVMH^[234] ou « L'Occitane » à Manosque^[235].

En janvier 2020, le centre national de référence (CNR) des virus des infections respiratoires de l’institut Pasteur met en place une technique de détection du virus par RT-PCR. Au début de l’année, les tests ne sont pratiqués que dans les établissements de santé : le « cap » de 500 tests par jour est dépassé le 29 février et plus de 1 600 tests par jour sont recensés du début mars ; en mars, les tests sont élargis aux laboratoires privés, en avril les laboratoires départementaux d'analyses vétérinaires ou de recherche, sont autorisés à traiter les échantillons. Toutefois les laboratoires sont confrontés à des difficultés d’approvisionnement et d’organisation^[236]. Dès le 16 mars, l’Organisation mondiale de la santé appelle chaque pays à effectuer un test sur chaque cas suspect^[237]. Cependant, le conseil scientifique admet l’impossibilité matérielle de poursuivre la stratégie de détection des malades et de leurs cas contacts, la priorité est portée sur les cas graves et les professionnels de santé^[238].

La montée en charge des tests s’est faite lentement, alors qu’en Corée du Sud, plus de 10 000 tests par jour sont pratiqués en mars (avec une capacité qui serait de 60 000 tests par jour^[239]), ce qui permet, outre une prise en charge ou un isolement plus précoce, d'anticiper sur les besoins en soins, et de mieux connaître la cinétique de propagation du virus. Un dépistage systématique effectué en Italie sur une population de 3 000 personnes a montré la présence de 50 % à 75 % de porteurs du virus asymptomatiques^[240],[241]. L'Allemagne peut effectuer 500 000 tests par semaine au 26 mars^[242].

Au 28 avril, avec 9,1 tests pour 1 000 habitants, la France se classe en 30^e position parmi les 35 pays de l'OCDE analysés. La moyenne s'élève à 23,1 tests pour mille habitants^[243].

Le nombre de tests hebdomadaires est de l’ordre de 300 000 à la fin du premier confinement. Le « cap » des 500 000 tests hebdomadaires est dépassé la semaine du 3 août, et plus d’un million de tests sont réalisés celle du 7 septembre. En septembre, 80 % des tests sont réalisés en laboratoires privés, la demande explose et dans certaines villes, de longues files d’attente se forment devant les laboratoires dans lesquelles se mêlent patients symptomatiques, cas contacts identifiés ou supposés, personnes cherchant à se rassurer ou d’autres ayant besoin d’un test pour voyager. Le 11 septembre, le Gouvernement annonce un accès prioritaire aux tests et à leurs résultats – dans le délai de 24 heures recommandé par l’OMS – pour les personnes symptomatiques, les cas contacts et du personnel soignant^[244].

À l’automne, le nombre hebdomadaire de tests est de 2,2 millions^[245]. Les tests « rapides » antigéniques sont disponibles, et proposés par les médecins, infirmiers et pharmaciens^[98].

À partir du 12 avril, les autotests sont disponibles en pharmacie^[246].

Entre le 1^er mars 2020 et le 26 septembre 2021, le ministère de la Santé estime qu’environ 149,7 millions de tests antigéniques et RT-PCR ont été validés par un professionnel de santé. Plus précisément, environ 51,9 millions de tests antigéniques, et 97,8 millions de tests RT-PCR dont 94,0 millions naso-pharyngés, 3,6 millions salivaires et 223 000 en milieux divers^[247]. Le recours au test dépasse les trois millions par semaine lors des fêtes de Noël 2020 et du week-end pascal 2021^[248],[249], puis les quatre millions à l’été 2021 avec le passe sanitaire^[250].

Les tests PCR est antigénique sont systématiquement pris en charge à 100 % par l'Assurance maladie, jusqu'au 14 octobre 2021. Après cette date, seul le dépistage pour raison médicale reste gratuit^[251].

En décembre 2021, une trentaine de millions de tests Covid antigéniques ou PCR pour un coût d'un milliard d'euros^[252].

À partir du 16 mars 2020, le système d’information pour le suivi des victimes permet de dénombrer les patients atteints du Covid-19 dans les hôpitaux.

La loi du 11 mai 2020 crée un système de recherche de contact. Les cas positifs sont contactés afin d'identifier les cas contact^[253]. Pour cela, plusieurs systèmes d'information sont créés :

• Contact Covid, géré par la Caisse nationale de l'assurance maladie, recense les contacts des malades de la Covid-19 ;
• le système d'information national de dépistage, géré par la direction générale de la Santé, a vocation à centraliser les résultats d'examens de dépistage^{[254],[255],[256]}.

Les patients positifs peuvent utiliser le site cnam.briserlachaine.org, développé avec Bayes Impact, pour renseigner leurs contacts.

Le réseau de l'Assurance maladie mobilise pour la recherche de contacts 6 000 collaborateurs en mai 2020 et ce nombre atteint plus de 10 000 en novembre, soit 15 % de ses effectifs^[257]. Cette stratégie est toutefois compliquée à mettre en œuvre quand le nombre de cas est trop important : l’Assurance Maladie a réussi à joindre 85 % des patients positifs la semaine du 26 octobre contre 92 % la semaine précédente^[258]. De plus, selon l’épidémiologiste Catherine Hill, les personnes asymptomatiques échappent au tracing^[259].

L'application mobile StopCovid, approuvée par le Parlement le 27 mai^[260] et gérée par la direction générale de la Santé, a pour finalités d'informer les personnes utilisatrices de l'application qu'il existe un risque qu'elles aient été contaminées par le coronavirus en raison du fait qu'elles se sont trouvées à proximité d'un autre utilisateur de cette application ayant été diagnostiqué positif à cette pathologie^[261]. Une nouvelle version TousAntiCovid est lancée le 22 octobre 2020^[262].

Selon le volet « Protéger » ou parfois « Isoler », il est recommandé à chaque personne testée positive, ayant des symptômes, ou bien en contact avec une personne positive, de s’isoler plusieurs jours^[263].

Fin 2020, le Conseil scientifique estime cette recommandation connaît quelques ratés en l’absence d’organisation précise et largement diffusée. L’idée de reloger les contaminés sans solution à l’hôtel n’a pas été mise en application^[245].

L’isolement obligatoire, envisagé par le projet de loi relatif à la gestion de la crise sanitaire en juillet 2021, est déclaré non conforme à la Constitution^[264].

L’Agence européenne des médicaments puis la Commission européenne donnent leur feu vert le 21 décembre 2020 au vaccin Tozinaméran de Pfizer et BioNTech^[265], et le 6 janvier 2021 au vaccin mRNA-1273 développé conjointement par le National Institute of Allergy and Infectious Diseases (NIAID), le Biomedical Advanced Research and Development Authority (BARDA) et la société Moderna^[266]. Le Vaccin d'AstraZeneca est autorisé le 29 janvier^[267], et le Ad26.COV2.S, élaboré par Janssen Pharmaceutica (filiale de Johnson & Johnson) et le Beth Israel Deaconess Medical Center, le 11 mars^[268].

Au début de la campagne, la France ne vaccine que dans les Ehpad et prend du retard par rapport aux pays voisins. Les pouvoirs publics sont alors tétanisés par la réticence des français, dont 60 % refuseraient le vaccin selon un sondage mi-décembre 2020. Dès le mois de janvier 2021, l’éligibilité est élargie, au-delà de la disponibilité des doses, pour créer un effet « zéro stock » quitte à créer de la frustration. À partir de la mi-mai, alors que les doses arrivent en masse, dans les faits, la vaccination est ouverte à tous, mais la France reste à la traîne des grands pays d’Europe de l’Ouest. L’annonce de l’extension du passe-sanitaire mi juillet va créer un sursaut important^[269].

Le nombre d’injections quotidiennes dépasse les 200 000 en mars, les 400 000 en mai et atteint son pic à 700 000 fin juillet avant de redescendre. Fin octobre, ce chiffre est autour de 130 000 dont une moitié de troisième dose. Le nombre de personnes totalement vaccinés atteint les dix millions autour du 24 mai, les vingt millions autour du 23 juin, les trente millions autour du 18 juillet et les quarante millions autour du 16 août^[270].

En novembre 2022, on compte un total de 54 373 517 premières doses injectées^[271].

Plusieurs mesures d’interdiction des rassemblements et des déplacements ont été prises en 2020 durant la pandémie.

Ces mesures ont participé au déclassement de la France dans l'Indice de démocratie 2020, rapport du département consacré à la recherche dans The Economist, du rang de « démocratie à part entière » à celui de « démocratie défaillante », aux côtés notamment du Portugal^[272].

Des cadres juridiques spécifiques ont été créés : l'état d'urgence sanitaire, en vigueur entre le 24 mars 2020 et le 10 juillet 2020, et entre le 17 octobre 2020 et le 1^er juin 2021 ; ainsi que des régimes de sortie de l’état d'urgence sanitaire^[273],[274].

Depuis mars 2020, le Conseil scientifique Covid-19, présidé par le professeur Jean-François Delfraissy est chargé de « rendre périodiquement des avis sur l'état de la catastrophe sanitaire, les connaissances scientifiques qui s'y rapportent et les mesures propres à y mettre un terme »^[275]. Le conseil, dont certains des avis sont rendus publics^[276], s'appuie sur des modélisations réalisées par l'épidémiologiste Neil Ferguson, de l'Imperial College London^{[51],[52],[277]}. L'Académie de médecine émet plusieurs avis, d'abord pour relativiser l'importance de l'épidémie (12 février)^[278], puis pour recommander de réserver les masques de protection aux professionnels de santé (22 mars)^[279]. Par la suite plusieurs recommandations ont été faites à propos des tests sérologiques^[280], sur le maintien de l'activité physique^[281]. Selon l'avis du 2 avril, sur la sortie du confinement, « le port généralisé d’un masque par la population constituerait une addition logique aux mesures barrières actuellement en vigueur »^[282].

