Le elezioni europee del 2009 in Estonia si sono tenute il 7 giugno.
| Liste | Gruppo | Voti | % | Seggi |
| | Partito di Centro Estone (KESK) | ALDE | 103.506 | 26,07 | 2 |
| | Indrek Tarand (Indipendente) | Verdi/ALE | 102.460 | 25,81 | 1 |
| | Partito Riformatore Estone (ER) | ALDE | 60.877 | 15,33 | 1 |
| | Unione della Patria e Res Publica (IRL) | PPE | 48.492 | 12,22 | 1 |
| | Partito Socialdemocratico (SDE) | S&D | 34.508 | 8,69 | 1 |
| | Verdi Estoni (ER) | - | 10.851 | 2,73 | - |
| | Martin Helme (Indipendente) | - | 9.832 | 2,48 | - |
| | Unione Popolare Estone (ERL) | - | 8.860 | 2,23 | - |
| | Dimitri Klenski (Indipendente) | - | 7.137 | 1,80 | - |
| | Partito della Sinistra Unita Estone (EÜP) | - | 3.519 | 0,89 | - |
| | Partito Libertas Estonia (LEE) | - | 2.206 | 0,56 | - |
| | Partito dei Democratici Cristiani Estoni | - | 1.715 | 0,43 | - |
| | Partito Russo in Estonia | - | 1.267 | 0,32 | - |
| | Assemblea dei Contadini | - | 612 | 0,15 | - |
| | Candidati individuali | - | 1.140 | 0,29 | - |
| Totale | 396.982 | | 6 |
Unione europea 
Estonia 
