Protein-ligand yanaştırma (moleküler) yazılımlarının listesi
Vikipedi, özgür ansiklopedi
Halihazırda mevcut olan protein-ligand yanaştırma programlarının sayısı yüksektir ve son on yılda giderek artmıştır. Aşağıdaki liste, en yaygın yanaştırma programlarının bir listesidir. Bu liste programların ilgili yayın yılı, ilgili kuruluş veya kurumu, web hizmetinin kullanılabilirliği ve lisansı ile alakalı genel bir bakış sunmaktadır.
| Program | Yayımlanma Yılı | Organizasyon | Web Hizmeti | Lisans |
|---|---|---|---|---|
| 1-Click Docking | 2011 | Mcule | Evet | Kullanımı ücretsiz |
| AADS | 2011 | Hindistan Teknoloji Enstitüsü | Evet | Kullanımı ücretsiz |
| ADAM | 1994 | IMMD Inc. | Hayır | Ticari |
| AutoDock | 1990 | Scripps Araştırma Enstitüsü | Hayır | Açık Kaynak(GNU GPL) |
| AutoDock Vina | 2010 | Scripps Araştırma Enstitüsü | Hayır | Açık Kaynak (Apache Lisansı) |
| BetaDock | 2011 | Hanyang Üniversitesi | Hayır | Ücretsiz yazılım |
| Blaster | 2009 | Kaliforniya San Francisco Üniversitesi | Mevcut | Ücretsiz yazılım |
| BSP-SLIM | 2012 | Michigan Üniversitesi | Mevcut | Ücretsiz yazılım |
| CABS-dock[1] | 2015 | Varşova Üniversitesi | Mevcut | Açık Kaynak(MIT Lisansı) (bağımsız uygulama) Akademik kullanım için ücretsiz (web sunucusu) |
| DARWIN | 2000 | Wistar Enstitüsü | Hayır | Ücretsiz yazılım |
| DIVALI | 1995 | Kaliforniya San Francisco Üniversitesi | Hayır | Ücretsiz yazılım |
| DOCK | 1988 | Kaliforniya San Francisco Üniversitesi | Hayır | Akademik kullanım için ücretsiz |
| DockingServer | 2009 | Virtua Drug Ltd | Evet | Ticari |
| Docking Study with HyperChem[2] | 2006 | Motonori Tsuji | Hayır | Ticari |
| DockVision | 1992 | DockVision | Hayır | Ticari |
| DOLINA | 2014 | Basel Üniversitesi | Hayır | Akademik |
| EADock | 2007 | İsviçre Biyoinformatik Enstitüsü | Mevcut | Ücretsiz yazılım |
| eHiTS | 2006 | SymBioSys Inc | Hayır | Ticari |
| EUDOC | 2001 | Mayo Klinik Kanser Merkezi | Hayır | Akademik |
| FDS | 2003 | Southampton Üniversitesi | Hayır | Akademik |
| Fitted[3] | 2010 | Molecular Forecaster Inc. | Hayır | Akademik kullanım için ücretsiz |
| FlexX | 2001 | BioSolveIT | Hayır | Ticari |
| FlexAID | 2015 | Sherbrooke Üniversitesi | Hayır | Açık Kaynak (Apache Lisansı) |
| FlexPepDock | 2010 | Hebrew Üniversitesi | Mevcut | Ücretsiz yazılım |
| FLIPDock | 2007 | Scripps Araştırma Enstitüsü | Hayır | Akademik kullanım için ücretsiz |
| FLOG | 1994 | Merck Araştırma Laboratuvarları | Hayır | Akademik |
| FRED | 2003 | OpenEye Scientific | Hayır | Akademik kullanım için ücretsiz |
| FTDOCK | 1997 | Biyomoleküler Modelleme Laboratuvarı | Hayır | Ücretsiz yazılım |
| GalaxyPepDock | 2018 | Seul Ulusal Üniversitesi | Mevcut | Açık Kaynak(GNU GPL) (bağımsız uygulama) Akademik kullanım için ücretsiz (web sunucusu) |
| GEMDOCK | 2004 | Ulusal Chiao Tung Üniversitesi | Hayır | Ücretsiz yazılım |
| Glide | 2004 | Schrödinger | Hayır | Ticari |
| GOLD | 1995 | Sheffield Üniversitesi, GlaxoSmithKline plc ve CCDC arasında işbirliği ile | Hayır | Ticari |
| GPCRautomodel | 2012 | INRA | Mevcut | Akademik kullanım için ücretsiz |
| HADDOCK[4] | 2003 | Center Bijvoet Biyomoleküler Araştırma Merkezi | Mevcut | Akademik [5] (Ücretsiz Web hizmeti mevcut) |
| Hammerhead | 1996 | Arris Pharmaceutical Corporation | Hayır | Akademik |
| ICM-Dock | 1997 | MolSoft | Hayır | Ticari |
| idTarget | 2012 | Ulusal Tayvan Üniversitesi | Mevcut | Ücretsiz yazılım |
| iScreen | 2011 | Çin Tıp Üniversitesi | Mevcut | Ücretsiz yazılım |