Interdictions nationales durant la pandémie

Légende

1.      fermeture des écoles
2.      fermeture des restaurants et musées      Passe sanitaire obligatoire pour les musées
3. Interdiction de déplacements      permanente,      à certaines heures,      > 100 km
4. Régime juridique :      état urgence sanitaire,      sortie état urgence sanitaire

Mesures relatives à la lutte contre la propagation du virus SARS-CoV-2

Mesures	Dates d'application	Régime
5 au 14 mars : premières interdictions de rassemblements		Article L3131-1 du code de la santé publique, créé par la loi du 9 août 2004 relative à la politique de santé publique
Interdiction des rassemblements de plus de 5 000 personnes en milieu clos	5 au 9 mars[283]
Interdiction des rassemblements de plus de 1 000 personnes	10 au 13 mars[284]
Interdiction des rassemblements de plus de 100 personnes	14 mars au 10 mai[285],[210]
17 mars au 10 mai : confinement
Fermeture de certains établissements recevant du public. Seuls « les commerces essentiels (magasins alimentaires, pharmacies, banques, bureaux de tabac, stations-service, etc.) et tous les services publics essentiels » sont autorisés à rester ouverts[286]	15 mars au 10 mai[287],[210]
Fermeture des établissements scolaires et d'enseignement supérieur	16 mars au 10 mai[287],[210]
Interdiction de déplacements hors activité professionnelle, achats de première nécessité, motif de santé ou familial, déplacements brefs liés à l'activité physique individuelle.	17 mars, 12 h[51],[52] au 23 mars[288]
Mêmes mesures que précédemment, les déplacements brefs sont limités à une heure quotidienne et dans un rayon maximal d'un kilomètre autour du domicile et liés à l'activité physique individuelle.	24 mars au 10 mai[210]	Urgence-I
11 mai au 19 juillet : levée progressive du confinement
Tout rassemblement sur la voie publique ou dans un lieu public, mettant en présence de manière simultanée plus de dix personnes, est interdit sur l'ensemble du territoire de la République. Plus généralement, rassemblements, réunions, activités, accueils et déplacements ainsi que l'usage des moyens de transports doivent se faire avec distanciation sociale. L'accès du public aux parcs, jardins et autres espaces verts aménagés dans les zones urbaines est interdit dans les territoires classés en « zone rouge ». Les commerces non alimentaires sont à nouveau ouverts. Les départements des Hauts-de-France, Grand-Est, Bourgogne-Franche-Comté, Île-de-France, Guyane et Mayotte sont en « zone rouge », les autres en « zone verte ».	11 mai[65]
Interdiction de déplacements conduisant à la fois à sortir d'un périmètre défini par un rayon de 100 kilomètres de son lieu de résidence et à sortir du département, à l'exception de certains motifs. Tout rassemblement sur la voie publique ou dans un lieu public, mettant en présence de manière simultanée plus de dix personnes, est interdit sur l'ensemble du territoire de la République. Plus généralement, rassemblements, réunions, activités, accueils et déplacements ainsi que l'usage des moyens de transports doivent se faire avec distanciation sociale. L'accès du public aux parcs, jardins et autres espaces verts aménagés dans les zones urbaines est interdit dans les territoires classés en « zone rouge » jusqu'au 29 mai[289].	12 mai au 1er juin[290]	Urgence-II
Mêmes mesures que précédemment, les déplacements de plus 100 km sont autorisés, et les restaurants et musées sont à nouveau ouverts. Les manifestations sont autorisées si elles respectent la distanciation sociale à compter du 14 juin. Les départements d'Île-de-France (jusqu’au 1er juin), Guyane et Mayotte sont en « zone orange », les autres en « zone verte ».	2 au 21 juin[291],[292]
Les cinémas sont à nouveau ouverts.	22 juin au 10 juillet[293]
Levée de la majorité des mesures, interdiction des rassemblements de plus de 5 000 personnes, les discothèques restent fermées Guyane et Mayotte restent dans le régime d'état d'urgence sanitaire jusqu’au 16 septembre[294]	11 juillet[295] au 12 août	Sortie état d'urgence[273]
Mêmes mesures que précédemment, les Bouches-du-Rhône et Paris sont classés comme des « zones de circulation active du virus ».	13[296] au 27 août
Le nombre de départements classés comme des « zones de circulation active du virus » augmente progressivement pour atteindre 42 (au 12 septembre) puis 71 (26 septembre)[297]. On y distingue les « zone Alerte », « zone Alerte renforcée » (Paris et la petite couronne, ainsi que dix métropoles) et « zone Alerte maximale » (Guadeloupe et Aix-Marseille)[298].	septembre
Du 17 octobre 2020 au 20 juin 2021 : Restrictions de déplacements et de réunions		Urgence-II[299],[300].
Les rassemblements, réunions ou activités publiques n'ayant pas de caractère professionnel de plus de six personnes sont interdits. Dans certaines zones, le préfet interdit les déplacements de 21 h à 6 h. Ces zones sont l'Île-de-France et huit métropoles. Puis à partir du 24 octobre, 54 départements et une collectivité d’Outer-mer sont concernés par ces mesures[301].	du 17 octobre[302] au 29 octobre
Fermeture de certains établissements recevant du public. Interdiction de déplacements hors activité professionnelle, achats de première nécessité, motif de santé ou familial, déplacements brefs liés à l'activité physique individuelle dans la limite d'une heure quotidienne et dans un rayon maximal d'un kilomètre autour du domicile.	du 30 octobre[303] au 27 novembre
Réouverture des magasins. Les déplacements sont toujours interdits, mais avec des exceptions élargies pour ceux dans la limite de trois heures quotidiennes et dans un rayon maximal de vingt kilomètres autour du domicile.	du 28 novembre[304] au 14 décembre
Les déplacements sont interdits le soir et la nuit, hors activité professionnelle, motif de santé ou familial, déplacements brefs, dans un rayon maximal d'un kilomètre autour du domicile pour les besoins des animaux de compagnie. Ces dispositions ne s’appliquent pas entre le 24 et 25 décembre.	du 15 décembre 2020[305] au 1er juin 2021
Dans certaines zones, le préfet interdit les déplacements les samedi et dimanche entre 6 heures et 18 heures.	du 26 février[306] au 19 mars
Interdiction de déplacements hors activité professionnelle, achats de première nécessité, motif de santé ou familial, déplacements liés à l'activité physique individuelle dans la limite dans un rayon maximal de dix kilomètres autour du domicile. Interdiction de sortir du département de résidence	du 3 avril[307] au 2 mai[308]
Fermeture des établissements scolaires et d'enseignement supérieur	du 5 avril au 25 avril (écoles) ou 2 mai (collèges et lycées)[307]
Les déplacements sont interdits le soir et la nuit, hors activité professionnelle, motif de santé ou familial, déplacements brefs, dans un rayon maximal d'un kilomètre autour du domicile pour les besoins des animaux de compagnie. Guyane reste dans le régime d'état d'urgence sanitaire	Du 2[309] au 23 juin 6h[310]	Sortie état d'urgence[274]

Pour les scientifiques compétents dans le domaine de la modélisation des épidémies^[277], le but du confinement est de stopper la diffusion exponentielle du virus^{[49],[50],[311]} en agissant sur le nombre de reproduction de base (${\displaystyle R_{0}}$) afin de réduire le plus possible le nombre de personnes atteintes et donc de morts^[51],[52].

Le confinement est aussi présenté par certaines sources comme évitant que le nombre de personnes infectées ne provoque l'effondrement du système de santé^[49]. Pour le ministère des Solidarités et de la Santé, « limiter les contacts permet de sauver des vies »^[312].

Le premier confinement a lieu entre le 17 mars et le 10 mai^[313]. Dans certaines villes, il est accompagné d'un couvre-feu après décision du maire ou du préfet^[314]. En Outre-mer, des mesures de couvre-feu sont prises au printemps 2020 en Guyane (à partir du 24 mars), à Mayotte (à partir du 24 mars), en Martinique et la Guadeloupe (du 1^er avril au 12 mai)^[315]. En Martinique, le couvre-feu est maintenu jusqu'au 15 mai, quand l'arrêté préfectoral prévoyant le couvre-feu jusqu'au 2 juin est suspendu sur décision du tribunal administratif^[316],[317]. Le déconfinement se fait en trois phases : 11 mai, 2 juin^[66],[318] et 22 juin^[319].

En octobre 2020, des mesures de couvre-feu peuvent être prises par le préfet^[302] d'abord limitées à l'Île-de-France et aux métropoles suivantes : Grenoble-Alpes Métropole, Métropole de Lyon, Métropole d'Aix-Marseille-Provence, Montpellier Méditerranée Métropole, Métropole européenne de Lille, Saint-Étienne Métropole, Métropole Rouen Normandie et Toulouse Métropole. Ensuite, 54 départements et une collectivité d’Outre-mer sont concernés par les mesures de couvre-feu^[301].

Le deuxième confinement national a lieu entre le 30 octobre^[303] et le 14 décembre 2020.

À partir du 15 décembre, un couvre-feu, cette fois national, est décrété, de 20h à 6h^[305]. À partir de janvier 2021, Il est avancé à 18h dans certains départements par les préfets, puis au niveau national à partir du 16 janvier^[320]. Le couvre-feu débute à 19h à compter du 20 mars^[321].

Le troisième confinement national a lieu entre le 3 avril^[307] et le 3 mai, le couvre- feu est toujours en vigueur.

Le début du couvre-feu est reculé à 21h à partir du 19 mai, puis à 23h à partir du 16 juin ; puis le couvre-feu est supprimé à partir du 23 juin 6h^[310].

Les premières fermetures des établissements scolaires sont décidées au niveau local : le 5 mars, une centaine d’écoles, collèges et lycées sont fermés^[34].

La fermeture nationale des crèches, écoles, collèges, lycées et universités est annoncée par le président de la République, Emmanuel Macron, le 12 mars : cela représente plus de 62 000 établissements. Environ douze millions d'élèves, 1,6 million d'étudiants et plus d'un million d'agents de l'Éducation nationale seront concernés par ces fermetures^[322]. Dans les jours qui suivent le confinement, la continuité pédagogique est organisée dans les établissements du primaire, du secondaire et les universités, au moyen de cours en ligne^[323],[324].

Sont à nouveau ouverts : les écoles primaires à partir du 11 mai ; les collèges en « zone verte » à partir du 18 mai^[290], les 2 juin pour les autres^[291] ; les lycées en « zone verte » à partir du 2 juin^[291]. Le 22 juin, les écoles maternelles et élémentaires ouvrent normalement dans le respect « autant que possible » des mesures barrières, ainsi que les collèges et les crèches^[319]. Un protocole sanitaire est défini, et régulièrement mis à jour en 2020 et 2021^[325],[326].

Dans l'enseignement supérieur, les cours reprennent en septembre 2020. Mais dès octobre^[327], et tout au long de l’année 2020-21, l’accès à ces établissements oscille entre la limitation aux travaux pratiques, et aux bibliothèques et administration, sur rendez-vous^[303] et la limitation à 20 ou 50 % de leur capacité.

Le nombre de classes fermées, sur un total de 528 400, est de 123 au 4 décembre^[328], 430 au 5 mars^[329] puis 11 272 au 2 avril^[330]. Puis, du 5 avril au 25 avril les classes sont fermées dans toute la France (soit deux semaines en plus des vacances) ; cette fermeture dure jusqu’au 2 mai dans les collèges et lycées^[307].

L'étude ComCor menée à l'Institut Pasteur et publiée en décembre 2020^[331] montre qu'avoir un collégien ou un lycéen chez soi accroît de 30 % le risque d'être infecté. Cette étude a été menée avant l'arrivée du variant anglais. Selon l'épidémiologiste Arnaud Fontanet, membre du conseil scientifique, les chiffres déjà alarmants et significatifs sont probablement plus grave avec l'explosion des occurrences de ce variant, plus contagieux, plus létal et touchant davantage les enfants^[332].

Les premières interdictions de rassemblement sont décidées au niveau local^{[333],[334],[335],[336],[337],[338]}.

Les rassemblements sont limités à cent personnes durant le premier confinement^[210], puis dix à sa sortie^[290].

