RFLP

RFLP（Restriction Fragment Length Polymorphism、制限酵素断片長多型）とは、制限酵素によって切断された DNA 断片の長さが、同一種内の個体間で異なる（多型を示す）ことを指し、また転じてそれを検出する手法も意味する。一塩基多型によってこの違いが現れることもある。遺伝病を持つ人と持たない人でこれが異なる場合があり、診断や遺伝病の原因遺伝子の同定に利用される。得られた断片長は、電気泳動によって既知の断片長のDNA（サイズマーカー）と比較して求める。

ゲノムプロジェクトの進行に伴ってPCRに用いるプライマーの設計が容易になったため、現在ではPCRでDNAを増幅し、その反応生成物を制限酵素で切断する手法であるPCR-RFLPが一般的となった。PCR-RFLP以前はヒトを対象とした場合、

1. 生きた細胞の採取
2. 細胞の培養（数日）
3. 比較的高品質なDNAの抽出
4. DNAの切断
5. 電気泳動
6. ブロッティング
7. 放射性同位元素等でラベルしたプローブのハイブリダイズ
8. X線フィルムへの感光・現像

といった手順を踏んだ。一方、PCR-RFLPでは、

1. 比較的粗雑なDNAの採取
2. PCR（2時間程度）
3. DNAの切断
4. 電気泳動
5. 紫外線によるDNAの可視化

と、半日程度で可能となった。

断片長の差で対立遺伝子等を識別する方法[編集]

以下にサザンブロッティングを利用した原法を模式的に示す。

個体A                a                     b         c                |         2 kb        |   1 kb  | DNA -----------|---------------------|---------|-------              SfaN I                SfaN I    SfaN I                      =========                    プローブと相補的な領域  個体B                a                     b         c                |              3 kb             | DNA -----------|-------------------------------|-------              SfaN I                          SfaN I                      =========                                   サザンブロッティングの結果   ↓                                                                    5 kb _____                               4 kb _____                                                                        3 kb _____            ______                                                                                                                     2 kb _____   ______                                                                                                                                                                           1 kb _____                                                                                                                       サイズ　      個体A    個体B           マーカー                                                             上段: ある生物種2個体のゲノムDNAと制限酵素SfaN Iによる断片長。          個体Bにはbの位置の制限酵素認識部位が存在しない==はプローブが結合する領域。 下段: サザンブロッティングの結果。個体Aでは2 kbの、個体Bでは3 kbの位置にバンドが見える。 （簡略のため一倍体生物を想定している）