| Lead finder | 2008 | MolTech | Hayır | Ticari |
| LigandFit | 2003 | BioVia | Hayır | Ticari |
| LigDockCSA | 2011 | Seul Ulusal Üniversitesi | Hayır | Akademik |
| LightDock | 2018 | Barselona Süper Bilgisayar Merkezi | Hayır | Açık Kaynak (GNU GPL) |
| LIGIN | 1996 | Weizmann Bilim Enstitüsü | Hayır | Ticari |
| LPCCSU | 1999 | Weizmann Bilim Enstitüsü | Mevcut | Ücretsiz yazılım |
| MCDOCK | 1999 | Georgetown Üniversitesi Tıp Merkezi | Hayır | Akademik |
| MEDock | 2007 | SIGMBI | Mevcut | Ücretsiz yazılım |
| Molecular Operating Environment (MOE) | 2008 | Chemical Computing Group | Hayır | Ticari |
| Molegro Virtual Docker | 2006 | Molexus | Hayır | Akademik |
| MOLS 2.0 | 2016 | Madras Üniversitesi | Hayır | Açık Kaynak (GNU LGPL) |
| MS-DOCK | 2008 | INSERM | Hayır | Akademik Ticari |
| ParaDockS | 2010 | Halle-Wittenberg Martin Luther Üniversitesi ve Bilgisayarlı Biyoloji Partner Enstitüsü | Hayır | Açık Kaynak(GNU GPL) |
| ParDOCK | 2007 | Hindistan Teknoloji Enstitüsü | Mevcut | Ücretsiz yazılım |
| PatchDock | 2002 | Tel Aviv Üniversitesi | Mevcut | Ücretsiz yazılım |
| PLANTS | 2006 | Konstanz Üniversitesi | Hayır | Akademik kullanım için ücretsiz |
| PLATINUM | 2008 | Moskova Fizik ve Teknoloji Enstitüsü (Devlet Üniversitesi) | Mevcut | Ücretsiz yazılım |
| PRODOCK | 1999 | Cornell Üniversitesi | Hayır | Akademik |
| PSI-DOCK | 2006 | Peking Üniversitesi | Hayır | Akademik |
| PSO@AUTODOCK | 2007 | Leipzig Üniversitesi | Hayır | Akademik |
| PythDock | 2011 | Hanyang Üniversitesi | Hayır | Akademik |
| Q-Dock | 2008 | Georgia Teknoloji Enstitüsü | Hayır | Ücretsiz yazılım |
| QXP | 1997 | Novartis | Hayır | Akademik |
| rDock | 1998 (Ticari) 2006 (Akademik) 2013 (Açık Kaynak) | Vernalis R&D (Ticari) York Üniversitesi (Ticari) Barcelona Üniversitesi (Açık Kaynak) | Hayır | Açık Kaynak(GNU LGPL) |
| SANDOCK | 1998 | Edinburgh Üniversitesi | Hayır | Akademik |
| Score | 2004 | Alessandro Pedretti & Giulio Vistoli | Mevcut | Ücretsiz yazılım |
| SEED[6] | 1999 | Zürih Üniversitesi | Hayır | Açık Kaynak(GNU GPL) |
| smina[7] | 2012 | Pittsburgh Üniversitesi | Hayır | Açık Kaynak (Apache Lisansı) |
| SODOCK | 2007 | Feng Chia Üniversitesi (Tayvan) | Hayır | Akademik |
| SOFTDocking | 1991 | Kaliforniya Üniversitesi, Berkeley | Hayır | Akademik |
| Surflex-Dock | 2003 | Tripos | Hayır | Ticari |
| SwissDock | 2011 | İsviçre Biyoinformatik Enstitüsü | Mevcut | Web hizmeti akademik kullanım için ücretsiz |
| VoteDock | 2011 | Varşova Üniversitesi | Hayır | Akademik |
| YUCCA | 2005 | Virginia Tech | Hayır | Akademik |
Kaynakça[değiştir | kaynağı değiştir]
- ^ "Arşivlenmiş kopya". 21 Temmuz 2019 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 1 Ocak 2020.
- ^ "Arşivlenmiş kopya". 1 Ocak 2020 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 1 Ocak 2020.
- ^ "Arşivlenmiş kopya". 9 Temmuz 2019 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 1 Ocak 2020.
- ^ "Arşivlenmiş kopya". 8 Temmuz 2019 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 1 Ocak 2020.
- ^ "HADDOCK2.2 licensing". Bonvin Lab (İngilizce). Erişim tarihi: 24 Mayıs 2019.
- ^ "Arşivlenmiş kopya". 23 Ocak 2020 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 1 Ocak 2020.
- ^ "Arşivlenmiş kopya". 26 Kasım 2019 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 1 Ocak 2020.
Dış bağlantılar[değiştir | kaynağı değiştir]
- "Arşivlenmiş kopya". 1 Ocak 2020 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 1 Ocak 2020.