Depuis le 16 octobre 2020, les rassemblements, réunions ou activités sur la voie publique ou dans un lieu ouvert au public autres que les manifestations mettant en présence de manière simultanée plus de six personnes sont interdits^[302]. Le ministre de l'Intérieur Gérald Darmanin rappelle le 23 mars 2021 que cette règle s'applique encore, sauf pour les manifestations déclarées, les sorties des familles nombreuses ou encore le sport en extérieur^[339].

Depuis le 2 juin 2021, l'accès des personnes à certains lieux, établissements ou événements impliquant de grands rassemblements de personnes pour des activités de loisirs ou des foires ou salons professionnels peut être subordonné à la présentation soit du résultat d'un examen de dépistage négatif, soit d'un justificatif d’un schéma vaccinal complet, soit d'un certificat de rétablissement de la Covid-19^[274],[310].

Cette obligation est étendue à tous les lieux de loisirs et de culture rassemblant plus de cinquante personnes à compter du 21 juillet^[340]. Le décret a été créé à la suite de l'annonce de ces restrictions lors de l'allocution télévisée du 12 juillet 2021 d'Emmanuel Macron^[341]. Celui-ci annonce que le passe deviendra obligatoire à partir de début août, dans les cafés, restaurants, centres commerciaux, hôpitaux, maisons de retraite, établissements médico-sociaux, ainsi que pour les voyages en avion, train et car sur les trajets de longue distance. Le président indique que d’autres lieux pourront s’ajouter à cette liste par la suite si nécessaire selon la situation épidémique et que le test de dépistage du Covid-19 sera payant dès l’automne pour les personnes non vaccinées, sauf en cas de prescription médicale^[341],[342].

Début 2022, le passe sanitaire se mue en passe vaccinal, afin d'inciter les récalcitrants à se faire vacciner^[343].

La 5^e vague, montre que si la vaccination reste indispensable pour se protéger des formes graves, elle ne permet pas de contenir les contaminations par le variant Omicron, devenu dominant^[344].

Wallis-et-Futuna, qui ne signale toujours aucun cas le 18 mars 2020, décide de n'assurer qu'une seule rotation aérienne tous les dix jours avec Nouméa, à partir du 25 mars. Pour les avions en provenance de Nouvelle-Calédonie, la priorité est donnée au fret^[345]. Wallis-et-Futuna devient le dernier territoire français épargné par la pandémie, même si les mesures d'isolement causent des problèmes logistiques, notamment pour l'approvisionnement en médicament et les évacuations sanitaires des patients^[346]. Les grandes fêtes paroissiales annuelles sont annulées pour 2020^[347] mais la rentrée scolaire a lieu le lundi 20 avril, après des vacances de printemps rallongées d'une semaine^[348].

• Le 21 mars 2020, un arrêté préfectoral interdit les vols entre la métropole et la Martinique et soumet à dérogation les déplacements ayant un motif légitime et sérieux^[349].
• À partir du 20 avril 2020, toute personne arrivant en Martinique est placée dans un des trois centres de confinement pour quinze jours^[350].
• À partir du 11 mai 2020, toute personne entrant en Martinique est placée en quarantaine pour quatorze jours soit à domicile, soit dans un lieu d'hébergement collectif. La personne placée en quarantaine est dans l'obligation à son arrivée d'effectuer un test de dépistage virologique^[351].

Le 17 mars 2020, les frontières extérieures de la zone de l’Union européenne et de l’Espace Schengen sont fermées. Entre les États européens, sans qu’il y ait de fermeture, les passages sont réservés aux déplacements essentiels^[352].

Les frontières intérieures européennes sont ouvertes à partir du 15 juin 2020^[353]. Le 30 juin 2020, L'UE rouvre ses frontières à quinze pays dont la Chine, le Canada, le Japon, le Maroc. Sont exclus, par exemple, les États-Unis, le Brésil, la Russie, l’Inde, la Turquie et Israël^[354].

À partir du 1^er août 2020, les voyageurs en provenance des seize pays à forte circulation du coronavirus doivent présenter le résultat d’un examen, ou se faire tester à l’aéroport^[355]. En novembre, ce sont des tests antigéniques « rapides » qui sont employés^[356].

La France interdit les déplacements vers et depuis les pays étrangers non européens entre le 31 janvier^[357] et le 7 juin 2021^[358].

Le Conseil d'État est saisi de plusieurs référés contestant la politique gouvernementale^[359]. En particulier, le 22 mars 2020, il se prononce contre la demande de confinement total, mais estime trop large la dérogation pour les « déplacements brefs »^[360]. Le gouvernement encadrera mieux cette dérogation dès le lendemain. Le 18 mai 2020, il ordonne au gouvernement de lever l'interdiction générale et absolue de réunion dans les lieux de culte et d'édicter à sa place des mesures strictement proportionnées aux risques sanitaires et appropriées^[361]. Le même jour, il ordonne à l'État de cesser immédiatement la surveillance par drone^[362]. Enfin, le 13 juin 2020, le juge des référés du Conseil d'État suspend l'interdiction générale et absolue de manifester sur la voie publique^[363].

Tout rassemblement dans des établissements de culte est interdit à l'exception des cérémonies funéraires dans la limite de 20 personnes, entre le 16 mars 2020 et le 1^er juin 2020^{[287],[210],[65]}, puis entre le 3 novembre 2020 et le 3 décembre 2020 (dans cette période la limite est portée à 30 personnes)^[303].

Il est interdit à tout navire de faire escale ou de mouiller dans les eaux intérieures et les eaux territoriales, à compter du 14 mars^{[285],[287],[210],[65]}.

La thanatopraxie est interdite à partir du 2 avril. Les défunts atteints ou probablement atteints de la Covid-19 au moment de leur décès font l'objet d'une mise en bière immédiate^[210].

Le 1^er décembre, alors que les stations de ski sont autorisées à rouvrir mais que les remontées mécaniques sont inactives, Emmanuel Macron souhaite mettre en place des « mesures restrictives et dissuasives » pour décourager les Français d'aller skier à l'étranger, notamment en Suisse^{[364],[365],[366]}.

Lecture : Le 21 septembre, 67,7 % des employeurs (privé hors agriculture, particuliers employeurs et activités extraterritoriales) déclarent que la plupart des salariés (80 % ou plus) travaille sur site ou chantier. La rubrique « arrêt maladie » comprend des gardes d'enfant liées aux fermetures des écoles.

Entre mars et septembre 2020, un peu plus de 6,6 milliards d’heures d’activité partielle ont été autorisées. Au mois d’avril, au plus fort de la crise sanitaire, 790 millions d’heures d’activité partielle ont été consommées. Ces heures concernaient 8,1 millions de salariés^[368].

Le dispositif a prêté à des dérives dans certaines entreprises : quelque 25 % des salariés en activité partielle ont dû continuer de travailler pour leur employeur, en toute illégalité^[369].

La crise sanitaire a bouleversé l'organisation des entreprises. Les éditeurs spécialisés en collaboratif et webconférence ont multiplié les annonces de gratuité. Ces offres, a priori alléchantes, sont très souvent limitées dans le temps. Ces initiatives ne sont pas totalement dénuées d'intention commerciale^[370].

Le bouleversement organisationnel n'épargne pas les services publics qui doivent s'adapter. Pour cela, la direction interministérielle du numérique (DINUM) propose les deux outils OSMOSE (animation de communautés et création d'espaces numériques de travail) et Plano (gestion de projet et création d'espaces de travail). Ces outils, particulièrement utiles dans cette période de crise, sont réservés aux agents de l'État, qui peuvent inviter des agents, des partenaires, des prestataires, des experts. OSMOSE est développé par l'éditeur Jalios, et Plano est basé sur la solution Wimi de Cloud solutions, avec un hébergement des données en France^[371].

La France dispose d'un plan de réaction à la pandémie de coronavirus, qui repose sur le plan Orsan et plus précisément le volet Orsan REB, consacré aux risques épidémiques et biologiques^[372]. Ce plan comporte quatre stades^[373] :

• le stade 1 est celui où « le virus n'est pas en circulation générale dans la population » ; il doit permettre de freiner l'introduction du virus en France ; il est déclenché le 23 février 2020 ;
• le stade 2 a pour objectif de freiner la propagation du virus sur le territoire ; il est déclenché le 29 février^[374] ;
• le stade 3 correspond à une circulation active du virus sur le territoire, et cherche à atténuer les effets de la pandémie^[375] ; il est déclenché le 14 mars^[45] ;
• le stade 4 constate le retour à une situation normale^[376].

Pour 2020, la Caisse d'assurance maladie a recensé près de 200 000 patients en séjour à l’hôpital pour Covid-19, « dont 42 000 ont fait un passage en soins critiques »^[377].

L'information officielle des professionnels de santé est assurée par le canal de la liste de diffusion DGS-urgent, alimentée par la direction générale de la Santé^[378]. La liste diffuse en particulier des lignes directrices pour la prise en charge des patients Covid-19. Elle est régulièrement mise à jour^[379].

Le 16 mars 2020, la DGS actualise ses recommandations et publie le guide méthodologique de préparation à la phase épidémique de Covid-19 à destination de tous les acteurs impliqués dans la gestion de la crise^[380].

Néanmoins, des professionnels de santé se plaignent d’une information ressentie comme insuffisante, de l'absence de stratégie de dépistage et du manque de matériels^{[381],[382],[383]}.

Autres mesures :

• simplification des modalités d'arrêt maladie et de télémédecine^[384] ;
• la dispensation par les pharmacies d'officine de spécialités composées exclusivement de paracétamol est, en l'absence d'ordonnance, limitée à deux boîtes pour les patients déclarant présenter des symptômes de type fièvre ou douleurs et une boîte dans les autres cas^[287],[385] ;
• la dispensation par les pharmacies d'officine de spécialités contenant de la nicotine et utilisées dans le traitement de la dépendance tabagique est limitée au nombre de boîtes nécessaire pour un traitement d'une durée de 1 mois^[385].

Les capacités d'accueil en services de réanimation sont de 5 000, extensibles à 10 000 via des réaménagements et des mesures d'annulation d'interventions jugées non indispensables ou urgentes. Les mesures de confinement visent à diminuer le risque de saturation des hôpitaux, en étalant les vagues d'arrivées^[388]. Certains hôpitaux sont arrivés à saturation, dont ceux de Mulhouse et d'Ajaccio^[389]. Plusieurs praticiens réclament à mi-mars des mesures plus draconiennes, craignant de se retrouver rapidement dans la situation de l'Italie, et font valoir que le premier facteur restreignant les possibilités d'accueil serait la pénurie de personnel^[388].

