Type | Château | Commune | Protection | Notes | Coordonnées | Illustration |
| Château d'Ancy-le-Franc | Ancy-le-Franc | Classé MH (1983, 2003) Notice no PA00113570 Notice no IA89000350 Notice no IA89000451 | XVIe et XVIIe siècles, XVIIIe siècle, Seconde Renaissance (1540 à 1559/1564), visitable | 47° 46′ 27″ N, 4° 09′ 42″ E | |
| Château de Boisrond (de Bussy-le-Repos) | Bussy-le-Repos | | XIXe siècle | 48° 04′ 01″ N, 3° 15′ 21″ E | |
| Château de Chastellux | Chastellux-sur-Cure | Inscrit MH (1925, 1989) Classé MH (1976) Notice no PA00113641 | XIIe et XIIIe siècles, XVIIe et XVIIIe siècles, visitable | 47° 23′ 32″ N, 3° 53′ 25″ E | |
| Manoir du Chastenay | Arcy-sur-Cure | Inscrit MH (1971) Classé MH (1971) Notice no PA00113575 Notice no IA00002743 | XIVe et XVIe siècles | 47° 35′ 50″ N, 3° 45′ 34″ E | |
| Château de Châtel-Gérard | Châtel-Gérard | Notice no IA89000014 | Moyen Âge | 47° 37′ 51″ N, 4° 05′ 50″ E | |
| Château de Chaumot | Chaumot | | Xe et XVIIIe siècles | 48° 04′ 37″ N, 3° 13′ 12″ E | |
| Château de Chevillon | Chevillon | Inscrit MH (1985) Notice no PA00113647 | XVe et XVIIe siècles | 47° 55′ 21″ N, 3° 10′ 21″ E | |
| Palais du Condé (Hôtel Condé) | Avallon | Inscrit MH (1990) Notice no PA00113969 | XVIIIe siècle, musée du costume | 47° 29′ 17″ N, 3° 54′ 30″ E | |
| Château de Domecy-sur-Cure | Domecy-sur-Cure | Inscrit MH (1986) Notice no PA00113674 | XVe et XVIIe siècles | 47° 24′ 40″ N, 3° 47′ 52″ E | |
| Château de Druyes | Druyes-les-Belles-Fontaines | Classé MH (1924) Notice no PA00113676 | XIIe siècle, visitable | 47° 32′ 55″ N, 3° 25′ 22″ E | |
| Château d'Étaules | Étaule | | XVIe siècle | 47° 31′ 14″ N, 3° 55′ 23″ E | |
| Château de Faulin | Lichères-sur-Yonne | Classé MH (1993) Notice no PA00113730 Notice no IA89000388 | XVe et XVIe siècles | 47° 31′ 04″ N, 3° 35′ 48″ E | |
| Château de Fleurigny | Thorigny-sur-Oreuse | Classé MH (1889, 1930) Notice no PA00113900 | Moyen Âge, XVIe siècle | 48° 17′ 42″ N, 3° 21′ 47″ E | |
| Château de Guédelon | Treigny | | Réplique d'un château du XIIIe siècle utilisant les outils et méthodes de l'époque, visitable | 47° 35′ 01″ N, 3° 09′ 20″ E | |
| Porte de Joigny | Villeneuve-sur-Yonne | Classé MH (1862) Notice no PA00113949 Notice no PA00113946 | Moyen Âge | 48° 04′ 49″ N, 3° 17′ 38″ E | |
| Château de Jully | Jully | Notice no IA89000635 | Moyen Âge, est devenu un monastère, un seul bâtiment est conservé | 47° 46′ 32″ N, 4° 17′ 48″ E | |
| Château de Marsangy | Marsangy | | | | |
| Château de Maulnes | Cruzy-le-Châtel | | Visitable | | |
| Château de Montjalin | Sauvigny-le-Bois | Inscrit MH (1988) Notice no PA00113846 | XVIIIe siècle | 47° 31′ 11″ N, 3° 58′ 55″ E | |
| Château de Montréal | Montréal | | Disparu | | |
| Château de Noyers-sur-Serein | Noyers | | Site visitable, ruines en cours de restauration | | |
| Château de Nuits | Nuits (Yonne) | | Visitable | | |
| Château de Palteau | Armeau | | | | |
| Château de Passy | Passy | | | | |
| Château de Piffonds | Piffonds | | | | |
| Château de Pisy | Pisy | | | | |
| Château de Ragny | Savigny-en-Terre-Plaine | | | | |
| Château de Ratilly | Treigny | | XVe et XVIe siècles, visitable | | |
| Château de Saint-Fargeau | Saint-Fargeau | | Visitable | | |
| Château de Saint-Sauveur-en-Puisaye | Saint-Sauveur-en-Puisaye | Classé MH (1996) Notice no PA00113839 | Moyen Âge | 47° 37′ 04″ N, 3° 11′ 56″ E | |
| Château des Salles | Villeneuve-sur-Yonne | | Disparu | | |
| Palais archiépiscopal de Sens | Sens | Classé MH (1862, 1909, 2014) Notice no PA00113852 Notice no M0189 | Moyen Âge, XVIIe et XVIIIe siècles | 48° 11′ 51″ N, 3° 17′ 03″ E | |
| Château de Tanlay | Tanlay | | Visitable | | |
| Château de Vallery | Vallery | | | | |
| Château de Vassy-le-Bois | Étaule | Inscrit MH (1995) Notice no PA00135714 Notice no IA89000416 | XIXe siècle | 47° 32′ 17″ N, 3° 55′ 03″ E | |
| Château de Vauguillain | Saint-Julien-du-Sault | | | | |
| Château de Vault-de-Lugny | Vault-de-Lugny | Classé MH (1971) Notice no PA00113923 | Moyen Âge, XVIe et XVIIe siècles | 47° 29′ 46″ N, 3° 51′ 14″ E | |