Deinococcus-Thermus
| Deinococcus-Thermus | ||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 Deinococcus radiodurans, представитель порядка Deinococcales | ||||||||
| Научная классификация | ||||||||
| Домен: Тип: Deinococcus-Thermus | ||||||||
| Международное научное название | ||||||||
| Deinococcus-Thermus | ||||||||
| Синонимы | ||||||||
| Дочерние таксоны | ||||||||
| ||||||||
| ||||||||
Deinococcus-Thermus (лат.) — малочисленный отдел бактерий, единственный класс которого, Deinococci, включает два порядка: Deinococcales, куда входит один из самых радиорезистентных организмов в мире Deinococcus radiodurans, и Thermales, куда входит Thermus aquaticus, известный своей Taq-полимеразой, использующейся в ПЦР, и другими термостабильными ферментами.
Своё название отдел получил по типовым родам Deinococcus и Thermus[2].
Кавалир-Смит называет этот отдел Hadobacteria Cavalier-Smith 2002 (от слова Гадес — греческая преисподня)[3].
Описание
[править | править код]
Все представители отдела Deinococcus-Thermus имеют клеточную стенку, характерную для всех грамотрицательных бактерий (хотя представители рода Deinococcus и окрашиваются положительно по методу Грама)[4]. У представителей порядка Deinococcales во внешней мембране отсутствуют липополисахариды; они накапливают каротиноиды, придающие клеткам красный цвет. Геном представлен двумя многокопийными хромосомами. Представители Thermales в оболочке имеют S-слой и также накапливают каротиноиды, из-за чего их клетки часто имеют красный или жёлтый цвет[5].
Представители филы Deinococcus-Thermus являются аэробами и хемоорганогетеротрофами, встречаются повсеместно (представители порядка Thermales встречаются в горячих источниках). Филогенетический анализ показал, что отдел Deinococcus-Thermus является одним из самых архаичных групп бактерий[6].
Основанием для создания таксона послужила близость последовательностей генов 16S рРНК[7], более того, сравнение геномов Deinococcus radiodurans и Thermus aquaticus также показывает определённый уровень гомологии. По-видимому, обе группы бактерий в ходе эволюции шли по одному пути к приобретению устойчивости к действию высоких температур[8][9]. Стоит, однако, отметить, что, в отличие от Deinococcus, представители рода Thermus не отличаются повышенной устойчивостью к радиации[5]. Вероятнее всего, термофильность Thermales обусловлена особыми формами ДНК-зависимой РНК-полимеразы и ДНК-топоизомеразы I[англ.][10], а в радиорезистенстность Deinococcus вносят вклад особые формы эксцинуклеазы[англ.] ABC, ДНК-гиразы и белка RadA, задействованного в репарации ДНК[11].
Филогения
[править | править код]Филогенетическое дерево филы Deinococcus-Thermus, реконструированное на основании последовательностей 16S рРНК, выглядит следующим образом[12].
| Deinococci |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Примечания
[править | править код]- ↑ Deinococcus-Thermus (англ.) на сайте Национального центра биотехнологической информации (NCBI). (Дата обращения: 13 декабря 2018).
- ↑ Пиневич, 2006, с. 100.
- ↑ Cavalier-Smith T. Rooting the tree of life by transition analyses. (англ.) // Biology direct. — 2006. — Vol. 1. — P. 19. — doi:10.1186/1745-6150-1-19. — PMID 16834776.
- ↑ Battista J. R. Against all odds: the survival strategies of Deinococcus radiodurans. (англ.) // Annual Review Of Microbiology. — 1997. — Vol. 51. — P. 203—224. — doi:10.1146/annurev.micro.51.1.203. — PMID 9343349.
- ↑ 1 2 Пиневич, 2006, с. 101.
- ↑ Пиневич, 2006, с. 100—101.
- ↑ Weisburg W. G., Giovannoni S. J., Woese C. R. The Deinococcus-Thermus phylum and the effect of rRNA composition on phylogenetic tree construction. (англ.) // Systematic And Applied Microbiology. — 1989. — Vol. 11. — P. 128—134. — PMID 11542160.
- ↑ Omelchenko M. V., Wolf Y. I., Gaidamakova E. K., Matrosova V. Y., Vasilenko A., Zhai M., Daly M. J., Koonin E. V., Makarova K. S. Comparative genomics of Thermus thermophilus and Deinococcus radiodurans: divergent routes of adaptation to thermophily and radiation resistance. (англ.) // BMC evolutionary biology. — 2005. — Vol. 5. — P. 57. — doi:10.1186/1471-2148-5-57. — PMID 16242020.
- ↑ Makarova K. S., Aravind L., Wolf Y. I., Tatusov R. L., Minton K. W., Koonin E. V., Daly M. J. Genome of the extremely radiation-resistant bacterium Deinococcus radiodurans viewed from the perspective of comparative genomics. (англ.) // Microbiology and molecular biology reviews : MMBR. — 2001. — Vol. 65, no. 1. — P. 44—79. — doi:10.1128/MMBR.65.1.44-79.2001. — PMID 11238985.
- ↑ Zhang G., Campbell E. A., Minakhin L., Richter C., Severinov K., Darst S. A. Crystal structure of Thermus aquaticus core RNA polymerase at 3.3 A resolution. (англ.) // Cell. — 1999. — 17 September (vol. 98, no. 6). — P. 811—824. — PMID 10499798.
- ↑ Tanaka M., Earl A. M., Howell H. A., Park M. J., Eisen J. A., Peterson S. N., Battista J. R. Analysis of Deinococcus radiodurans's transcriptional response to ionizing radiation and desiccation reveals novel proteins that contribute to extreme radioresistance. (англ.) // Genetics. — 2004. — September (vol. 168, no. 1). — P. 21—33. — doi:10.1534/genetics.104.029249. — PMID 15454524.
- ↑ 16S rRNA-based LTP release 123 (full tree). Silva Comprehensive Ribosomal RNA Database. Дата обращения: 20 марта 2016. Архивировано 16 сентября 2016 года.
Литература
[править | править код]- Пиневич А. В. Микробиология. Биология прокариотов: в 3 т. — СПб.: Издательство С.-Петербургского университета, 2006. — Т. I. — 352 с. — ISBN 5-288-04057-5.