Le personnel médical se prépare à devoir affronter des choix éthiques en termes de tri des malades, compte-tenu des capacités limitées et de l'afflux de malades graves. Il faut rappeler que l'orientation vers une réanimation de patients a priori très fragilisés est un choix éthique souvent difficile en toutes circonstances. Le 24 mars, l'Agence régionale de Santé d'Île-de-France propose aux médecins « un document visant à apporter un soutien conceptuel à la décision d'admission des patients en unités de réanimation ou de soins critiques », en fonction de différents critères devant être clairement communiqués à l'entourage du malade. Elle encourage les structures hospitalières à ouvrir des unités de soins palliatifs en même temps que des lits de soins critiques, en affirmant que « le droit à une analgésie proportionnée, à une sédation proportionnée ou profonde et continue maintenue jusqu'au décès doit être garantie^[390] ». D'autres initiatives de soutien sont mentionnées par les médias, qui précisent que ces choix sont déjà nécessaires en Alsace^[391].

En avril-mai, les soignants sont applaudis quotidiennement aux fenêtres^[392]. Le Ségur de la santé a lieu entre mai et juillet 2020 pour revaloriser les salaires des soignants.

Le 26 juin 2020, Olivier Véran annonce dans le journal Le Monde que la France prend ses dispositions pour dès l'automne « armer » 12 000 lits de réanimation et être en mesure d'admettre 30 000 patients en réanimation si nécessaire^[393] (en 2019, la France entière comptait 5 274 lits de réanimation^[394] dont 2 695 en CHR^[395]).

À l'automne 2020, les promesses ne sont pas tenues^[396]. Aussi des associations de personnels hospitaliers protestent, comme le collectif Inter-Blocs qui porte plainte contre l'État pour sa gestion de la crise, déplorant les conditions de travail et le manque de matériel^[397]. Au 19 novembre 2020, 230 recours ont été déposés devant les tribunaux administratifs de toute la France. Un certain nombre de soignants démissionnent^[398]. Le journal en ligne Basta ! relève en octobre 2020 que malgré la pandémie le gouvernement continue de procéder à la suppression de centaines de lits d’hôpitaux en France^[399].

Au deuxième et au troisième confinement, les dotations matérielles sont toujours défaillantes (masques, tests, vaccins…), le personnel insuffisant, les suppressions de lits se poursuivent^[400].

Les établissements d'hébergement pour personnes âgées dépendantes constituent des foyers de contamination et de gravité de la Covid-19. Dès mars 2020, des représentants des EHPAD craignent qu'il y ait 100 000 morts dans leurs établissements^[401].

Le plan Bleu est déclenché le 10 mars 2020^[402] : les visites sont interdites^[403]. À partir du 20 avril, les visites sont à nouveau possibles, mais sans contact physique^[404].

Le décret n^o 2020-360 du 28 mars 2020^[405] autorise la prescription, hors AMM, d'une benzodiazépine, le clonazepam, jusqu'au 15 avril, pour des patients atteints ou susceptibles d'être atteints par le virus SARS-CoV-2. Ce décret a été soupçonné d'officialiser et de pérenniser l'état de manque de respirateurs, de lits de réanimation et de matériel, en autorisant par simple ordonnance d'un médecin l'injection intraveineuse de Rivotril pour prendre en charge les patients atteints par le coronavirus, de façon palliative, dans un état asphyxique^[406]. Il a été accusé par l'association Corsu di A Salute de promouvoir un « tri barbare et arbitraire de patients par des médecins à qui on aurait refusé en amont les moyens du diagnostic et du traitement », pour des patients ne pouvant être admis en réanimation, dans le cadre d'un moment où les possibilités de prescription pour d'autres médicaments, sont bloquées. Pour le D^r Éric Simoni, ce traitement ne rentre pas dans le cadre normal des soins palliatifs, qui visent à améliorer le confort de vie des patients atteints d'une maladie évolutive mettant en jeu le pronostic vital^[407].

Au 2 avril, le bilan cumulatif publié par l'Agence nationale de santé publique fait état d'au moins 884 morts recensés dans les EHPAD (le chiffre n'inclut pas le bilan des décès en milieu hospitalier)^[408],[409]. Le 6 avril, 2 417 décès ont été annoncés par le gouvernement ; en raison du grand nombre de déclarations de décès réalisées par voie papier, ce nombre serait sous-estimé^[406].

En mars 2020, 29 résidents de l'EHPAD privé « La Riviera », géré par le groupe Korian à Mougins, sont décédés de la Covid-19^[410]. Le 10 avril, une nouvelle « plainte contre X pour homicide involontaire, non-assistance à personne en danger et mise en danger d'autrui » a été déposée en raison de la mort de quatre résidents dans l'EHPAD de Mougins du groupe Korian^[411]. Dans cet établissement, depuis le début de la pandémie jusqu'au 20 avril, le virus tue 37^[412] des 109 résidents^[411]. Et, au total, 356 morts liées au coronavirus ont été enregistrées dans les quelque 300 établissements du groupe Korian accueillant 23 000 retraités en France^[411].

La question des matériels de protection fournis aux aides à domiciles, susceptibles d'être contaminés et de contaminer à leur tour est cruciale, alors qu'il s'agit d'une population fortement exposée ; elle est traitée avec beaucoup de retard. Jusqu'au 16 mars, elles ou ils sont exclus des personnes prioritaires dans la gestion de la pénurie de masques^[413], faisant dire à un employeur qu'on les traite comme « de la chair à canon »^[414]. Après le décret du 16 mars 2020, la distribution à venir d'un contingent de 19 masques pour 15 jours par salarié dont les interventions sont jugées indispensables est annoncée dans les médias. Toutefois le plan de gestion de crise de l'ARS d'Île-de-France prévoit une distribution uniquement pour les interventions auprès de personnes vulnérables présentant des symptômes (cas suspects ou confirmés)^[415].

La pénurie d’équipements de protection individuelle de janvier à avril-mai 2020 touche en premier lieu les professions de santé.

Le 2 mars, des médecins et infirmières libérales de Vannes mobilisés pour faire face au début d'un foyer épidémique et pratiquant des visites à domicile s'offusquent de leur difficulté à trouver des masques FFP2, et critiquent le fait de ne pas être associés aux recherches des cas contacts malgré leur connaissance du terrain^[416].

La pandémie provoque une hausse importante de la demande en masques qui est multipliée par soixante. Une grande partie des masques étant fabriquée en Chine, les fabricants français augmentent fortement leur production pour faire face à la pénurie. Début mars, l'État envisage de prélever quinze millions de masques dans ses stocks stratégiques pour répondre aux besoins^[417]. Cependant, certains acteurs industriels ont dénoncé publiquement le retard du gouvernement dont les commandes auraient été trop tardives, tout en évoquant les difficultés à augmenter rapidement les capacités de production^[418].

La pénurie de matériels de protection qui affecte notamment les soignants en ville, voire ponctuellement le personnel hospitalier très exposé, suscite une vive polémique sur la gestion des masques. Le gouvernement communique début mars sur des vols de masques dans les hôpitaux et annonce la « mise à l'abri des stocks renforcée et des consignes repassées dans tous les sites » des hôpitaux de Paris, ajoutant que « des plaintes seront déposées systématiquement^[419] ». À cette date, on recense le vol d'environ 10 000 masques, soit une infime proportion (moins de 0,01 %) du stock. La consommation hebdomadaire française est alors de 24 millions de masques.^{[réf. nécessaire]}

Le 18 mars, un million de masques médicaux et du matériel médical destinés à la France sont acheminés par avion en Belgique. Il s'agit de dons de deux organisations caritatives chinoises. Le plus important site chinois de commerce en ligne au niveau mondial, Alibaba.com, a pour sa part annoncé l'atterrissage à Liège d'un avion-cargo transportant des masques pour plusieurs pays européens dont la France^[420].

Médecins, infirmiers, aide-soignants, personnels hospitaliers, les soignants sont en première ligne dans cette épidémie. Le 21 mars, un premier médecin, Jean-Jacques Razafindranazy, décède de la maladie^[421], victime du premier foyer épidémique dans l'Oise^[422]. Au 21 avril 2020, dix-sept médecins sont décédés de la maladie^[423].Ce sont pour la plupart des médecins de ville ayant travaillé sans protection au début de l'épidémie^[424],[425]. Le 5 juin, la Caisse autonome de retraite des médecins de France (CARMF) déplore, dans un communiqué de presse, le décès directement lié à la Covid-19 de 46 médecins libéraux^[426].

Au début de la crise sanitaire de la Covid-19 en France, les responsables des programmes de transplantation d'organes ont fait part de leurs préoccupations concernant la poursuite de l'activité de greffe d'organes durant l'épidémie. Notamment pour protéger les personnes considérées comme vulnérables à cause des risques accrus d'infections au moment et à la suite d'une greffe. Les recommandations ont été de ne maintenir que les transplantations vitales et urgentes, notamment les greffes de cœur et de foie^[427]. Cependant, on observe une chute de plus de 90 % du nombre de prélèvements et de transplantations d'organes au cours de l'épidémie en France en mars et avril 2020^[428]. Ces transplantations non réalisées constituent une perte de potentiels greffons issus de donneurs décédés. Ces greffons ne sont pas récupérables après la crise sanitaire.

Entre le 18 mars et le 10 avril, 644 patients sont transférés d'un hôpital à un autre par train, avion, hélicoptère, jet privé ou ambulance, afin de désengorger les établissements submergés. Les évacuations concernent principalement les malades des régions Grand Est^{[429][réf. à confirmer]} et Île-de-France. 183 seront même transférés hors de France, en Allemagne ou en Suisse, grâce aux solidarités transfrontalières. Le 22 mars, un transfert de 22 patients de Corse vers la région Provence-Alpes-Côte d'Azur se fait en bateau militaire^[430].

Lancée le 25 mars, l'opération Résilience constitue la contribution des armées à l'engagement interministériel contre la propagation de la Covid-19. Elle est centrée sur l'aide et le soutien aux populations ainsi que sur l'appui aux services publics pour faire face à cette épidémie, en métropole et outre-mer, dans les domaines de la santé, de la logistique et de la protection^[431]. Les moyens des armées peuvent être utilisés pour transporter tout patient entre le 18 mars et le 15 avril^[287],[385].

Le Service de santé des armées déploie un « élément mobile de réanimation » à proximité de l'hôpital civil de Mulhouse entre le 21 mars 2020 et le 12 mai^[432],[433].

En matière de recherche fondamentale, l’agence nationale de la recherche soutient financièrement des actions de recherche dès le mois de février 2020 dans le cadre de deux appels à projets : « Flash Covid-19 » et « Recherche-Action Covid-19 ». Le budget total a été de 25 millions d’euros^[434].

Entre mars et juillet 2020, le Comité analyse recherche et expertise, présidé par Françoise Barré-Sinoussi, est chargé d'éclairer les pouvoirs publics sur les suites à donner aux propositions d'approche innovantes scientifiques, technologiques et thérapeutiques^[435],[436].

À la suite d'études observationnelles pourtant contradictoires^[437] et controversées^[438] sur les effets de l'hydroxychloroquine menées en Chine puis à l'IHU de Marseille et médiatisées par Didier Raoult, plusieurs médecins dont Philippe Douste-Blazy demandent l'assouplissement des possibilités de prescription en milieu hospitalier^[439],[440]. L'essai clinique Discovery, lancé par l'Inserm, est critiqué notamment par Didier Raoult, qui lui reproche de ne pas suivre son protocole^[441]. Les auteurs d'une étude de l'hôpital de Garches tendant à prouver l'intérêt du protocole de Marseille, ont retiré leur pré-print et souhaitent corriger leur manuscrit après revue par les pairs^[442].

