Molekül düzenleyici
Vikipedi, özgür ansiklopedi
Bir molekül düzenleyici, kimyasal yapıların gösterimlerini oluşturmak ve değiştirmek için kullanılan bir bilgisayar programıdır.
Molekül editörleri, kimyasal yapı gösterimlerini sırasıyla 2B bilgisayar grafikleri veya 3B bilgisayar grafikleri aracılığıyla simüle edilmiş iki boyutlu uzay veya üç boyutlu uzay içinde manipüle edebilir. İki boyutlu çıktı resim olarak veya kimyasal veri tabanlarını sorgulamak için kullanılır. Üç boyutlu çıktı, genellikle moleküler modelleme yazılım paketlerinin bir parçası olarak moleküler modeller oluşturmak için kullanılır.
Leatherface,[1] RECAP[2] ve Molecule Slicer[3] gibi veri tabanı moleküler düzenleyicileri, çok sayıda molekülün kullanıcı tarafından belirlenebilen 'karboksilik asitleri deprotonlama' veya 'ekzosiklik bağları kırma' gibi kurallara göre otomatik olarak değiştirilmesine olanak tanır.
Molekül editörleri genel olarak en az bir dosya biçimi veya satır gösterimi okumayı ve yazmayı destekler. Her birine örnek olarak sırasıyla Molfile ve SMILES (basitleştirilmiş moleküler girdi satırı giriş belirtimi) verilebilir.
Molekül düzenleyicileri tarafından oluşturulan dosyalar moleküler grafik araçları tarafından görüntülenebilir.
Bağımsız programlar[değiştir | kaynağı değiştir]
| Program | Geliştirici(ler) | Lisans | Platform(lar) | Bilgi |
|---|---|---|---|---|
| ACD/ChemSketch | ACD/Labs | Tescilli | Windows | Organikler, organometalikler, polimerler ve Markush yapıları dahil olmak üzere hemen hemen her kimyasal yapının çizilmesine izin veren kimyasal olarak akıllı bir çizim ara yüzü. Freeware sürümü mevcut |
| Amira (yazılım) | Visage Imaging Zuse Institute Berlin | Tescilli | Windows, macOS, Linux | 14 günlük deneme sürümü mevcut |
| Ascalaph Designer | Agile Molecule | GNU GPL | Windows, Linux | Freeware |
| Avogadro | Avogadro project team | GNU GPL | Windows, macOS, Linux | 3B molekül düzenleyici, görselleştirici |
| BALLView | BALL project team | GNU GPL-LGPL | Windows, macOS, Linux | Görüntüleyici, editör, simülasyon aracı |
| Bioclipse | Bioclipse Developers | EPL | Çapraz-platform | Java, Eclipse Rich Client Platform (RCP) tabanlı |
| Biovia Draw | MDL Information Systems | Tescilli | Windows | Şu anda Dassault Systèmes'e ait olan ISIS/Draw olarak geliştirildi[4] |
| ChemDoodle | iChemLabs | Tescilli | Çapraz-platform | Java |
| ChemDraw | PerkinElmer | Tescilli | Windows, macOS | Kimyasal yapıları ve reaksiyonları düzenlemek için |
| Deneb | AtelGraphics | Tescilli | Windows, Linux | Deneme sürümü mevcuttur; SIESTA, VASP, QE vb. paketler için kullanımı kolay masaüstü grafik kullanıcı ara yüzü. |
| ChemWindow | Wiley | Tescilli | Windows | KnowItAll yazılım ortamının bir parçası olarak kullanılabilir; akademik araştırma ve öğretim için ücretsizdir. |
| Gabedit | Abdulrahman Allouche | BSD | Windows, macOS, Linux | 3B molekül düzenleyici, görselleştirici |
| JChemPaint | GNU LGPL | Çapraz-platform | Java ile yazılmış 2B yapısal formül düzenleyici | |
| Molecular Operating Environment (MOE) | Chemical Computing Group | Tescilli | Windows, macOS, Linux; SVL programlama dili | 3B moleküler çizim ve düzenleme, 2B betimleme ve 2B'den 3B'ye dönüştürme ile moleküler modelleme / ilaç keşfi uygulamaları için platformdur. |
| SAMSON | Inria | Tescilli | Windows, macOS, Linux | Bütünleşik hesaplamalı nanobilim için yazılım platformudur. SAMSON Elements (SAMSON için modüller) ile özelleştirilmiştir. |
| Spartan | Wavefunction, Inc. | Tescilli | Windows, macOS, Linux | |
| XDrawChem | GNU GPL | Windows, macOS, Linux | OpenBabel tabanlı |
Java Appletleri[değiştir | kaynağı değiştir]
| Applet | Geliştirici(ler) | Lisans | Bilgi |
|---|---|---|---|
| JChemPaint | GNU LGPL | Editör ve görüntüleyici uygulamaları | |
| JME Molecule Editor | Peter Ertl | Tescilli | Molinspiration adresinden temin edilebilen ücretsiz yazılım; Ticari olmayan kullanım için Freeware |
JavaScript gömülebilir düzenleyiciler[değiştir | kaynağı değiştir]
| Program | Geliştirici | Lisans | Masaüstü Tarayıcı IE6-7-8 | Masaüstü Tarayıcı diğer | iPad | iPhone | Android | Bilgi |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Kekulé Program | Kekule.js Lab | MIT Lisansı | Evet | Evet | Bilinmiyor | Bilinmiyor | Bilinmiyor | |
| Ketcher | EPAM Systems | Apache Lisansı | Bilinmiyor | Evet | Bilinmiyor | Bilinmiyor | Bilinmiyor | başlangıçta EPAM Systems tarafından satın alınmadan önce GGA Software Services tarafından geliştirilmiştir. |
Ayrıca bakınız[değiştir | kaynağı değiştir]
Kaynakça[değiştir | kaynağı değiştir]
- ^ Kenny, Peter W.; Sadowski, Jens (2005). "Structure Modification in Chemical Databases". Chemoinformatics in Drug Discovery. Methods and Principles in Medicinal Chemistry. ss. 271-285. doi:10.1002/3527603743.ch11. ISBN 9783527307531.
- ^ Lewell, Xiao Qing; Judd, Duncan B.; Watson, Stephen P.; Hann, Michael M. (1998). "RECAP-Retrosynthetic Combinatorial Analysis Procedure: A Powerful New Technique for Identifying Privileged Molecular Fragments with Useful Applications in Combinatorial Chemistry". Journal of Chemical Information and Computer Sciences. 38 (3): 511-522. doi:10.1021/ci970429i. PMID 9611787.
- ^ Vieth, Michal; Siegel, Miles G.; Higgs, Richard E.; Watson, Ian A.; Robertson, Daniel H.; Savin, Kenneth A.; Durst, Gregory L.; Hipskind, Philip A. (2004). "Characteristic Physical Properties and Structural Fragments of Marketed Oral Drugs". Journal of Medicinal Chemistry. 47 (1): 224-232. doi:10.1021/jm030267j. PMID 14695836.
- ^ "Biovia Draw datasheet" (PDF). Dassault Systemes. 25 Nisan 2023 tarihinde kaynağından arşivlendi (PDF). Erişim tarihi: 25 Nisan 2023.