Entre le 26 mars et le 26 mai, par dérogation, l'hydroxychloroquine et l'association lopinavir/ritonavir peuvent être prescrits, dispensés et administrés sous la responsabilité d'un médecin aux patients atteints par la Covid-19, dans les établissements de santé qui les prennent en charge, ainsi que, pour la poursuite de leur traitement si leur état le permet et sur autorisation du prescripteur initial, à domicile^[210],[443].

Le 22 mai, The Lancet publie une étude rétrospective de 96 032 dossiers de patients hospitalisés sur six continents, dirigée par Mandeep R. Mehra (en). Elle trouve une corrélation entre les traitements utilisant de la chloroquine ou de l'hydroxychloroquine, et une augmentation de la mortalité hospitalière ainsi que de l'arythmie cardiaque^{[442],[444],[445]}. Dans la foulée de cet article, l'Organisation mondiale de la santé et le Haut Conseil de la santé publique prennent position contre l'utilisation de la molécule^[446].

Les polémiques se poursuivent à propos des biais présentés par cette étude^{[447],[448],[449]}. Pendant ce temps, l'IHU Méditerranée publie le 27 mai un abstract sur une cohorte de plus de 3 500 patients, suivie à Marseille^[450],[451].

Le 2 juin 2020, The Lancet émet une « mise en garde » (expression of concern) sur l'intégrité des données^[452], et indique que, « bien qu’un audit indépendant sur la provenance et la validité des données ait été commandé par les auteurs non affiliés à Surgisphere et soit en cours », cette « mise en garde » correspond aux « très nombreuses critiques » suscitées par l'étude^[453]. Le 3 juin, l'OMS annonce qu'elle revient sur son retrait à sa participation aux essais sur l'hydroxychloroquine^[454]. Le 4 juin, 3 des 4 auteurs rétractent leur publication, car ils n'ont pas réussi à effectuer un audit indépendant des données^[455].

En juillet-août 2020, il se dessine un consensus international grandissant selon lequel l'hydroxychloroquine n'est pas le médicament indiqué contre la Covid-19^[456],[457]. Ceci est en accord avec les résultats des études précliniques de cette période qui, selon la coopération internationale de scientifiques de plus de 80 pays, démontrent qu'un effet clinique de l'hydroxychloroquine contre le Covid-19 est improbable^[458].

L'Institut Pasteur a évalué le 20 avril 2020 qu'une moyenne d'environ 5,7 % des Français (fourchette : 3,5 % à 10 % soit 2,3 à 6,7 millions de personnes, moyenne 3,7 millions) auront été infectés au 11 mai (début du déconfinement)^[459],[460], précisant que « pour que l'immunité collective soit suffisante pour éviter une deuxième vague, il faudrait 70 % de personnes immunisées. On est très en dessous »^[461].

L'Institut Pasteur a ensuite corrigé, dans un article paru le 13 mai 2020 dans Science, le résultat préliminaire du 20 avril 2020, estimant la population infectée entre 1,8 et 4,7 millions d'individus (moyenne 2,8 millions, 4,4 % avec une fourchette de 2,8 à 7,2 %) au 11 mai, début du déconfinement^[462].

Le paramètre qui permet d'indiquer le degré de contagion du coronavirus est le ${\displaystyle R_{0}}$ (R zéro) — c'est-à-dire du taux de reproduction de la maladie. Le confinement a fait baisser le ${\displaystyle R_{0}}$, qui était à 3,3^[463] (ce qui veut dire que 10 personnes en contaminent 33 autres) à 0,5^[464] au 20 avril 2020 (deux personnes en contaminent une autre), soit une réduction de 84 %^{[459],[460],[465]}.

Le Centre pour le contrôle et la prévention des maladies (CDC) d'Atlanta, considérant à partir d'une cohorte chinoise, un intervalle sériel (intervalle entre le début des symptômes chez le contaminant et le début des symptômes chez le contaminé), de sept à huit jours, en déduit un R0 à 5,7. Cet intervalle sériel serait en Europe, voisin de 6 jours pour l'Imperial College London, d'autres études l'estiment à 4,5 jours.^{[réf. nécessaire][466],[467]}.

Sur l'immunité collective, des travaux de mai 2020^{[468],[469],[470]}, en introduisant la notion d'immunité croisée, acquise antérieurement, nuancent l'hypothèse des 70 % de la population nécessaires et suggèrent que l'immunité collective serait acquise dès que 10 à 20 % de la population aurait été touchée par le virus. Le D^r Daniel Lévy-Bruhl, épidémiologiste à Santé publique France, rappelle cependant que ceci n'est qu'une hypothèse qui doit être confortée^[471].

La France étant l'un des nœuds de transports internationaux et un pays touristique, il est important d'y détecter, traiter, isoler les cas dès que possible, pour contrôler la pandémie.

Ceci implique des tests disponibles et une sensibilisation du public afin qu'il consulte ou se fasse dépister, au moins en présence de symptômes évoquant la COVID-19^[472].

Les données sur les cas réels ont d'abord été lacunaires, tous les pays n'ont pas la même approche^{[réf. nécessaire]} en matière de dépistage, pour des raisons de budgets alloués ou de moyens humains et techniques disponibles. S'y ajoute la qualité du système de veille sanitaire et de remontée de l'information. Le dépistage peut être clinique (Grèce, Portugal, France pour la grippe saisonnière) ou biologique. Ce dépistage virologique peut être presque systématique (comme en Corée du Sud), être ciblé uniquement sur des porteurs du virus présentant des symptômes, ou ne viser que les cas les plus graves (par exemple à un certain moment en France). La stratégie de tests en France a beaucoup varié depuis le début de l'épidémie, visant d'abord les foyers épidémiques, puis les cas sérieux ou graves, puis les EHPAD puis en fin d'année la population générale. Ceci rend difficile toute interprétation de la courbe du taux de prévalence.

Il existe un décalage croissant entre cas confirmés biologiquement et cas réels. Selon de nombreux chercheurs, le nombre de cas réels serait bien supérieur aux cas déclarés^[473], ainsi, début avril, une étude anglaise estimait le nombre de Français infectés entre 730 000 et 4,9 millions^[474], l'essai controversé du P^r Raoult faisait état de son côté de 38 617 patients venus spontanément se faire dépister à l'IHU sur lesquels 3 165 patients ont été testés positifs (soit 8 % de prévalence chez une population qui se pensait potentiellement atteinte)^[475]. Si ces chiffres de prévalence étaient avérés (ce qui ne pourra être vérifié qu'à la fin de l'épidémie) le taux de létalité (taux de décès parmi les personnes touchées) de la maladie serait alors situé entre 0,5 % et 0,6 %, le taux de cas graves hospitalisés entre 1 et 3 %, et le taux de guérison spontanée (c'est-à-dire sans aucun traitement autre que symptomatique) entre 96 et 98 %. Les données sur la létalité, l'incidence, la prévalence et le taux de mortalité peuvent être, selon les pays, peu fiables, rendant ainsi les comparaisons non significatives^[476].

Santé publique France lance en mai 2020 en collaboration avec le Centre national de référence et des laboratoires réalisant des tests sérologiques, une étude de séroprévalence par sondages successifs en région^[477].

Une étude de séroprévalence menée début mai dans le Morbihan à l'initiative du Conseil Général et coordonnée par le professeur Antoine Flahault, épidémiologiste, directeur de l'Institut de Santé Globale de Genève, indique au 1^er mai un taux de séropositivité de 9,7 %^[478],[479] dans la population de ce département, amenant à nuancer les prévisions des modèles.

Une étude épidémiologique faite entre le 30 mars et le 4 avril 2020 au sein d'un épicentre de l'épidémie dans l'Oise et publiée le 23 avril, a montré que seulement 26 % des sujets ont développé des anticorps alors que 41 % ont été infectés^[480],[481]. Cette étude permet de se rendre compte de la faible proportion de cas confirmés (130 185 au 1^er mai) par rapport au nombre estimé de personnes infectées depuis le début de l'épidémie (20 à 40 fois plus). Cela explique la différence entre le taux de mortalité (nombre de morts rapportés à la population totale), le taux apparent de létalité, soit 18,9 % des cas confirmés au 7 mai 2020, et le taux de létalité réel (nombre de morts rapportés au nombre de personnes réellement infectées) qui semble rester stable autour de 0,8 % (0,5 % si l'on ne comptabilise pas les décès en EHPAD)^[463] depuis le 17 mars, cette valeur étant confirmée par l'étude de l'Institut Pasteur^[459]. Le faible nombre de cas confirmés est dû à la stratégie française du stade 3 qui n'a plus testé que les cas graves, sous-estimant donc le nombre total de cas, avant de mettre en place un dépistage plus massif à partir du déconfinement du 11 mai 2020, afin de surveiller une résurgence.

Le 21 décembre 2020, dans Nature, une autre étude^[472] a estimé que dans les 7 premières semaines suivant le confinement du 11 mai au 28 juin 2020, 86 % des infections symptomatiques n'auraient pas été « vérifiées » par le système de surveillance français, soit environ 90 000 infections symptomatiques (environ neuf cas sur dix) ; le taux de détection médian était initialement de 7 % [6-8]%, et il est peu à peu passé à 38 % [35-44]% mais avec d'importantes différences selon les régions, et bien que le système de détection se renforçait, et alors que l'activité épidémique diminuait (fin de la première vague)^[472]. Ceci a été confirmé par les études sérologiques^[482],[483].
De plus, seul 1/3 (31 % exactement) des personnes présentant des symptômes évoquant une Covid-19 ont consulté un médecin lors des sept semaines de la période d'étude (malgré les recommandations)^[472]. En dépit d'un programme de dépistage centralisé et coordonné, les capacités réelles de détection sont donc restées insuffisantes, même aux faibles niveaux de circulation virale qui ont suivi le premier confinement, et elles étaient amenées à se réduire avec l'augmentation de l'activité épidémique^[472]. Pullano et ses collègues n'ont pas inclus les cas d'infection asymptomatiques dans leur calcul du taux de vérification. En les incluant, il se pourrait que seul un cas de COVID-19 sur 12 ait été en France signalé au système de surveillance épidémiologique durant ces sept semaines^[484]. Les auteurs estiment qu'il est important de connaître le profil d'infection d'une région, pour adapter la lutte épidémiologique, et en particulier pour programmer les vaccinations anti-clusters, qui doivent tenir compte des délais de production et de distribution des vaccins, mais aussi du temps nécessaire après la vaccination pour voir la réponse immunitaire protectrice se développer^[484].

D'autres sous-estimations du nombre de cas avaient déjà aussi été démontrées dans divers pays. Elles sont considérées par les épidémiologistes comme ayant facilité la diffusion du virus^[485],[486]. Fin 2020, Selon Pullano et Di Domenico qui s'appuient sur le cas français, une stratégie de testage plus intense est nécessaire pour lever les mesures restrictives en Europe et éviter une troisième vague^[472].

Il faut attendre la fin de l’année 2020 pour observer une montée en puissance de la stratégie de dépistage covid en France.

Après un démarrage plus lent que ses voisins, et quelques problèmes pour les délais de délivrance des résultats en septembre et octobre 2020 (pouvant aller dans des cas extrêmes jusqu’à 10 jours d’attente), la France adopte un rythme régulier d’environ 2 millions de tests par semaine vers la fin du mois d’octobre 2020, et les délais de délivrance des résultats diminuent petit à petit jusqu’à atteindre environ 24 heures aux abords du mois de janvier 2021, sous peine d’une décote de remboursement pour les laboratoires tardant à émettre les résultats^[487]. En parallèle, à partir du 25 juillet 2020, la France ouvre à tous publics le dépistage du Covid-19 sur la base du volontariat. Ainsi, même les sujets ne présentant aucun symptôme de la maladie peuvent se faire tester gratuitement sur présentation d’une carte Vitale^[488]. La France est un des rares pays en Europe à proposer un dépistage gratuit par tests PCR pour toute personne, même ne présentant aucun symptôme. Seuls le Danemark, le Monténégro, Malte, la Norvège et le Land de Bavière en Allemagne mettaient en place la gratuité des tests en Europe, quand d'autres pays européens facturaient le test entre moins de 50 € et 250 €^[489].

Avec cette politique de tests, la France passe rapidement en tête des pays qui testent le plus dans l'Union Européenne dans l'absolu, le Danemark restant le pays qui a effectué le plus de tests proportionnellement à sa population. La France passe le cap d'un test par habitant (67 millions de tests) la semaine du 5 avril 2021^[490].

Le rythme de tests en France va encore s'intensifier pendant l'été 2021 avec l’instauration officielle du passe sanitaire, qui a provoqué un pic à 6 millions de tests en une semaine durant le mois d’août 2021^[490], un pic facilité par l'utilisation de tests antigéniques, déjà mis en service plusieurs mois auparavant.

Au 15 octobre 2021, la France a effectué plus de 151 millions de tests, dont 148 millions remboursés. À partir de cette date, afin d'inciter à la vaccination contre le Covid-19 et dans l'objectif de combler les dépenses engendrées par le remboursement systématique des tests par la Sécurité Sociale, le gouvernement met fin à la gratuité des tests dits « de confort », c'est-à-dire des tests pour les adultes non vaccinés, ne présentant aucun symptôme du covid et n'étant pas cas contact, dans l’optique d'obtenir un passe sanitaire valide, à défaut d'un schéma vaccinal complet. La France facture les tests à 44 € pour les tests PCR, et 22 € pour les tests antigéniques en pharmacie, un prix toutefois inférieur à la plupart des autres pays européens. Cela ne concerne finalement qu’une faible frange de la population, car près de 76 % de la population est alors vaccinée^[491]. De plus, les non vaccinés présentant des symptômes ou étant cas contact bénéficient toujours de la gratuité du test.

La vague provoquée par le variant Omicron à l'hiver 2021-2022 va elle aussi accroître le rythme de tests effectués en France, jusqu'à atteindre 10 millions de tests en une semaine (du 3 au 10 janvier 2022). La France passe ainsi le cap des 250 millions de tests effectués au total, la semaine du 7 mars 2022^[490]. Les délais d’attente des résultats sont réduits à 15 minutes pour les tests nasopharyngés effectués dans certaines pharmacies.

Les dernières données datant du 23 juin 2022 font état de 278,23 millions de tests effectués en France (4,24 tests par personne), ce qui fait de la France le sixième pays à avoir effectué le plus de tests en valeur absolue après la Chine, les États-Unis, l'Inde, le Royaume-Uni et la Russie. Parmi les pays de plus de 11 millions d'habitants, cela classe la France à la troisième place des pays ayant le plus testé leur population, derrière le Royaume-Uni, et ses 522 millions de tests (7,61 par personne) et la Chine et ses 9,21 milliards de tests (6,4 tests par personne) mais devant l’Italie et ses 241 millions de tests (4/pers.), les États-Unis et leur 1,097 milliard de tests (3,27/pers.), la Belgique (3,01/pers.), l’Australie (2,98/pers.) et le Chili (2,23/pers.). Le Danemark, l'Autriche et les Émirats arabes unis restent cependant les pays qui ont le plus testé leur population, avec respectivement 128, 195 et 182 millions de tests, soit 21,96/personne pour le Danemark, 21,4/personne pour l'Autriche et 18/personne pour les Émirats arabes unis. Les pays riches avec une population moins grande sont plus avantagés lorsqu'il s'agit de tester l'intégralité de leur population^[492],[490].

In fine, la stratégie de dépistage française a pu figurer parmi les plus efficaces au monde, parmi les pays de taille comparable.

Avec plus de 22 000 décès en France le 30 avril 2020, sans compter les décès à domicile estimés selon les médecins de ville à environ 10 000, la pandémie de Covid-19 « se place déjà parmi les catastrophes sanitaires les plus meurtrières depuis 50 ans », d'après un article du journal Le Point datant du 21 avril 2020^[493].

Au 7 avril, la France fait état de plus de 10 000 décès. Le cap des 20 000 décès est franchi 13 jours plus tard, alors que plus de 30 000 décès sont officiellement recensés le 10 juillet.

Au 30 avril 2020, le taux de mortalité moyen (total des décès rapporté à l’ensemble de la population) serait ainsi d'environ 450 par million d’habitants^[494] ; Grand-Est, Hauts-de-France, Île-de-France, ont été notamment frappés.

Par souci de transparence lors de la pandémie de Covid-19 en France, l'Insee met à disposition le nombre de décès par jour et par département^[495],[496].

Anecdote : concernant le département des Bouches-du-Rhône^[497],[498], une attaque informatique de la commune de Marseille qui compte la moitié des décès du département a conduit à estimer les données provisoires entre mi-mars et fin-mars, les données réelles ayant eu un retard.

Le nombre des décès toutes causes confondues est comparé, ci-après, avec celui de 2019, pour la même période^[499],[500]. Le nombre de décès attribuables à la Covid-19 ne sera connu objectivement qu'après analyse des certificats de décès.

Selon l'Insee : « Le nombre de décès, qui était en moyenne de 1 800 par jour sur la première quinzaine de mars 2020, augmente nettement à 2 250 au cours de la deuxième quinzaine. Il atteint un pic le 1^er avril avec 2 800 décès et diminue depuis (2 560 décès par jour en moyenne entre le 1^er avril et le 15 avril, 1 890 du 16 avril au 30 avril) ». Du 30 avril au 31 août 2020, le nombre de décès est proche de celui ayant eu lieu à la même période en 2019. Du 1^er septembre au 31 décembre 2020, le nombre de décès est en hausse de 17 % par rapport à la même période un an auparavant. Un pic a été atteint le 7 novembre 2020 avec 2 300 décès, soit un niveau inférieur à celui de la première vague. Ensuite, le nombre de décès diminue progressivement, mais plus lentement que lors de la première vague. Par rapport à 2019, le nombre de décès est en hausse de 9 % du 1^er janvier au 31 mai 2021, de 7 % du 1^er juin au 31 décembre 2021 et de 10 % en 2022. Il est en baisse de 0,9 % du 1^er janvier au 7 avril 2023^[501].

Selon l'Insee, parmi les décès survenus entre le 1^er mars et le 30 avril 2020, 63 600 ont eu lieu dans un hôpital ou une clinique (soit 49 % des décès), 31 900 ont eu lieu à domicile (25 %), 19 600 dans un établissement pour personnes âgées (15 %) et enfin 14 500 dans un autre lieu (11 %). Les décès survenus en établissement pour personnes âgées au cours de cette période augmentent très fortement entre 2019 et 2020, bien davantage que les décès survenus ailleurs : +54 % du 1^er mars au 30 avril 2020 par rapport aux mêmes dates en 2019, contre +32 % à domicile et +17 % en hôpital ou clinique^[501].

L'Insee publie sur son site un graphique montrant le nombre de décès quotidiens survenus chaque jour depuis le 1^er janvier 2010 jusqu’au 20 avril 2020 ainsi que quelques épisodes marquants comme la grippe de Hong Kong de 1969-1970 et la canicule d'août 2003^[502]. Du 1^er mars au 27 avril 2020, le surplus de décès par rapport à 2019 se chiffre provisoirement à 24 100 et à 23 600 par rapport à la moyenne des cinq dernières années^[503]. Les auteurs font remarquer que dans le cas de l'épisode de la pandémie de Covid-19, « on observe un nombre de morts dans un contexte de confinement. Dans [les autres cas de grippe], une mortalité due directement ou indirectement à des grippes saisonnières, dans un contexte de liberté de déplacement des personnes, dont une bonne part sont immunisées ou vaccinées »^[503]. Une mise à jour indique que du 1^er mars au 30 avril 2020, le surplus de décès par rapport à 2019 se chiffre provisoirement à 27 300^[501].

En 2020, l'espérance de vie en France a chuté de six mois pour les femmes et de sept mois pour les hommes selon l'Insee^[504]. En 2021, les femmes ont gagné 0,3 an d’espérance de vie par rapport à 2020 et les hommes 0,2 an. Bien qu’en hausse, l’espérance de vie n'a pas retrouvé son niveau d’avant la pandémie^[505].

Selon l'Insee, de mars 2020 à décembre 2021, les décès observés ont dépassé de 95 000 ceux attendus, en prenant en compte l’augmentation et le vieillissement de la population, ainsi que la tendance à la baisse des risques de décès à chaque âge^[506].

Selon une étude publiée par le journal Nature Medicine, reprise dans Libération^[507], la France pour la période mi-février - fin mai 2020 a compté un excédent de décès, par rapport à la moyenne des années précédentes, moins important que l'Angleterre, le pays de Galles, l'Écosse, la Belgique, l'Italie ou l'Espagne^[508],[509]— l'Allemagne n'est pas incluse dans cette étude car elle restreint l'accès à ce type de statistiques. Une autre étude de la revue britannique The Economist, ayant elle aussi analysé la surmortalité observée dans différents pays, confirme que la surmortalité observée en France a été moins intense que chez une partie de ses voisins. The Economist recensait du 2 mars au 12 juillet 2020 un excédent de mortalité de 27 500 décès (sous-mortalité non incluse) en France, soit un taux de mortalité pour 100 000 habitants de 40,6^[510]. Ce taux était de 53 aux Pays-Bas, 61 en Suède, 79 en Belgique, 94 en Italie, 100 en Grande-Bretagne et 107 en Espagne. Concernant le Portugal, s’il recensait une mortalité plus faible jusque mi-mai 2020 (25), d’autres pics de mortalité ont été observés par la suite. À la date du 12 juillet, le Portugal comptait 40 décès/100 000 hab., presque autant que la France. L’Allemagne, l’Autriche, la Suisse et l’Irlande ont, elles, observé un taux de surmortalité pour 100 000 habitants plus faible : 24 morts en Suisse, 23 en Irlande, 15 en Autriche, 11 en Allemagne.

La France est également un des rares pays dont le nombre de décès en excès a été moins important que le total officiel des morts attribués au Covid, ce dès la première vague^[511],[512]. La France recensait 44 décès covid pour 100 000 habitants contre 40 décès excessifs observés sur la période du 2 mars au 12 juillet, contre seulement 36 recensés aux Pays-Bas, 11 au Portugal à la mi-mai, 58 en Suède et en Italie, 61 au Royaume-Uni et 62 en Espagne. Plus tard pendant la pandémie, on comptait 65 000 morts du Covid-19 au 31 décembre 2020 en France, contre 55 000 décès supplémentaires^[512] observés en 2020 d’après les données de l'INSEE^[513]. Selon Gilles Pison (Muséum national d'histoire naturelle) et France Meslé (Institut national d'études démographiques), l'écart est plus important pour plusieurs raisons : le vieillissement de la population entraîne une hausse de la mortalité chaque année ; les mortalités pour d'autres causes ont baissé ; et en raison des comorbidités, une partie des personnes décédées du Covid-19 seraient mortes de toute façon^[512].

Les données de l'INSEE montrent un écart entre le nombre de décès officiels dus au Covid-19 et ceux observés en 2021. Entre le 1^er janvier et le 31 mai 2021, l’institut recensait 23 739 décès de plus qu'en 2019 sur la même période^[514], de même qu'entre le 1^er juin et le 31 décembre 2021, il en recensait 23 166 de plus qu'en 2019 sur la même période^[515]. Une fois ces nombres additionnés aux 55 500 décès supplémentaires de 2020, le total de la surmortalité observée ces deux années-là s'élevait à 102 405 décès, toutes causes confondues, contre près de 124 000 morts officiellement imputées au Covid-19 sur cette période. Les pays montrant une surmortalité inférieure à leur nombre officiel de victimes du Covid-19 sont largement minoritaires, mais on retrouve des pays comme la Belgique, la Grande-Bretagne (après une sous-estimation de la première vague), le Canada, le Costa Rica, le Danemark, la France, l’Irlande, le Pérou et la Suède. D’autres reconnaissent une mortalité covid quasiment équivalente, légèrement inférieure à la surmortalité observée, comme la Hongrie, Panama, la République dominicaine, la Slovénie et les territoires palestiniens.

La revue britannique The Economist reconnaissait une surmortalité sensiblement équivalente aux données avancées par l’INSEE de 101 320 décès supplémentaires entre le 9 mars 2020 et le 16 janvier 2022, contrairement aux 127 000 décès officiels^[510]. Cela plaçait la France dans la moyenne basse ouest-européenne des pays les plus touchés par la population, avec un taux de mortalité par habitant de 150 pour 100 000, derrière la plupart de ses voisins européens comme l'Italie, la Grèce, le Portugal, la Slovénie, l’Espagne, Saint-Marin, la Grande-Bretagne, la Belgique, les Pays-Bas, l'Autriche et la Suisse, mais devant les pays nordiques, l'Irlande, Malte, le Luxembourg et juste devant l’Allemagne.

À la date du 12 février 2023, cette même étude enregistre un excès de mortalité en France de 153 020 décès depuis le 9 mars 2020, contre 165 000 décès officiellement attribués au Covid-19, soit un taux de mortalité de 226 décès pour 100 000 habitants, un taux toujours inférieur à celui de ses voisins européens cités plus tôt, auxquels désormais s’ajoute l’Allemagne, d’autant plus si l’on ne prend pas en compte les épisodes de sous-mortalité, qui réduisent ce taux^[516] (voir le deuxième paragraphe suivant) et la Finlande, en raison d’une surmortalité courante dans le pays (entre + 10 et + 25 % de mortalité par semaine) depuis août 2021, phénomène observé également au Danemark et en Norvège dans des proportions quelque peu plus modérées.

Les pays d'Europe orientale (Chypre excepté si l'on ne tient pas compte de la sous-mortalité, voir paragraphe suivant), restent tous plus touchés que la France et demeurent parmi les pays les plus durement frappés par la pandémie en nombre de décès par habitant dans le monde avec le Pérou, le Mexique, le Kazakhstan, l'Afrique du Sud, Cuba, la Bolivie et l’Équateur^[510], tous ou presque (Kosovo exclu) comptent plus de 400 morts pour 100 000 habitants. L’Italie est le seul pays d’Europe occidentale à avoir franchi ce seuil. Les pays les plus sévèrement frappés par la pandémie seraient la Bulgarie, en première position (1 076 morts pour 100 000 habitants au 4 septembre 2022), suivie par la Serbie, la Russie, la Macédoine du Nord, la Lituanie et la Bosnie-Herzégovine, toutes avec plus de 800 décès chacune.

Les résultats de surmortalité de certains pays restent à nuancer sur leur capacité à déterminer le nombre précis de décès causés par le Covid-19. La surmortalité prenant en compte toutes les causes des décès observés, une proportion, limitée toutefois, de ce nombre ne correspondra pas à un décès causé directement par le virus. Également malgré l'épidémie, certains pays européens ont connu par moments des épisodes de forte sous-mortalité, pouvant descendre certaines semaines jusqu'à −20 % de mortalité par rapport aux prévisions, estimées sur la mortalité des années 2015 à 2019^[510]. Elles viennent compenser en partie le surplus de décès observable depuis le début de la pandémie. En Suisse par exemple, on observait un excès de 10 750 décès entre le 5 janvier 2020 et le 31 janvier 2021, mais ce nombre avait baissé à 9 510 au 25 avril 2021^[517], après un épisode de forte sous-mortalité ayant en partie contrebalancé le surplus de décès causé par la maladie. Dans la mesure où il est impossible que le nombre total de victimes du Covid-19 baisse par moments – ce nombre ne peut que soit augmenter soit stagner –, les données de surmortalité dans ces pays peuvent sous-évaluer dans une certaine mesure le nombre de décès réel impliqué par le Covid-19. Sont notamment concernés par ce phénomène l'Allemagne, la Belgique, la Grèce, la Norvège, le Portugal, le Royaume-Uni, la Slovénie et la Suisse, et dans une moindre mesure l'Autriche, les Pays-Bas et la Suède. Le Danemark et l'Islande ont été particulièrement marqués par ce phénomène, ils ont parmi les taux de surmortalité les plus bas d’Europe. Ce taux est même négatif pour l'Islande à la date du 2 janvier 2022 (−8 décès pour 100 000 habitants), tout comme celui de l'Australie, de la Nouvelle-Zélande et de Taïwan à la même date. De février à avril 2021, le Danemark a été si marqué par ce phénomène que cela a permis d’annuler complètement l’effet de la vague de surmortalité subie en décembre et janvier dans le pays ; cela aurait pu faire croire à partir de mai 2021 que le Danemark n’avait jamais connu de décès causé par le Covid-19, ce qui n’était pas le cas. À l'inverse, l'Espagne, la Finlande, la France, l'Irlande, l'Italie, la Pologne et les pays d'Europe orientale ont été moins marqués par ce phénomène, car ces pays n'ont pas connu de période de sous-mortalité ayant fait chuter aussi significativement l'écart entre le nombre de décès prévu sans l'épidémie et le nombre de décès réellement observé^[518].

Selon cette méthode de comptage, l’Allemagne compte en réalité plus de décès excessifs rapportés à la population que la France depuis la semaine du 15 novembre 2021, et non depuis octobre 2022. Cela est dû à une cinquième vague provoquée par le variant Delta à l’automne 2021, particulièrement violente en Europe de l’Est (Bulgarie, Lettonie, Roumanie, Russie et Ukraine y connurent leur pire vague de surmortalité) dont l’intensité a été en partie absorbée^{[réf. nécessaire]} en Europe centrale (Allemagne, Autriche, Pays-Bas et Suisse), ce qui avait permis d’épargner^{[réf. nécessaire]} les pays ouest-européens (Belgique, Espagne, France, Italie, Portugal et Royaume-Uni), pour lesquels cette vague fut retardée^{[réf. nécessaire]}, moins violente et rapidement engloutie par la vague du nouveau variant Omicron, bien plus contagieux mais moins mortel, ayant transité par le Royaume-Uni puis en France.

Toujours selon The Economist, la France n’a connu que deux vagues de surmortalité intense dues en grande partie au covid-19, au printemps 2020 (jusqu’à 62 % de surmortalité) et à l’automne 2020 (jusqu’à 36 %). À partir de fin novembre 2020, la surmortalité en France ne dépasse plus le seuil des 25 % à échelle nationale pendant deux ans. La remontée de celle-ci en décembre 2022 s’explique par l’apparition d’une triple épidémie de bronchiolite, de grippe et de covid-19. La surmortalité avait également crû dans de nombreux pays voisins.

Ainsi, si la gestion de la crise semble avoir été plus houleuse à ses débuts, la France apparaît sur le long terme moins touchée que la moyenne européenne.

Il est important tout d'abord de distinguer le taux de mortalité (nombre de morts rapportés à une population générale) du taux de létalité (nombre de morts rapportés au nombre de personnes infectées)^[519]. Le taux de mortalité, rapport des décès sur la population, dépend donc de la méthodologie du recueil des décès liés à la maladie. Le taux de létalité dépend de l’identification des décès parmi les personnes infectées, réelles ou déclarées, pour une région ou un pays donné. En ce sens, le taux de mortalité apporte une image différente de l'impact de la maladie que ne le fait le taux de létalité. Le taux de létalité ne peut être calculé qu'en estimant le nombre total de personnes infectées, ce qui est différent du nombre de personnes testées positives (sauf à tester l’ensemble de la région ou du pays concerné). En juillet 2020, l'âge médian estimé des décès est de 84 ans^[520].

Ainsi, au début de la pandémie, les différents pays européens affichent de fortes disparités du taux de létalité apparente parmi les personnes testées positives (3,7 % en Allemagne contre 18,4 % en France et 11,2 % en Espagne au 27 avril 2020). Il faut cependant noter que ce taux est un indicateur peu fiable concernant le risque de décès dû à la Covid-19 de par le faible nombre de tests en regard de l’ensemble de la population concernée, notamment en France, et aussi de par le caractère évolutif de la pandémie.

Dans un même pays, l'évaluation du taux de létalité peut également connaître des disparités : le taux de létalité apparente en France est de 18,4 % des cas confirmés ; le taux de létalité réelle est estimé à 0,7 % de l'ensemble des 2,8 millions de la population infectée selon une modélisation de l'Institut Pasteur au 11 mai 2020^[462]. L'étude de séropositivité du P^r Flahault dans le Morbihan département réputé peu touché, estimant au 1^er mai un taux de 9,7 % de la population générale ayant rencontré le virus, citée précédemment, si elle était confirmée ailleurs en France, viendrait diminuer le taux de létalité^[478].

Plusieurs explications concernant les disparités ont été avancées :

• une explication statistique : les pays qui ont organisé des campagnes massives de dépistage de la maladie comme l'Allemagne la Corée du Sud, ou l'Islande découvrent davantage de cas d'infections symptomatiques, ou non, que les pays comme la France qui ne se sont pas donné ces moyens. D'autres pays se sont contentés d'un repérage clinique pour faire les diagnostics avec des résultats très positifs comme le Portugal^[521] ou la Grèce^[522] qui ont ainsi contrôlé leur épidémie. Arithmétiquement, la proportion du nombre de morts est moindre face à un grand nombre de malades détectés, et inversement, dans les pays où seules les personnes symptomatiques ou nécessitant une hospitalisation sont testées, le taux de létalité apparente est immédiatement plus important, les personnes asymptomatiques ou avec peu de symptômes n'étant pas testées^[523] ;
• une forte disparité en matière de test : l'Allemagne a réalisé un grand nombre de tests de manière précoce. Selon la Fédération allemande des médecins conventionnés, 35 000 personnes ont été testées dans la semaine du 2 mars, alors qu’aucun mort n’avait encore été répertorié dans le pays, et 100 000 la semaine suivante, au cours de laquelle ont été enregistrés les premiers décès^[524]. En Allemagne, au 20 mars 2020, la capacité de tests était de 12 000 par jour, et la politique consiste à faire des tests précoces. En France, à la même date, elle est de 2 500 tests par jour^[525]. Au 26 mars 2020, l'Allemagne effectue 500 000 tests par semaine^[242]. La France qui, selon un compte Twitter du gouvernement, a choisi de limiter les tests aux cas les plus graves dans le but d'assurer « une meilleure prise en charge des patients », n'est capable de tester que 4 000 personnes par jour au 22 mars^[526] ;
• une avance en matière de diagnostic et de soins : le fait de réaliser un grand nombre de tests permet également de détecter précocement les porteurs asymptomatiques de la maladie et de les isoler. La prise en charge peut débuter alors que la maladie n'a pas atteint son plein développement, sans parler de sa phase sévère. Ainsi, contrairement aux hôpitaux italiens, espagnols ou alsaciens^[527], les hôpitaux allemands n'ont pas été surchargés par des patients dans un état critique et n'ont pas eu à discuter les indications d'admission en réanimation^[528] ;
• une différence en matière d'équipements. La France dispose seulement de 7 000 lits de réanimation contre 25 000 pour l'Allemagne^[525]. Un nombre insuffisant de respirateurs : le D^r Jean Sengler, président de la Communauté médicale d'établissement du Groupe hospitalier Mulhouse Sud Alsace, affirme avoir demandé le 12 mars vingt respirateurs et ne pas les avoir encore reçus le 22 mars^[529]. Ces chiffres sont fortement nuancés par d'autres analyses qui montrent que l'Allemagne a eu une capacité réelle agrégée de réanimation et soins continus et intensifs de 18 000 lits opérationnels, tandis que la France réussissait à mettre à disposition environ 16 000 lits répertoriés selon les mêmes critères^[530] ;
• pour Jean-Louis Thiériot, député Les Républicains, la différence du taux de mortalité montre avant tout la différence de l'efficacité des politiques sanitaires. Alors que la France a des dépenses de santé légèrement supérieures à celles de l'Allemagne, la capacité de cette dernière en termes de lits en soins intensifs, de masques, de tests de dépistage est bien supérieure. La gestion du système de santé au niveau des Länder où se prennent les décisions concrètes d'investissement et d'allocation des moyens et non pas comme en France par les Agences régionales de santé qui sont des organes déconcentrés de l'État permettrait, selon lui, un circuit décisionnel court qui réduirait le poids de la technostructure. Ainsi, il n'y a en Allemagne que 24,3 % du personnel hospitalier à effectuer des missions administratives pour 35,2 % en France. Cette différence représenterait pour un pays comme la France 100 000 soignants en plus. La réforme des 35 heures mise en place par le gouvernement Lionel Jospin aurait dû s'accompagner, selon Thiériot, de la création de 47 000 postes. Faute de moyens suffisants, 10 000 d'entre eux n'ont jamais été pourvus. Cette même réforme fait que les services de santé croulent sous les congés obtenus dans le cadre de la réduction du temps de travail (RTT) ce qui désorganise les services, le personnel hospitalier allemand travaille lui 40 heures par semaine avec des revenus plus élevés^[531] ;
• en France, une étude d'un syndicat de médecins généralistes estime début avril à au moins 1,6 million la population contaminée, symptomatique ou non^[532],[533]. Il apparaît à travers différentes études que le taux de létalité associé à la Covid-19 est assez constant au niveau international, estimé entre 0,5 et 1 % de la population^{[459],[463],[534],[535]}. Une modélisation de l'Institut Pasteur estime en France au 11 mai à 2,8 millions d'habitants la population contaminée avec un taux d'hospitalisation à 3,6 % de l'ensemble de la population infectée, et 0,7 % le taux de létalité, avec une grande variabilité régionale du taux d'infection en population générale, par exemple Île-de-France 10 %, Grand-Est 9 %, Bretagne 1,3 %^[462]. À titre de comparaison, une étude de séro-prévalence trouve à New York, fin avril, 21 % de contaminations^[536].

Pendant la pandémie, l’activité de soins autre que celle liée au Covid a été fortement ralentie, en 2020, 2021 et début 2022. De nombreuses prises en charge ont été reportées ou tout simplement annulées dans les établissements de santé, afin de pouvoir absorber l’afflux massif de malades du Covid. Cela s’est traduit par un arrêt momentané de certaines chirurgies et interventions médicales, mais aussi par un retard dans le dépistage des cancers ou même dans la réalisation de greffes d’organes. Depuis l’apparition du virus en France en mars 2020 jusqu’à la fin de l’année 2022, on estime qu’environ 3,5 millions de séjours hospitaliers n’ont pas été effectués^[597].

Le 31 mars 2021, le généticien Axel Kahn annonce que « les retards de diagnostics depuis le début de la pandémie, conduisent à une surmortalité par cancer, de 13 500 personnes », et que les déprogrammations et les retards de diagnostics vont causer « plus de 10 000 morts qui n'auraient pas dû mourir de leur cancer »^[598].

Ces conséquences concernent bien d'autres affections chroniques, et un premier bilan a été effectué dans un ouvrage paru en 2023 : "Les retards de soins : la bombe à retardement"^[599] ainsi que dans des articles de presse^[600].

Ces statistiques publiées chaque jour par les autorités sont parfois imparfaites et/ou incomplètes, notamment parce qu’elles ne prennent pas en compte les décès à domicile, mais aussi parce que, certains jours, toutes les données ne sont pas communiquées. De plus, il arrive que certains rattrapages soient effectués par Santé Publique France.

Sur l'initiative d'une start-up rejointe par une centaine de contributeurs dont Etalab, il y a eu une tentative pour compléter et structurer les données disparates existantes (ARS, réseau Sentinelles, chiffres en EHPAD, principalement centrées sur la mortalité et complétées ultérieurement pas des propositions faites aux médecins généralistes par leur syndicat ou par la CNAM de remonter des informations ainsi que par les analyses de transmission faites au début de l'épidémie par les ARS) avec comme l'un des objectifs une identification des cas-contacts et une meilleure connaissance de l'épidémiologie. Toutefois, les entités destinataires de ces informations ont du mal à en accepter le partage, la détention des données devenant un enjeu de pouvoir et financier. 4,5 millions de questionnaires de santé remplis par les internautes ayant consulté le site maladiecoronavirus.fr ne sont accessibles qu'à l'institut Pasteur, tandis que les données sur les premières chaînes de contamination récoltées par les ARS et transmises au système Godata de l’OMS ne sont accessibles ni aux chercheurs qui en font la demande, ni à Etalab. Les données initialement prévues pour être en open access sont en accès très restreint, le motif indiqué étant la crainte d'une « désanonymisation » des données. Plusieurs épidémiologistes parlant de « réflexes qui ne servent pas le bien public » critiquent le manque de moyens alloués à ce recueil de données et aux conditions d'exploitation de celles acquises, qui auraient pu permettre de mieux connaitre la maladie et d'éviter un certain nombre de cas, même si la pénurie de tests en a rendu une partie difficilement exploitable^[601].

Quatre indicateurs sont utilisés pour suivre l'évolution d'une reprise de l'épidémie^[602],[603]:

• l’activité épidémique (taux d'incidence), elle « correspond au nombre de personnes testées positives (RT-PCR et test antigénique) pour la première fois depuis plus de 60 jours rapporté à la taille de la population »;
• le taux de positivité des tests virologiques, il « correspond au nombre de personnes testées positives (RT-PCR et test antigénique) pour la première fois depuis plus de 60 jours rapporté au nombre total de personnes testées positives ou négatives sur une période donnée, et qui n‘ont jamais été testées positives dans les 60 jours précédents »;
• le facteur de reproduction du virus (évolution du R0), « c’est le nombre moyen de personnes qu’une personne infectée peut contaminer »;
• la tension hospitalière sur la capacité en réanimation, elle « reflète le niveau de sollicitation des réanimations mais aussi le niveau de tension sur les capacités hospitalières en réanimation. Il s’agit de la proportion de patients atteints de COVID-19 actuellement en réanimation, en soins intensifs, ou en unité de surveillance continue rapportée au total des lits en capacité initiale ».

Les graphiques qui suivent sont établis à partir des données de l'Agence nationale de santé publique^[604] en lien avec le Gouvernement de la République française^[605].

Le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies compile les données sur une base hebdomadaire pour les placer dans un contexte mondial^[606].

Cas confirmés de cas testés positifs

Pour des raisons techniques, il est temporairement impossible d'afficher le graphique qui aurait dû être présenté ici.

Lecture :

« La publication du nombre total de cas confirmés depuis le début de l’épidémie est temporairement arrêté à la date du 16/12/2021. Le chiffre quotidien de nouveaux cas confirmés reste quant à lui disponible. »^[607].

Entre le début du recensement et le 20 juillet 2021, on dénombre 5 890 062 personnes testées positives. Sont prises en compte dans ce tableau les personnes atteintes de Covid-19 positivement testées recensées en établissements sociaux et médico-sociaux. Les cas possibles ne sont pas pris en compte.

Entre les 19 et 20 mai 2021, une correction des doublons fait chuter le nombre de cas de plus 300 000^[608]. L'Agence nationale de santé publique a annoncé une correction de l'algorithme de remontée des tests PCR positifs, qui prenait notamment en compte plusieurs fois des tests PCR positifs entrainant des doublons. Les chiffres et les indicateurs ont donc subi une modification correspondant à la baisse remarquée.

Variations hebdomadaires du nombre total de cas positifs au SARS-CoV-2

Pour des raisons techniques, il est temporairement impossible d'afficher le graphique qui aurait dû être présenté ici.

Entre les 19 et 20 mai 2021, une correction des doublons fait chuter le nombre de cas de plus 300 000, de ce fait la variation hebdomadaire du nombre de cas pour la semaine concernée (-289 297 cas) est non significative.

Nombre de personnes hospitalisées pour Covid-19

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